Abstract
Aberrant miRNA uttrykket unormalt modulerer genuttrykk i celler og kan bidra til å tumorigenesis hos mennesker. Denne studien identifisert funksjonelt relevante differensielt uttrykte gener ved hjelp av transkripsjonsfaktorer og miRNA-ko-regulert nettverksanalyse for magekreft. TF-miRNA co-regulatoriske nettverk ble konstruert basert på data fra cDNA microarray og miRNA uttrykk profilering av magekreft vev. Nettverket sammen med sin co-regulert gener ble analysert ved hjelp av Database for kommentering, visualisering og integrert Discovery (DAVID) og transkripsjonsregulerende Element Database (TRED). Vi fant atten (17 oppregulert og en nedregulert) differensielt uttrykte gener som var co-regulert av transkripsjonsfaktorer og miRNAs. KEGG pathway analyse viste at disse genene var en del av den ekstracellulære matrix-reseptor interaksjon og fokale vedheft signalveier. I tillegg qRT- PCR og Western blot data viste en økning i COL1A1 og reduksjon i NCAM1 mRNA og proteinnivåene i magekreft vev. Således er disse dataene gitt den første bevis for å illustrere at endrede gen nettverk ble forbundet med magekreft invasjon. Videre studier med en stor utvalgsstørrelse og mer funksjonelle eksperimenter er nødvendig for å bekrefte disse data og bidra til diagnostikk og behandlingsstrategier for magekreft
Citation. Shi Y, Wang J, Xin Z, Duan Z, Wang G Li F (2015) transkripsjonsfaktorer og mikroRNA-Co-regulerte gener i magekreft invasjon i
Ex Vivo
. PLoS ONE 10 (4): e0122882. doi: 10,1371 /journal.pone.0122882
Academic Redaktør: Jian-Jun Zhao, Dana-Farber Cancer Institute, USA
mottatt: 8 november 2014; Godkjent: 24 februar 2015; Publisert: 10 april 2015
Copyright: © 2015 Shi et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet med tilskudd fra National Natural Science Foundation of China (# 81320108025 og # 81472662). Det er også støttet delvis av National Natural Science Foundation of China (# 81271897 og # 81401712), Jilin Key Laboratory of Biomedical Materials, Foundation i Jilin-provinsen Science and Technology Department (# 20130522013JH og # 20140414048GH) og Norman Bethune Program for Jilin university (# 2012219)
konkurrerende interesser:.. forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP er en av de vanligste formen for malignitet i verden, bidrar til en tredjedel av kreftrelaterte dødsfall hos menn og en femte blant kvinner [1]. Omtrent to tredjedeler av magekrefttilfeller oppstår i utviklingslandene. I Kina, forekomst og dødelighet knyttet til magekreft nummer tre blant andre former for malignitet [2], og det ble rapportert at magekreft forekommer oftere i distriktene og med en trend av yngre mennesker som blir berørt av det de siste årene [3 ]. Miljø (for eksempel
Helicobacter pylori
infeksjon eller forbruk av røkt mat) og genetiske faktorer (
E-cadherin
mutasjon) øker mottakelighet for magekreft ved å fremkalle endringer i onkogener /tumorsuppressorgener og /eller epigenetisk profil [4]. Endring i disse kritiske faktorer resulterer i unormal regulering av cellevekst, apoptose, differensiering og dermed fremme carcinogenese. Multiple gennettverk koordinere transformasjon av normal celle til en tumorcelle og kjøre tumorprogresjon. Men til dags dato, detaljert forståelse av de underliggende flere gennettverk i patogenesen av magekreft er ennå ikke definert. Bestemme detaljert molekylær mekanistiske nettverk forbundet med magekreft utvikling og progresjon kan forbedre forståelsen av kreftutvikling i mage vev, og dermed banet vei for nye og effektive strategier for forebygging, diagnostisering og behandling av magekreft.
Gene uttrykk i celler reguleres både ved transkripsjon og post-transkripsjonelle nivå. Transkripsjonsfaktorer (TFS) koordinere gentranskripsjon, mens mirnas regulerer genuttrykk ved å formidle ettertranskripsjons hendelser, slik som mRNA degradering og protein oversettelse [5]. Derfor kan enhver endring i miRNA funksjon resultere i utvikling av kreft hos mennesker [6,7]. Transkripsjonsfaktorer er proteiner som binder seg til spesifikke DNA-sekvenser for å styre hastigheten av transkripsjon av genetisk informasjon fra DNA til mRNA [8,9], mens mirnas er en gruppe av en liten ikke-kodende RNA i celler og funksjon i RNA Slå og post -transcriptional regulering av genekspresjon [10,11]. TF-miRNA gennettverk bestemmer den totale genekspresjon profil i celler til en viss grad. Derfor analyse av TF-miRNA co-regulatoriske nettverk i mage kreft vev kunne hjelpe oss til å øke vår forståelse av hvordan TFS og mirnas koordinere regulering av genekspresjon bidra til magekreftutvikling [12]. I vår forrige undersøkelse, profilert vi forskjellig uttrykt gener i åtti par av magekreft-tilstøtende normalt vev ved hjelp av cDNA mikromatriser [13], og fant en rekke gener med endret uttrykk, inkludert TFS. Basert på informasjonen fra Transkripsjonell Regulatory Element Database (TRED) [14], bygget vi og konsolidert en TF-gennettverk. I denne studien profilert vi forskjellig uttrykt mirnas i fem par magekreft-tilstøtende normale vev og konstruert en miRNA-target regulatoriske nettverk for magekreft ved å integrere de miRNA rettet mot genet databaser, inkludert Targetscan, Miranda, miRDB, og miRWalk [15] . Vi konstruerte TF-miRNA co-regulatoriske nettverk ved hjelp av våre tidligere data og deretter utført GO og KEGG sti analyser og gjennomført real time PCR og Western blot analyse for å validere disse dataene. Dermed kan begge metodene og analysene gi viktige ledetråder for fremtidige studier av miRNA og TFS funksjoner i magekreft.
Materialer og metoder
Vevsprøver
Totalt 25 gastrisk karsinom pasienter ble rekruttert til studien fra det første sykehuset av Jilin universitet, Changchun, Kina. Magekreft vev og de samsvarende fjerne ikke-cancervev ble kirurgisk resekterte og lagret i flytende nitrogen i løpet av 10 min etter reseksjon. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle fag og dataene ble analysert anonymt. Den TNM og histologiske klassifikasjon ble ifølge Verdens helseorganisasjon (WHO) kriterier. Denne studien ble godkjent av etikkomiteen av College for medisinske basalfag, Jilin universitet.
Profilering av forskjellig uttrykt mRNA og mikroRNA i mage kreft vev
De forskjellig uttrykt mRNA data mellom magekreft og normalt vev ble gjennomført fra 80 pasienter og rapportert tidligere [13]. Vi brukte ≥ 2 ganger endring for å profilere de differensielt uttrykte gener for denne studien.
I denne studien forskjellig uttrykt mirnas i 5 parene av magekreft-tilstøtende normalt vev (se pasientdata i S2 tabell) var profilert bruker Affymetrix miRNA microarray chips i henhold til produsentens protokoller. I korthet, ble total RNA fra vevsprøver isolert ved anvendelse av Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) og miRNA ble isolert og renset ved anvendelse av Mirvana miRNA Isolation Kit (Ambion, Austin, TX, USA) og deretter underkastet Gene Chip mikroRNA matrise analyse. Dataene ble skannet med Genechip Scanner3000 med Genechip kjøreprogramvare (GCOS) og analysert.
Bygging av TF-genet, miRNA-targeting genet, og TF-miRNA co-regulatoriske nettverk
Basert på de gene~~POS=TRUNC Menneskelig Exon 1,0 ST microarray data (Affymetrix, CA, USA), konstruerte vi TF-genet nettverk ved å integrere genuttrykk profiler og transkripsjonsregulerende element database (TRED). Regulatoriske interaksjoner mellom mikroRNA og deres målgener ble etablert basert på informasjon fra Targetscan, Miranda, miRDB og miRWalk database. De TF-miRNA co-regulatoriske nettverk ble konstruert ved å overlappe disse to delene. Hub-gener som co-regulert av TFS og mirnas ble også identifisert. Nettverkene ble bygget ved hjelp av Cytoscape programvare (Institute of Systems Biology, USA, https://www.cytoscape.org).
Funksjonell merknader av utvalgte gener
Online analytiske verktøy som Database for merknader, visualisering og integrert Discovery (DAVID) og Kyoto Encyclopedia of gener og genomer (KEGG) ble brukt til å utforske den funksjonelle sti forbundet med forskjellig uttrykt gener. Betydelig beriket KEGG trasé med p 0,01 ble identifisert og analysert videre.
Kvantitativ RT-PCR (QRT-PCR)
For detektere mRNA nivå, benyttet vi 5 mikrogram total RNA prøver av hver prøve å reversely transkribere inn cDNA med første cDNA Synthesis Kit (Takara, Dalian, Kina) og deretter forsterket ved hjelp av qPCR for uttrykk for COL1A1, og NCAM1 mRNA med SYBR Premiks Ex Taq (Takara) i Applied Biosystems 7300 Fast real-Time PCR System i henhold til produsentens instruksjoner. Den relative uttrykk for mRNA nivåer ble normalisert til p-aktin mRNA ved komparativ Ct metode (2
-ΔΔCt, ΔCt = Ct
target-Ct
β-aktin, ΔΔCt = ΔCt
tumor-ΔCt
normal). Alle primere ble utformet med Primer Premier seks Software, ble primer sekvenser for forsterkning i Tabell 1. Data fra QRT-PCR ble analysert med GraphPad Prism versjon 5.0, ble forskjeller mellom gruppene statistisk evaluert av prøven ensidige t-test med p verdi 0,05 anses som betydelig
Protein utvinning og Western blotting
Vevsprøver med 1 mm
3 i størrelse ble malt i flytende nitrogen og homogenisert i en cellelyse. buffer (Beyotime, Beijing, Kina) ved 4 ° C i 20 min. Konsentrasjonen av protein i prøvene ble bestemt ved bruk av en BCA Protein Assay Kit (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) og de proteiner prøvene ble separert ved natriumdodecylsulfat-polyakrylamidgelelektroforese (SDS-PAGE) under anvendelse av 10% gel og og deretter overført til en PVDF-membran (0,45 um, Bio-Rad, Hercules, CA, USA) i 2 timer. Membranene ble deretter inkubert med et kanin anti-kollagen-antistoffer (Novus Biologicals, Littleton, CO, USA) i en fortynning på 1: 1000, et mus anti-NCAM1 /CD56-antistoff (Novus Biologicals) ved en fortynning på 1: 400 eller en kanin anti-β-aktin-antistoff (Proteintech, Chicago, IL, USA) i en fortynning på 1: 2000 ved 4 ° C over natten og deretter etter vasking med Tris-baserte saltvann-Tween 20 (TBST), ble membranene inkubert med et geit-anti-kanin-IgG (Beyotime) eller geite-anti-mus IgG (Proteintech) ved en fortynning på 1: 2000 i 2 timer. Protein signaler ble påvist ved autoradiografi ved å anvende forsterket kjemiluminescens-reagens (Beyotime, Beijing, Kina) etterfulgt av eksponering for røntgenbildene. Tettheten av protein Bandet ble kvantifisert ved hjelp av en Gel Bilde System (Tanon, Shanghai, Kina) og ble normalisert til p-aktin nivåer som ble brukt som laste kontroller.
Statistisk analyse
LIMMA ( lineære modeller for microarray data) basert analyse ble utført for å identifisere de forskjellig uttrykt mirnas med en cut-off-verdi på minst 2-fold endringer (FC) med p 0,05 og FDR 0,05. SPSS 21,0 programvare (SPSS, Chicago, IL, USA) ble brukt til å utføre Receiver Operating Characteristic (ROC) kurve og logistisk regresjonsanalyse. Følsomhet, spesifisitet og arealet under kurven (AUC) ble beregnet ved bruk av Med-Calc statistisk programvare og p-verdi 0,05 ble ansett for å være statistisk signifikant. Western blotting data ble analysert ved GraphPad Prism versjon 5.0 (San Diego, California, USA) og forskjellen mellom tumor og normalt vev ble evaluert av den ensidige t-test og en p-verdi 0,05 ble ansett for å være statistisk signifikant.
Resultater
TF-gennettverk og forskjells uttrykk for miRNAs i magekreft
TF-gennettverk som vist i figur 1 ble konstruert basert på data innhentet fra en tidligere studie [13] på forskjellig uttrykt gener (≥ 2 ganger) fra 80 parene av magekreft vev. Spesielt fem transkripsjon faktorer MYB, MYBL2, ETV4, LEF1 og TFAP2A ble oppregulert og de dannet regulatoriske nettverk de TF-genet med 41 gener, hvorav 38 var oppregulert og tre ble nedregulert i mage kreft vev (S1 Bord). Videre profilert vi miRNA uttrykket med Affymetrix mikroRNA arrays i fem par magekreft-svarende normalt vev (Clinicopathological kjennetegn ved pasientene som vist i S2 tabell). Totalt 93 miRNAs ble uttrykt forskjellig i mage kreft vev (p 0,05), hvorav 27 miRNAs ble oppregulert, mens 66 ble nedregulert (fig 2 og S3 tabell). Blant disse forskjellig uttrykt mirnas, har flere blitt rapportert i tidligere studier, som miRlet-7, miR409, MIR-28-5p, MIR-625, etc. [16-19]. Deretter ble Targetscan, Miranda, miRDB, og miRWalk databaser minelagt å forutsi målgener av disse forskjellig uttrykt mirnas.
Nettverket ble bygget basert på data fra cDNA microarray analyse for å identifisere differnetially uttrykte gener i magekreft. Røde sirkler er oppregulert gener, mens grønne sirkler er nedregulert gener og de gule trekantene representerer transkripsjonsfaktorer (TFS). Retningen på pilen er fra kilden til målet.
Hver rad representerer en miRNA og hver kolonne representerer en prøve. Kolonne «C» står for kreft vev og kolonnen «N» representerer normalt vev. Kartet varme med rødt indikerer oppregulert og grønt for nedregulert mirnas.
TF-miRNA nettverk regulere forskjellig uttrykte gener i magekreft
Basert på datasett fra cDNA og miRNA microarray som nevnt tidligere, bygget vi en avvikende TF-miRNA nettverk som reguleres uttrykket av gener i magekreft (fig 3 og S4 Table). Spesielt disse avvik TF-miRNA nettverk regulert uttrykk av 18 gener (
COL1A1
,
COL1A2
,
COL5A2
,
COL11A1
,
DSG3
,
ACHE
,
SERPINE1
,
SERPINB2
,
CXCL5
,
MMP1
,
Plau
,
SPP1
,
GJB2
,
CLDN2
,
CDKN2A
,
CENPF
,
MAD2L1
, og
NCAM1
), hvorav de fleste (17 av 18) var oppregulert i mage kreft vev (fig 4).
Røde sirkler er oppregulert gener, mens grønne sirkler er nedregulert gener og de gule firkantene representerer miRNAs. Linjer med «T» kanter i nettverket representerer hemmende effekt av miRNAs på målgener.
Circles i sentrallinjen er gener som co-regulert av TFS og mirnas, med rød for oppregulert gener og grønt for nedregulert gener. Gule rutene representerer mirnas og gule trekanter representerer TFS.
Funksjonell analyse av disse 18 hub-gener med David (Database for kommentering, visualisering og integrert Discovery) [20] viste at det var to betydelig beriket KEGG trasé, ECM-reseptor interaksjon sti og fokale vedheft veien. Fem gener (
COL1A1
,
COL1A2
,
COL5A2
,
COL11A1
, og
SPP1
) ble mest betydelig endret og var alle involvert i ECM-reseptor-interaksjon og fokal adhesjon pathway (tabell 2). Analyse av co-regulatoriske nettverk viste at disse 18 hub-gener hadde en annen node grad distribusjon, mens
COL1A1 Hotell og
NCAM1
viste den høyeste grad distribusjon (fig 5).
Disse 18 målgener ble co-regulert av både av TFS og miRNAs med deres korresponderende node grad. X-aksen viser graden av en node, mens Y-aksen viser antall node for hver grad i nettverket.
Association of
COL1A1 Hotell og
NCAM1
uttrykk med clinicopathological status
Vi antok at gener med høyere grads distribusjoner kan spille en viktig rolle i det regulatoriske nettverk. Således vi forbundet ekspresjonen av disse genene med clinicopathological egenskapene av mage kreftpasienter. Mottakeren opererer karakteristikk (ROC) kurve analyse viste at uttrykk for
COL1A1 Hotell og
NCAM1
kunne være potensielle discriminators mellom kreft og tilsvarende normale vev med AUC (arealet under kurven) = 0,806 for
COL1A1 Hotell og 0,677 for
NCAM1
. Kombinasjonen av
COL1A1 Hotell og
NCAM1
uttrykk gitt en bedre differensiering tilstand med AUC = 0,829, følsomhet = 70,7% og spesifisitet = 84,0% enn for individuelle
COL1A1
eller
NCAM1
uttrykk (fig 6 og tabell 3)
C . N indikerer kombinasjonen av
COL1A1 Hotell og
NCAM1
Videre validert vi microarray data ved hjelp QRT-PCR og Western blot i andre 20 par magekreft og tilstøtende normalt vev (pasientenes informasjons oppført i S2 tabell). Den COL1A1 og NCAM1 mRNA uttrykk viste 3,10 ± 1.08 fold up-regulering og 0,37 ± 0,02 fell ned-regulering i tumorvev vs. normale (p 0,01), mens Western blot data viste en klar forskjell mellom den relative protein tetthet av COL1A1 i kreftvev (0,92 ± 0,02) vs. tilstøtende normalt vev (0,29 ± 0,01; p 0,01), mens uttrykk for NCAM1 i kreftvev (0,11 ± 0,002) vs. normale (0,85 ± 0,05) (p 0,01 , figur 7). Således opp-regulering av COL1A1 og nedregulering av NCAM1 uttrykk ikke bare kunne skjelne mellom kreft og normale vev, men også dele kreftpasienter i forskjellige tumorstadier. Nivået på COL1A1 uttrykk var høyere i muskel- og serosa invadert svulster, mens NCAM1 uttrykk tendens til å bli negativt assosiert med tumorinvasjon (fig 8).
A og B, Påvisning av COL1A1 og NCAM1 mRNA uttrykk i mage kreft vs. normalt vev ved hjelp av PCR og QRT-PCR. Nivåer av COL1A1, NCAM1 mRNA var 3,10 ± 1,08 folder oppregulering og 0,37 ± 0,02 folder nedregulering i tumorvev, henholdsvis i forhold til de av de normale sortene. * P 0,01. C og D, Western blot-analyse av COL1A1 protein. Tumorvev uttrykte høyere nivå av COL1A1 protein sammenlignet med de normale (p 0,01). E og F, Western blot-analyse av NCAM1 protein. Tumorvev uttrykt lavere nivå av NCAM1 protein sammenlignet med de normale (p 0,01). N, normalt vev; C, kreft vev.
Diskusjoner
I denne studien ble data fra cDNA og miRNA microarray brukes til å konstruere transkripsjonsfaktorer-miRNA co-regulatoriske nettverk i magekreft og identifisert 18 hub-gener som ble regulert av både transkripsjonsfaktorer og miRNAs. Disse genene tilhører ekstracellulære matrix-reseptor interaksjon og fokale vedheft signalveier. I tillegg uttrykk for
COL1A1 Hotell og
NCAM1
ble bekreftet i mage kreft vev og var forbundet med magekreft invasjon; Imidlertid er det fortsatt ukjent hvilken miRNA (e) regulere sitt uttrykk i magekreft.
transkripsjonsfaktorer MYB, MYBL2, ETV4, LEF1, TFAP2A ble oppregulert i mage kreft vev. Faktisk er de MYB familie proteiner utbredt i eukaryote organismer og expresison av MYB-transkripsjonsfaktor er avgjørende for tumorvekst og melkekreftutvikling [21] [22], mens MYBL2 (B-MYB) er et onkogen transkripsjonsfaktor som er involvert i cellesyklus , G2 /M progresjon [23]. Som medlem av onkogene
ETS
gener, har ETV4 protien blitt rapportert å fremme kreft metastase i musemodeller [24] og er assosiert med dårlig prognose i adenokarsinom i ventrikkel [25]. Den TCF /LEF familien er en liten familie av DNA-bindende faktorer og LEF1 virker hovedsakelig som en aktivator med en rolle i hemming av celle apoptose [26]. TFAP2A er en transkripsjonsfaktor som hovedsakelig regulerer cellevekst og differensiering. I nasofaryngeal karsinom, TFAP2A regulert tumorcellevekst og overlevelse gjennom HIF-1α-mediert VEGF /PEDF signalveien, noe som tyder på at TFAP2A kan være en potensiell biomarkør for nasopharyngeal carcinoma behandling [27]. Videre i miRNA-TF co-regulatoriske nettverk, identifiserte vi 18 hub-gener som ble regulert av både TFS og miRNAs. Funksjonell analyse av disse 18 genene fremhevet to viktige KEGG veier, den ekstracellulære matrix (ECM) reseptor interaksjon sti og fokal heft sti. Nyere studier har vist at ECM-reseptorene (Integriner) mediert signalisering er en viktig gruppe av signaler som bidrar til celleoverlevelse og gir en overlevelsesfordel for forskjellige typer av kreftceller [28]. ECM kan også regulere celledeling, differensiering, død og karsinogenese [29]. Som de strukturelle koblinger mellom ECM og aktin cytoskjelettet, fokale sammenvoksninger fungerer som områder for signaloverføring fra ECM til intracellulære rommet [30]. Vår nåværende data viste at de fem gener (
COL1A1
,
COL1A2
,
COL5A2
,
COL11A1
, og
SPP1
) co-regulert av både TFS og mirnas deltatt i ECM-reseptor interaksjon og fokale vedheft veier. Tidligere studie viste overekspresjon av
SPP1 plakater (utskilt phosphoprotein 1) i mage kreft og sin tilknytning til kreft progresjon [31]. Genene
COL1A1
,
COL1A2
,
COL5A2
, og
COL11A1
tilhører kollagen familien, essensielle strukturelle komponenter av ECM. Oppregulering av kollagener er avgjørende for å fremme tumorvekst som kollagen catabolized av matriks-metalloproteinaser (MMP) avslører de skjulte bindingsseter som ytterligere fremmer angiogenese og tumorinvasjon. En tidligere studie viste at ekspresjon av COL1A1 og COL1A2 ble forhøyet i maligne kolorektale endotel-celler [32], som tyder på at disse to proteinene spiller en rolle i angiogenese og dannelse av desmoplasia i løpet av kolorektal kreft utvikling [33]. Videre uttrykk for
COL5A2 Hotell og
COL11A1
var assosiert med kolorektal kreftutvikling [34] viser at
COL5A2
ble co-uttrykkes med
COL11A1
i kolorektal tumorprøver, men ikke i normal tykktarm epitel; Imidlertid er det fortsatt ukjent hvilken miRNA (e) regulere sitt uttrykk i magekreft. Dybde av kreft invasjon er en viktig faktor i prediksjon av overlevelse og behandlingsplanlegging. Kollagen er en av de viktige komponenter i tumor mikromiljøet, de eksperimentelle resultater fra subtraktiv hybridisering og microarray indikerte en rekke kollagen gener som ble unormalt uttrykt i tumorvev, som for eksempel COL1A1 kodings type 1 kollagen [35].
COL1A1
har blitt identifisert til å assosiere med magekreft invasjon og metastasering [33]. Vår nåværende data bekreftet at uttrykk for COL1A1 ble signifikant forhøyet i mage kreft vev og er assosiert med tumorprogresjon. Videre vår nåværende studie viste også at uttrykket av NCAM1 protein var negativt forbundet med magekreft invasjon. NCAM er en multifunksjonell membranprotein som er involvert i celledifferensiering, migrasjon, neural vekst synapse, og spesielle mønstre av synaptiske forbindelser. En tidligere studie rapporterte at NCAM1 uttrykket ble assosiert med invasiv vekst av gliom [36]. Etter inokulering av de transfekterte stel gliomceller inn i hjernen hos rotter, Edvardsen
et al
., Rapporterte at invasivitet av tumorceller redusert, noe som indikerer at nivået av ekspresjon NCAM1 var negativt assosiert med tumor invasivitet [37]. Selv om tap av NCAM1 uttrykk i magekreft ikke har blitt rapportert før, vår nåværende data på omvendt sammenheng med magekreft invasjon er i samsvar med tidligere studier av hjernesvulst [37]. Videre studier er nødvendig for å bekrefte uttrykket status for COL1A1 og NCAM1 proteiner som potensielle biomarkører for tidlig diagnose og prognose av magekreft progresjon.
Bygging av TF-miRNA co-regulatoriske nettverk er et nyttig verktøy i identifiseringen av kritiske regulatorer og deres mål gener i kreft hos mennesker. Men vår nåværende studie bare en proof-of-prinsippet innsats og fremtidige studier med et større utvalg er nødvendig for å bekrefte dagens funn. Det bør følges av mekanistiske studier for å fremme forståelse om rollen av de viktigste molekyler og gener trasé i magekreft.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Table. Oppsummering av regulatoriske interaksjoner av TF-genet nettverk
doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s001 plakater (XLSX)
S2 Table. Pasienter egenskaper (25 par av magekreft og tilstøtende normalt vev for miRNA microarray (n = 5) og Western blot (n = 20) analyse og RT-qPCR (n = 20) analyse)
doi:. 10,1371 /journal .pone.0122882.s002 product: (DOC)
S3 Table. . Oversikt over 93 forskjellig uttrykt mirnas i mage kreft vev kontra de fjerne normalt vev
genuttrykk nivåer i mage kreft vev kontra de fjerne normalt vev var minst to ganger annerledes med et p-verdi. 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s003 plakater (XLS)
S4 Table. . interaksjoner av mirnas og deres regulerte gener i TF-gennettverk
All regulering ble hentet fra transkripsjonen regulatorisk element database (TRED)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s004 plakater (XLSX )
Takk
Dette arbeidet ble støttet delvis med tilskudd fra National Natural Science Foundation of China (# 81320108025 og # 81472662), Natural Science Foundation National of China (# 81271897 og # 81401712) Jilin Key Laboratory of Biomedical Materials, Foundation i Jilin-provinsen Science and Technology Department (# 20130522013JH og # 20140414048GH), og Norman Bethune Program for Jilin University (# 2012219). Vi takker også Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kina) for redigering og korrekturlesing dette manuskriptet.
