Abstract
Ikke-muskel-invasiv blærekreft (NMIBC) er en av de mest vanligste ondartede svulster i urologisk system med høy risiko for tilbakefall, og effektive ikke-invasive biomarkører for NMIBC tilbakefall er fortsatt nødvendig. Den menneskelige urin proteom- kan reflektere status for mikromiljøet i urinveiene og er en ideell kilde for klinisk diagnose av urinveiene sykdommer. Vår tidligere arbeid brukes proteomikk til å identifisere 1643 høy grad av tillit urin proteiner i urinen fra en sunn befolkning. Her brukte vi bioinformatikk til å konstruere en kreft-assosiert protein-protein interaksjon (PPI) nettverk bestående av 16 høyt overflod urin proteiner basert på urin proteomet database. Som et resultat ble blodplate avledet vekstfaktorreseptor beta (PDGFRB) valgt for videre validering som kandidat biomarkør for NMIBC diagnose og prognose. Selv om nivåene av urin PDGFRB viste ingen signifikant forskjell mellom pasienter før og etter kirurgi (n = 185, P 0,05), over 3 år med oppfølging, urin PDGFRB viste seg å være betydelig høyere i tilbakefall pasienter (n = 68) enn i tilbakefallsfrie pasienter (n = 117, P 0,001). Nivåene av urin PDGFRB ble signifikant korrelert med risikoen for 3-års tilbakefall av NMIBC, og disse nivåene forbedres nøyaktigheten av en NMIBC gjentakelse risiko anslagsmodell som inkludert alder, tumorstørrelse og tumornummer (areal under kurven, 0,862; 95% CI, 0,809 til 0,914) sammenlignet med PDGFR alene. Derfor kan vi anta at urin PDGFRB kan tjene som en ikke-invasiv biomarkør for å forutsi NMIBC tilbakefall
Citation. Feng J, han W, Song Y, Wang Y, Simpson RJ, Zhang X, et al. (2014) platederivert Growth Factor Receptor Beta: A Novel Urin biomarkør for Tilbakefall av Non-muskel-invasiv blærekreft. PLoS ONE 9 (5): e96671. doi: 10,1371 /journal.pone.0096671
Redaktør: Hari K. Koul, Louisiana State University Health Sciences sentrum, USA
mottatt: 16 oktober 2013; Godkjent: 10 april 2014; Publisert: 06.05.2014
Copyright: © 2014 Feng et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av Chongqing Key Laboratory for Disease Proteomikk Project. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
blærekreft er den syvende vanligste kreftsykdommen i verden, og ca 80% av tilfellene er ikke-muskel-invasiv blærekreft (NMIBC), mens de resterende 20% er muskel-invasiv blærekreft (MIBC) [1 ] – [3]. Av alle nydiagnostiserte tilfeller av overgangscellekreft, ca 80% til stede som ikke-muskel-invasiv tumorer (Ta-T1) [3]. For NMIBC, vil 50-70% av pasientene utvikler sykdommen tilbakefall innen to år etter deres første diagnosen [4]. Aktuelle kliniske og konvensjonelle histopatologiske parametre som tumorstadium, klasse og størrelse av svulster, er godt studert i form av å gi prognostisk informasjon om progresjon til muskel invasjon og gjentakelse. Imidlertid er ingen av disse faktorene har vist seg å være tilstrekkelig til å forutsi oppførselen til forskjellige NMIBC. Dermed biomarkører for NMIBC tilbakefall, som er ikke-invasiv, er raskt behov for klinisk behandling.
Menneskelig urin er en av de store kroppsvæsker, og er en ideell kilde for klinisk diagnose, spesielt for urinveiene sykdommer, som urin kan oppnås en ikke-invasiv i store mengder [5]. Urinproteiner bør betraktes som potensielle kilder for biomarkører for flere sykdommer. I løpet av de siste årene, har store teknologiske fremskritt skjedde i proteomikk, og et stort antall proteiner i urin proteomet av friske mennesker har blitt identifisert [6] – [10]. Imidlertid er anvendelsen av slike urinproteindatabaser lette identifikasjon av biomarkører for sykdommer har opplevd begrenset fremgang. Hittil har protein-protein interaksjon (PPI) data blitt mye brukt for å identifisere biomarkører med den forutsetning at interaksjons proteiner betydelig reflektere sykdomsstatus fordi proteinene ikke fungerer isolert, men heller kommunisere med hverandre. I tillegg kan de gi hypoteser som signalveier og andre mekanismer som påvirker sykdommen utfallet. Bygging av en PPI nettverk kan markere sykdomsassosierte proteiner som har biologisk funksjon. I denne studien, søkte vi å screene potensielle biomarkører for NMIBC diagnose og prognose ved å konstruere en kreft-assosiert PPI nettverk basert på den sunne menneskelige urin proteom-, og vi viste at PDGFRB kan tjene som en prognostisk biomarkør for NMIBC tilbakefall.
Materialer og metoder
Etikk uttalelse
studiet ble godkjent av etikkomiteen av Xinqiao Hospital, Chongqing og festet til grunnsetningene i Helsinkideklarasjonen. I tillegg ble skriftlig informert samtykke innhentet av pasientene i denne studien.
Høy overflod urinproteiner datasett
Vår tidligere studie identifiserte 1641 høy grad av tillit urin proteiner i friske befolkningen [11]. Definisjonen av en høy-overflod protein ble vilkårlig satt som en med 4 unike peptider og et spektra tall i databasen av 10. Totalt 592 høy overflod urinproteiner ble oppnådd for ytterligere bioinformatikk analyse (File S2).
ekstracellulære og plasmamembranproteiner ble oppnådd ved GO analyse
Vi brukte bingo plug-in til finne statistisk overrepresentert GO kategorier i de biologiske data som verktøy for berikelse analyse av høy overflod urin protein datasett. For berikelse analyse, vi trengte en test datasett (som inneholdt 592 høy overflod urin proteiner) og en referanse sett GO merknader for hele menneske proteomet. Analysen ble utført ved hjelp av en «hyper-geometrisk test», og alle GO vilkår som var betydelig med P 0,0001 (etter korrigering for multippel testing ved hjelp av Benjamini og Hochberg falske funnrate rettelser) ble valgt som overrepresentert. Deretter ble de proteinene som ble kommentert som «ekstracellulære» og «plasma membran» valgt for PPI nettverk konstruksjon.
PPI nettverk konstruksjon
Protein-protein interaksjoner ble spådd å bruke søkeverktøyet for Henting av Samspill Gener /Proteins (STRING) database v9.0 (https://www.string-db.org/). Proteiner ble linket basert på følgende seks kriterier; nabolag, genet fusjon, co-forekomst, co-uttrykk, eksperimentelle bevis og eksisterende databaser [12].
Kreft assosierte proteiner i PPI nettverket ble analysert ved KEGG vei berikelse
Vi brukte ClueGO, en lett-å-bruke Cytoscape plug-in [13], for å integrere Gene Ontologi (GO) termer samt Kyoto-leksikon av gener og genomer (KEGG) /BioCarta veier for å skape et funksjonelt organisert GO /sti varig nettverks for proteinet nettverket i urinen. De berikelse tester for vilkår og grupper var to-sidig (Enrichment /tømming) tester basert på hyper-geometrisk distribusjon, og alle kreftassosiert vilkår som var betydelig med P 0,05 (etter korrigering for multippel testing med Benjamini og Hochberg falsk funnrate endringer) ble valgt ut for videre analyse. Den Kappa Score terskelen ble satt til 0,5. ClueGO visualiserer de valgte betingelsene i et funksjonelt gruppert merknad nettverk som gjenspeiler forholdet mellom begrepene basert på likheten av deres tilknyttede proteiner.
Studier deltakere
En totalt 185 histologisk påvist NMIBC tilfellene var valgt fra januar 2007 til januar 2010. kriteriene for studien innmelding var som følger: histopatologisk diagnose av overgangsordning celle carcinoma av blæren som nylig ble diagnostisert og ubehandlet, ingen historie med andre svulster, og evnen til å gjennomføre oppfølging. Pasientene inkludert 160 menn og 25 kvinner fra 32 til 83 år (gjennomsnittsalder, 62,1 år). Alle pasientene gjennomgikk transurethral reseksjon av blære tumor (TURBT). Alle pasienter med NMIBC fikk intravesikal mitomycin C (MMC) eller pirarubicin (THP) instillations gang i uken i de første 8 uker og deretter månedlig inntil 1 år. Vi definert gjentakelse som gjentakelse av primær NMIBC med en lik eller lavere patologisk stadium. Andre kliniske og patologiske trekk ved de inkluderte pasientene er oppsummert i tabell 1. klasse og stadium av pasientene ble definert i henhold til WHO 1973 kriteriene for klasse og 2002 TNM klassifiseringssystemet.
Urinprøve forberedelse
Morgen urinprøver ble samlet daglig over 3 dager før primærkirurgi og over 3 dager etter operasjonen. Urinprøvene ble lagret ved -80 ° C inntil alle prøvene ble oppsamlet. Ti milliliter urin ble tatt fra hver prøve før operasjonen og etter operasjonen og slått sammen. Urinprøvene ble sentrifugert ved 10 000 x g i 30 minutter ved 4 ° C for å fjerne eventuelle cellerester, og supernatanten ble konsentrert og avsaltet ved anvendelse av en membran med en cut-off på 10 kDa. Den proteinmengden i urinkonsentratene ble målt ved anvendelse av en Coomassie Protein Assay Kit (Pierce, Rockford, IL, USA). Kort tid etter ble de urin konsentrater fryses ved -80 ° C.
PDGFRB uttrykk analyse på NMIBC vev
De NMIBC vev fra tilbakefall og tilbakefall frie pasienter ble valgt for immunhistokjemisk validering. Alle vevene ble fiksert med 10% formaldehyd og paraffinembedded. Vevene ble kuttet på 4 um i tykkelse. Antistoffet for PDGFRB ble kjøpt fra Abcam. En to-trinns immunohistokjemisk teknikk ble anvendt. Kort sagt ble seksjonene avvokset og hydrert, og deretter kokt i 10 mM citratbuffer, pH 6,0 i 10 min. Blokkering ble utført med ikke-spesifikk binding med 5% (v /v) bovint serumalbumin (BSA) i 10 min. Snittene ble inkubert med PDGFRB Ab (1:200 arbeider fortynning) ved 4 ° C i 12 timer i et fuktig kammer. Etter vasking med 0,02M fosfatbuffer saltvann (PBS) pH 7,4 tre ganger, ble seksjonene inkubert med sekundært antistoff konjugert med HRP-merket polymer (Abcam) ved 37 ° C i 30 minutter. Snittene ble deretter inkubert med flytende DAB substrat-kromogen i 10 minutter ved romtemperatur, skylt i destillert vann, og motfarget med hematoksylin.
Validering av Western Blot
Omtrent 20 ug urinprotein var separert ved 12% SDS-PAGE, og overført til en PVDF-membran (Millipore, USA), og probet med polyklonalt kanin-anti-humane PDGFRB proteiner antistoff (1:2000, Abcam, USA), henholdsvis. Blottene ble merket med pepperrotperoksidase-konjugert sekundære antistoffer (1:10000), og visualisert med forbedret chemiluminescence (ECL) deteksjon system (Pierce Biotech Inc., Rockford, IL).
ELISA
protein~~POS=TRUNC beløp i urinen konsentrater ble målt ved hjelp av en Coomassie protein Assay Kit (Pierce, Rockford, IL, USA). Menneskelig PDGFRB protein ble kvantifisert med ELISA kits fra Uscn Life Science Inc. (Wuhan, Kina) i henhold til produsentens anvisninger.
Statistisk analyse
En uparet t-test og enveis ANOVA ble brukt for å analysere sammenhengen mellom gruppene. En trinnvis modell utvelgelsesprosess ble brukt til å komme frem til en parsimonious modell. Logistisk regresjon modellering ble anvendt for å beskrive forholdet mellom nivåer av urin PDGFRB og risiko for brystkreft og andre kliniske observasjoner. Receiver Operating karakteristiske (ROC) kurver ble plottet å vurdere sensitivitet og spesifisitet av biomarkør målinger i å forutsi tilbakefall av NMIBC. Tosidig p-verdi mindre enn 0,05 ble betraktet som signifikant. Kontinuerlige variabler er uttrykt som gjennomsnitt ± standardavvik mindre annet er angitt.
Resultater
Bygging av en kreft-assosiert urin PPI nettverk basert på våre tidligere urin proteom- database
Vi har tidligere rapportert at 1641 høy grad av tillit urinproteiner ble identifisert i en sunn befolkning av fire fraksjoneringsteknikker (i-gel, 2DLC, OFFGEL og MRP) kombinert med HPLC-CHIP-MS /MS [11]. Heri, søkte vi å finne ikke-invasive prognostisk biomarkør kandidater til NMIBC tilbakefall gjennom bioinformatikk analyse av friske befolkningen urin proteom. For å finne urin protein biomarkører som er egnet for rutinemessige kliniske undersøkelsesmetoder, vi først screenet for høy overflod urin proteiner i urin proteomet database, som etter vår definisjon hadde 4 unike peptider og hadde en spektra nummer 10. Totalt 592 høy overflod urinproteiner ble hentet fra urin proteomet database for videre analyse (File S2).
For å unngå forurensning med mobilnettet rusk, de proteinene som ble kommentert som «ekstracellulære» og «plasma membran «blant de totale urinproteiner ble valgt av bingo analyse. I alt ble 544 proteiner knyttet til minst en merknad sikt innenfor GO cellulære komponenten. Totalt 37 vilkår utstilt betydning (P 0.0001) som overrepresentert og underrepresentert vilkår sammenlignet med hele listen over International Protein Index (IPI) oppføringer. Mer detaljert informasjon om GO analyse er tilgjengelig som File S2. Som vist i figur 1 A, i den cellulære komponent kategorien går termer relatert til ekstracellulære proteiner, slik som det ekstracellulære område (269 proteiner funnet), det ekstracellulære rom (140), den ekstracellulære matriks (68), og plasmamembranen (197) ble overrepresentert, som var forventet. Totalt 373 urin proteiner som ble kommentert som «ekstracellulære region» og «plasma membran» ble oppnådd for ytterligere PPI nettverk konstruksjon (File S2). På grunn av at PPI-nettverket er vesentlig for å gjenspeile den sykdomsstatus, sammenlignet med enkle proteiner, ble de 373 proteinene som brukes til å konstruere en PPI nettverk gjennom STRING analyse. Enkelt noder og små komponenter av PPI nettverk som opprinnelig ble satt sammen ble fjernet, og bare den største komponenten ble lagret som en ny PPI nettverk, som var sammensatt av 312 noder og 1779 interaksjoner (Figur 1b). PPI-nettverk informasjon er beskrevet i detalj som fil S2. For ytterligere å undersøke kreftassosierte proteiner i dette sub-nettverk, ble 312 kodede proteiner analysert ved hjelp av Cytoscape plug-in ClueGO + CluePedia. En kommentar nettverk basert på KEGG trasé ble opprettet som en gruppe av funksjonelt organisert GO /sti vilkår nettverk (Figur S1 i File S1). Begrepet nettverk informasjon er beskrevet i detalj som fil S2. Blant disse varige nettverk, vises et funksjonelt gruppert kreft-assosiert nettverk er vist i figur 1C. Det består av 6 konkrete betydelig overrepresentert begreper som «stier i kreft», «livmorkreft», «prostatakreft», «glioma», «melanom», «blærekreft» og «småcellet lungekreft». Informasjonen angående kreft betingelser i det tilknyttede KEGG nettverket er beskrevet i detalj i tabell 2. Videre ble det totalt 15 proteinene, noe som var forbundet med alle seks kreft betingelser (tabell 3), som brukes til å konstruere en cancer-assosiert urin PPI nettverk (figur 1D). Det ble videre observert at EGF og CDH1 i PPI nettverket ble kommentert som blir blærecancerassosierte proteiner, og både reseptoren FGFR2 og PDGFRB kan interagere med EGF (tabell 3). Fordi PDGFRB /EGFR heterodimerer ble rapportert å uttrykke på blæren kreftceller [14], og EGF /EGFR sti spilt en viktig rolle i blærekreft utvikling [15], [16], PDGFRB ble valgt for videre validering som kandidat biomarkør for blærekreft
(A) i alt 592 høy overflod urin proteiner i vår urin proteom- database ble valgt i henhold til kriteriene for å ha . 4 unike peptider og spektra nummer 10. Disse proteinene ble analysert ved hjelp av Bingo plug-in i Cytoscape programvare, og 373 proteinene ble merket som «ekstracellulære region» og «plasma membran.» Et kart over mobilnettet komponent vises. (B). De protein-protein interaksjons nettverk av de 373 proteinene ble bygget av STRING. En PPI nettverk, som var sammensatt av 312 noder og 1779 interaksjoner med fjerning av enkelt-noder, ble oppnådd. (C) PPI-nettverket ble analysert ved Cytoscape programvare med ClueGO + Cluepedia plug-in. Seks kreft-assosiert beriket KEGG vilkårene ble innhentet og vist. (D) En kreft-assosiert urin PPI nettverk bestående av 15 urin proteiner som ble assosiert med de 6 kreft-assosiert vilkårene ble bygget av STRING.
Det var ingen signifikante forskjeller urin PDGFRB mellom pasienter før og etter operasjonen
for å bekrefte de foreløpige informatikk føre, urinprøver fra 185 pasienter som ble bekreftet å ha NMIBC (tabell 1) ble samlet inn før og etter operasjonen. Urin PDGFRB nivåer ble undersøkt ved hjelp av ELISA. Resultatene viste at nivåene av urin PDGFRB redusert (300,1 ng /mg før kirurgi sammenlignet med 287,23 ng /mg etter operasjon), men forskjellen var ikke signifikant (p = 0,0607) (figur 2). Dette indikerte at urin PDGFRB ikke kunne majorly avledet fra NMIBC vev og kan ikke tjene som en god tidlig diagnose biomarkør for NMIBC.
Det var ingen signifikant forskjell mellom nivåene av urin PDGFRB i NMIBC pasienter pre-kirurgi og post-kirurgi (n = 185) (P = 0,067).
Korrelasjonen av nivåene av urin PDGFRB og tilbakefall av NMIBC
Hvis du vil vite om urin PDGFRB kan være assosiert med en tilbakefall av NMIBC ble en 3-års oppfølgingsstudie på 185 NMIBC pasienter utført. Oppfølgings data viste at blant de 185 NMIBC pasienter, 68 (36,8%) ble senere funnet å ha tilbakefall etter primærkirurgi (tabell 1). I residiverende gruppen, medianverdien av urin PDGFRB var 395,3 ng /mg (interkvartilt område 306,65 til 440,01 ng /mg total urinprotein), mens det var 245 ng /mg (interkvartilt område 175,12 til 307,16 ng /mg total urinprotein) for tilbakefall-fri gruppe (figur 3A, P 0,0001) .Indeed, den PDGFRB uttrykk i urinen hos pasienter med tilbakefall ble bekreftet å være betydelig økt enn at uten tilbakefall i 3 år oppfølging av Western blot (figur S2A i File S1). Men det var ingen signifikante forskjeller i PDGFRB uttrykk på kreft vev mellom pasienter med tilbakefall og tilbakefall fritt i 3 år oppfølging av IHC (figur S2B og S2C i File S1).
(A) sammenligning av nivået av urin PDGFRB i tilbakefall (n = 68) og tilbakefall-frie (n = 117) pasienter med NMIBC. Nivået på urin PDGFRB var signifikant lavere hos pasienter med tilbakefall enn de uten tilbakefall (P 0,001). (B) Den mottaker operasjonelle egenskaper (ROC) kurve av urin PDGFRB. AUC var 0,826 (95% CI, 0,768 til 0,884). (C) AUC av alder, tumorstørrelse og tumor nummer kombinert var 0,636 (95% CI, 0,552 til 0,721). (D) Inkludering av PDGFRB i denne modellen økte AUC til 0,862 (95% CI, 0,809 til 0,914).
En logistisk regresjonsmodell ble brukt til å beregne forholdet mellom urin PDGFRB og andre kliniske observasjoner . Det ble ikke observert signifikante positive assosiasjoner mellom urin PDGFRB nivåer og tumorstørrelse (P = 0,03) og alder (P = 0,019) (tabell 4). Men det var ingen signifikant sammenheng mellom urin PDGFRB og kjønn, patologisk stadium, eller Karakter (tabell 4). Forholdet mellom urin PDGFRB og risikoen for brystkreft ble ytterligere bedømt. Resultatet viste at korrelasjonen mellom urin PDGFRB nivåer og risiko for brystkreft var statistisk signifikant (tabell 5 koeffisienten faktor var -1,274, P 0,001). Tumorstørrelse (koeffisient, -1,193; P = 0,009) og tumor nummer (koeffisient, -0,986; P = 0,022) ble også assosiert med økt risiko for NMIBC tilbakefall (tabell 5). Men andre kliniske observasjoner som alder, kjønn, patologisk stadium, og karakteren ble ikke signifikant assosiert med risiko for NMIBC tilbakefall (tabell 5).
ROC kurver ble konstruert for den kliniske faktorer og PDGFRB. Arealet under kurven (AUC) av ROC-kurven for PDGFRB alene var 0,826 (95% CI, 0,768 til 0,884) (figur 3B). AUC av alder, tumorstørrelse, og svulst nummer kombinert var 0,636 (95% CI, 0,552 til 0,721) (Figur 3C). Inkludering av PDGFRB i denne modellen økte AUC til 0,862 (95% CI, 0,809 til 0,914) (Figur 3D). Ved hjelp av en terskel på 324,12 ng /mg, sensitiviteten var 70,6%, mens spesifisiteten var 81,2%. Når PDGFRB, alder, tumorstørrelse og tumor nummer ble kombinert, øke følsomheten til 82,7%, og spesifisiteten øket til 88,5%.
diskusjon
Urin proteom- kunne reflektere urinveiene mikromiljøet, som kan spille en svært viktig rolle i urinveiene svulst utvikling og progresjon. Screening urinen for ikke-invasive biomarkører for blærekreft er lovende. Her, konstruerte vi et cancer-assosiert PPI-nettverk bestående av 15 høy-overflod urin proteiner ved anvendelse av Informatics tilnærming for å analysere urin proteomet av en frisk populasjon (11). Interessant, av de 15 proteiner, 9 (CTNNA3, COL4A6, KLK3, APC, APC2, FGFR2, PDGFRB, EGF, og COL4A2) ble identifisert som high-overflod proteiner i urin proteomet, men disse ble ikke oppdaget eller identifisert som lav overflod proteiner i plasma proteomet [17]. Dette tyder på at disse proteinene ble majorly avledet fra urinveiene celle sekresjon snarere enn fra plasma og kan reflektere den karakteristiske mikromiljøet i urinsystemet, noe som igjen kan gi verdifull informasjon om den prognose av et urinveiene svulst. Blant de 9 proteiner, ble EGF, FGFR2, KLK3, og PDGFRB forbundet med urinveiene kreft ifølge KEGG pathway analyse. Faktisk EGF /EGFR [18], FGFR2 [4], [19], KLK3 [20] – [23], og PDGFRB [14] ble rapportert å spille viktige roller i urinveiene kreftutvikling og progresjon. Det er vel kjent at EGF /EGFR pathway spiller en avgjørende rolle i blærekreft utvikling, progresjon og gjentakelse. Selv urin EGFR kan tjene som et lovende prognostisk biomarkør kandidat for blærekreft, ble det identifisert som en lav mengde protein i urin (1 unikt peptid og mindre enn 10 spektre), og i praksis var vanskelig å måle ved hjelp av ELISA (data ikke vist). I likhet med EGFR, FGFR2 og PDGFRB kan ha evnen til å binde EGF (tabell 3, STRING database) og omsette den PI3K og MAPK signalveier [24], [25]. Dessuten, i stedet for å PDGFRB FGFR2 kan danne en heterodimer med EGFR på blærekreftceller, og dette kan indusere resistens til anti-EGFR-terapi for behandling av blærekreft [14]. Sammen, er det rimelig å anta at PDGFRB er en viktig reseptor for blærekreft biologisk progresjon, og det bør tjene som en potensiell biomarkør for NMIBC diagnose og /eller prognose.
Urinen er avledet fra plasma som er ultrafiltrert gjennom nyrene å fjerne avfallsstoffer. I motsetning til serum protein, varierer urinproteinkonsentrasjonen med urin fortynning. Videre, urinprotein fra samme individ varierer på forskjellige tidspunkter på grunn av effekten av trening, diett, livsstil og andre faktorer [10], [26] – [28]. I denne studien ble den variasjon fra urinfortynning elimineres gjennom normalisering til totalt protein, og variasjonen over tid var tilstrekkelig kontrollert for ved hjelp av samle morgen urinprøver fra en enkelt pasient over 3 dager før og 3 dager etter primær kirurgi (prøver ble samlet en gang per dag). Det er kjent at urin protein varierer med kjønn og alder [26]. Urin PDGFRB ble observert å være signifikant assosiert med alder i stedet kjønn i denne studien (tabell 4). I tillegg ble urin PDGFRB signifikant positivt assosiert med tumorstørrelse (tabell 4). I 183 NMIBC pasienter, ble nivået av urin PDGFRB økt hos pasienter med en stor tumorstørrelse ( 3 cm, 329,6 ± 22,10 ng /ml, n = 46) sammenlignet med de med en liten tumorstørrelse (≤ 3 cm, 290,4 ± 11,08 ng /ml, n = 139) (Figur S3 i File S1, P = 0,0907). Dette tyder på at nivåene av urin PDGFRB øke med tumorstørrelse. Videre var det ingen signifikant forskjell mellom før og etter kirurgi NMIBC pasienter (figur 2, P = 0,0607), noe som indikerer at urin PDGFRB ikke kunne tjene som en effektiv tidlig diagnostisk biomarkør for NMIBC. I en ytterligere oppfølgingsstudie, ble det observert at nivået av urin PDGFRB i pasienter med tilbakefall var betydelig høyere enn de uten tilbakefall (figur 3A), og disse ble også korrelert med risikoen for 3-års kreft tilbakefall. Den tilsvarende AUC var 0,826 (figur 3B; 95% CI, 0,768 til 0,884). Dessuten, i tillegg til kliniske karakteristika som alder, tumorstørrelse og tumor nummer, ble AUC til 0,862 (figur 3D; 95% CI, 0,809 til 0,914), noe som tyder på at urin PDGFRB er en risikofaktor for NMIBC tilbakefall og kunne tjene som potensielt ikke-invasiv biomarkør for å forutsi tilbakefall av NMIBC.
Konklusjon
i sammendraget, vi for første gang viste at urin PDGFRB kan tjene som en ikke-invasiv biomarkør for prediksjon av NMIBC tilbakefall. Validering av flere kliniske sentre er nødvendig for videre bruk i kliniske settinger.
Hjelpemiddel Informasjon
Fil S1.
Inneholder Støtte figurene. Figur S1 Eksempel på nettverket. Figur S2 Validering av tilbakefall. Figur S3 Fastsettelse av urin PDGFRB. Figur S1. PPI-nettverket ble analysert ved Cytoscape programvare med ClueGO + Cluepedia plug-in. De beriket KEGG vilkårene ble vist. Figur S2. Validering av PDGFRB uttrykk i urin og på tumorvev av NMIBC pasienter med tilbakefall og tilbakefall-fri. Ekspresjonen av PDGFRB i urinen hos NMIBC pasienter med tilbakefall og tilbakefall fritt ble analysert ved Western-blotting (A). Ekspresjonen av PDGFRB på tumorvevet av NMIBC pasienter med tilbakefall (B) og tilbakefall-fri (C) ble analysert ved hjelp av IHC. Totalt 50 kreftvev fra 27 residiverende og 23 tilbakefallsfrie pasienter ble evaluert gjennom immunhistokjemi. Det var ingen signifikante forskjeller i PDGFR uttrykk på kreft vev mellom tilbakefall og tilbakefall-frie grupper. De representative 6 prøver fra tilbakefall og tilbakefall frie pasienter ble vist i 3A og 3B, henholdsvis. Figur S3. Bestemmelse av urin PDGFRB konsentrasjoner i NMIBC pasienter med en stor og liten tumorstørrelse ved hjelp av ELISA. I 183 NMIBC pasienter, ble nivået av urin PDGFRB økt hos pasienter med en stor tumorstørrelse ( 3 cm) sammenlignet med de med en liten tumorstørrelse (≤3 cm) (P = 0,0906)
doi: 10,1371. /journal.pone.0096671.s001 product: (PDF)
Fil S2.
Supplemental data
doi:. 10,1371 /journal.pone.0096671.s002 plakater (XLS)
