Abstract
Uridine diphosphoglucuronosyltransferases (UGTs) 1A6 er det eneste UGT1A isoform uttrykt i lungevevet. Det er ansvarlig for avgiftning av karsinogener som benezo [a] pyren fra sigarettrøyk. Hensikten med denne studien var å evaluere foreningen av UGT1A6 polymorfismer og haplotyper med lungekreft og å vurdere den funksjonelle betydningen av UGT1A6 polymorfismer. Genomisk DNA ble isolert fra leukocytter. Åtte UGT1A6 polymorfismer ble sekvensert i et testsett med 72 kinesiske lungekreftpasienter og 62 friske kontroller. Potensiell risiko modifiserende alleler ble validert i et separat sett av 95 kinesiske lungekreftpasienter og 100 friske kontroller. UGT1A6 19T G, 541A G og 552a C viste signifikant sammenheng med økt risiko for lungekreft, mens UGT1A6 105C T og IVS1 + 130G T var signifikant assosiert med redusert risiko for lungekreft. Multivariat logistisk regresjonsanalyse viste en signifikant sammenheng for lungekreft med UGT1A6 541A G (OR: 3,582, 95% KI: 01.27 til 10.04, p = 0,015), 552a C (OR: 5,364, 95% KI: 1,92 til 14,96, p = 0,001) og IVS1 + 130G T (OR: 0,191, 95% KI: 0,09 til 0,36, p 0,001). Funksjonell test viste at UGT1A6 105C T økt mRNA stabilitet, noe som gir en plausibel forklaring på sin tilknytning til redusert risiko for lungekreft. Således UGT1A6 polymorfismer kan brukes til å identifisere personer med øket risiko for utvikling av lungekreft
relasjon:. Kua L-F, Ross S, Lee S-C, Mimura K, Kono K, Goh B-C, et al. (2012) UGT1A6 Polymorfisme Modulert Lung Cancer Risk i en kinesisk befolkning. PLoS ONE 7 (8): e42873. doi: 10,1371 /journal.pone.0042873
Redaktør: Rui Medeiros, IPO, Inst Port Oncology, Portugal
mottatt: 12 mars 2012; Godkjent: 12 juli 2012; Publisert: 17 august 2012
Copyright: © Kua et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av National Healthcare Group (Singapore) lite nyskapende tilskudd [NHG-SIG /06007]. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) står for mer enn 85% av primærlungekrefttilfellene og om lag to tredjedeler av NSCLC pasienter blir diagnostisert på et avansert stadium. Sigarettrøyking har vært knyttet til lungekreft [1] – [4], hadde og over 60 kreftfremkallende blitt identifisert i sigarettrøyk [5] – [7]. Av disse benzo [a] pyren (BAP) og 4- (Methylnitrosamino) -1- (3-pyridyl) -1-butanon (NNK) er de mest studert. Metabolsk aktivering av BaP og NNK av cytokrom P450-enzymer resulterer i dannelsen av mer reaktive metabolitter som kan binde seg kovalent til DNA, et viktig skritt i lungekreft induksjon [8] -. [10]
uridine diphosphoglucuronosyltransferases ( UGTs) tilhører en superfamily av enzymer som er ansvarlige for å avgifte mange endobiotics og xenobiotics [11]. UGTs er ansvarlig for avgiftning av BaP og NNK [12] – [15]. Lavere glukuronidering aktiviteten hadde vært innblandet i lungekreft mottakelighet [16]. I tillegg har genetisk polymorfisme i UGTs korrelert med risiko og forekomst av forskjellige krefttyper, inkludert lungekreft [12], [17] – [20]. Blant alle UGT1A isoformer, hadde UGT1A6 vist seg å være den eneste UGT1A isoform uttrykt i lungevev [21].
Vi antok at polymorfismer i UGT1A6 kan påvirke evnen til å avgifte lungekreftkreftfremkallende og modulere kreftrisiko lunge . Her presenterer vi resultatene av en case-control studie som bruker 2 forskjellige kohorter og funksjonelt preget UGT1A6 105C . T polymorfisme
in vitro
Materialer og metoder
Study befolkningen
totalt 167 kinesiske lunge krefttilfeller og 162 kinesiske friske kontroller fra 2 uavhengige kohorter ble analysert. Det første kullet består av 72 lungekreftpasienter og 62 friske kontroller fra henholdsvis Cancer Center and Blood Donation Center fra National University Hospital, Singapore,. En andre kohort besto av 95 lungekreftpasienter og kontroller 100 fra 4 kliniske studier og ble brukt som valideringssettet. Fagene i denne kohorten var lungekreftpasienter fra to terapeutiske fase II-studier (henholdsvis n = 44 og 14) og en germline biomarkører studie (n = 37) og kvalifiserte kreftfrie kontroller fra en case-control studie av familiær tykktarmskreft i Singapore. Studien protokollen ble godkjent av institusjonelle ethnics vurdering styret ved National University Hospital, Singapore, og alle forsøkspersonene gitt skriftlig informert samtykke.
Datainnsamling
I det første kullet, forsøkspersonene var intervjuet i person av kvalifiserte medisinske fagfolk som brukte et strukturert spørreskjema. Demografisk informasjon inkludert alder, kjønn, røykestatus, paknings år med røyking og histologisk celletype ble samlet for alle fag. Lignende informasjon for andre kohort ble hentet fra journalnotater, og informasjon om røykestatus for kontrollene ble ikke oppnådd. Røykestatus ble kategorisert i aldri-røyker, ex-røyker og nåværende røyker. Histologiske celletyper ble kategorisert i tre grupper, nemlig adenokarsinom, plateepitelkarsinom og dårlig differensiert karsinom.
enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) genotyping
Åtte SNPs som var relativt vanlig i den asiatiske befolkningen basert på tidligere litteratur søk, ble valgt for denne studien. Av de fire variantene i ekson 1, tre ble koding (cSNPs) resulterer i aminosyre endringer, UGT1A6 19T G (S7A), 541A G (T181A) og 552a C (R184S), mens UGT1A6 105C T var synonymt variant. De resterende tre sekvensvarianter i 5 «regulatoriske regionen inkludert 2 SNPs, UGT1A6 -556C T og -427G C, og en sletting mutasjon -1310 til -1306 slette (aggag). UGT1A6 intronic variant IVS1 + 130G . T ble også undersøkt
Genomisk deoksyribonukleinsyre (DNA) ble hentet fra buffy coat fraksjoner ved hjelp Puregene DNA rensing kit (Gentra Systems, Inc., Minneapolis, Minnesota, USA). Kvaliteten og kvantiteten av DNA ble vurdert ved Nanodrop (ND-1000 spektrofotometer). Alle DNA har en A
260 /A
280 forhold på 1.7 til 1.9. Genotyping ble utført ved bruk av pyrosekvensering. For pyrosekvensering analyser, ble en positiv og en negativ kontroll inkluderes i hver 96-brønns plate. I korte trekk primere ble utformet basert på den UGT1A6 sekvensen. PCR-primere og sekvense primere ble utformet ved hjelp av pyrosekvensering analyse Design Software (versjon 1.0.6: Biotage AB, Uppsala, Sverige). BLAST-analyse ble utført for å bekrefte spesifisiteten av primerne for hvert exon. Detaljer om primer sekvenser og PCR forholdene er oppført i tabell S1. 250 ng genomisk DNA ved 50 ng /ul ble anvendt for hver PCR-reaksjon og PCR-produktene ble deretter underkastet pyrosekvensering med PyroMark ™ ID enhet (pyrosekvensering, Uppsala, Sverige). Validerings trinn ble gjennomført ved direkte sekvenseringsreaksjoner ved bruk av ABI PRISM® BigDye ™ terminator v 3.1 sykle sekvense kjemi
Plasmid konstruerer
Funksjonelle studier på nonsynonymous polymorfismer (UGT1A6 19T . G, 541A G og 552a C) har blitt gjort, mens IVS1 + 130G T er en intronic SNP, derfor valgte vi UGT1A6 105C T, som er et synonymt polymorfisme for vår funksjonell testing. For å vurdere om UGT1A6 105C T har noen innvirkning på UGT1A6 aktivitet, den varianten 105TT ble generert. Kort, plasmid vektor koding helaftens UGT1A6 * 1 sekvensen ble vennlig levert av Dr. Michael H. Court (Tufts University School of Medicine, Boston, Massachusetts). Den UGT1A6 kodende region ble subklonet inn i pcDNA 3.1 V5 /His Topo ekspresjonsplasmid-vektoren (Invitrogen). BLAST-analyse ble utført for å bekrefte den UGT1A6 sekvensen av plasmidet. Plasmidet ble deretter anvendt som templat for å generere substitusjon ved nukleotid 105 ved hjelp av GeneEditor
in vitro
seterettet mutagenese-systemet (Promega) med den indikerte primer 105CT (5′-5Phos /CCC TCA GGA TGG AAG CCA c-3 «) og primer Bottom Strand (følger med). Alle DNA-konstruksjoner ble verifisert ved sekvensanalyse. I korthet ble HEK293-celler ble dyrket i Dulbeccos modifiserte Eagles medium supplert med 10% føtalt bovint serum og 50 U /ml penicillin (Gibco) i en fuktet atmosfære av 5% karbondioksyd ved 37 ° C. Stabile transfeksjoner av plasmidet inn i HEK293-celler ble utført ved anvendelse av Lipofectamine 2000 (Invitrogen) ved en reagens til DNA-forhold på 03:01 i Opti-MEM® I redusert serummedium (Gibco). Alle transfeksjon eksperimenter ble utført i tre paralleller.
RNA stabilitet analysen
Vi neste undersøkte den mulige effekten av varianten UGT1A6 105TT på mRNA stabilitet. 10 pg /ml actinomycin D (Sigma) ble påført på cellekulturer dyrket over natten, og cellene ble høstet ved valgte intervaller opp til 24 timer. RNeasy Mini-Plus-kit (Qiagen) ble anvendt for å ekstrahere total RNA fra transfekterte celler, før og etter inkubasjon med actinomycin D.
Kvantifisering av transkripter
RNA ble isolert fra 5 x 10
5 celler ved de angitte tider (0, 2, 4, 8 og 24 timer) etter behandling med ActD og ble reverstranskribert til cDNA ved hjelp av Super III (Invitrogen). PCR-reaksjonen ble deretter utført som omfatter følgende: en pl cDNA, 10 pM av hver primere (UGT1A6: 5′-cagctgtcctcaagagagatgtgga-3 «og 5′-ccaatgaagaccatgttgggc-3′, GAPDH: 5»-tgaaggtcggagtcaacggatttggt-3 «og 5 «-catgtgggccatgaggtccaccac-3») og 2 x Strøm SYBR grønn Master Mix (som inkluderer SYBR grønn farge, Taq Polymearse, ROX, og dNTP) i et sluttvolum på 20 ul. Tomme vektor-transfiserte celler ble anvendt som kontroll, med data normalisert ved GAPDH-ekspresjon. Alle PCR reaksjoner ble utført i tre paralleller.
Western blotting
Vi har undersøkt effekten av varianten UGT1A6 105TT på protein stabilitet ytterligere. Behandlede celler ble lysert og proteinkonsentrasjoner ble målt. Proteiner (7,5 ug /brønn) ble løst med 4 til 15% gradient SDS-polyakrylamidgel-elektroforese (Invitrogen), etterfulgt av overført til en polyvinyliden fluorid (PVDF) mikroporøse membran (Millipore, Billerica, MA, USA) blokkert i PBS med 5% melk. Etter blokkering, ble membranen probet ved anvendelse av en kanin-anti-humant UGT1A6 primært antistoff fortynnet 1:1000 (IM-UGT1A6, BD Gentest, Woburn, MA) og et geite-anti-kanin-pepperrot peroksidase-konjugert sekundært antistoff (fortynnet 1:10,000) . Blottene ble fotografert av ECL-reagenser (ECL Prime, Amersham Pharmacia Biotech AB, Uppsala, Sverige) og av film prosessor (Konica SRX 101). Resultatene er fra to uavhengige eksperimenter.
Enzym-assay
Serotonin ble anvendt som substrat som det demonstrert substrat spesifisitet til UGT1A6 [22], [23], men en annen plattform metoden som er benyttet i denne studien. 0,01 mg av proteiner ble utsatt for 384-brønners sort plate (Corning, New York) med Transcreener ® HTS Fluorescent Intensitet (FI) Assay kit (Bellbrook Labs, Madison, WI). Hver Enzymreaksjonen ble utført omfattende den følgende: 50 mM HEPES (pH 7,5), inneholdende NaCl (100 mM), MgCl
2 (4 mM), EGTA (2 mM), 0,01% Brij-35, ditiotreitol (DTT ; 2 mM), DMSO (1%), UDPGA (5 mM) og med varierende konsentrasjoner av serotonin (Sigma) 0,5-30 mM i et endelig volum på 25 ul. Platen ble inkubert ved RT i 45 min, og reaksjonene ble stanset ved tilsetning av 25 ul iskald metanol. Platen ble deretter lese på en Tecan Infinite M200 plateleser. Alle enzymreaksjoner ble utført i tre paralleller. De innledende avlesninger ble omdannet til dannet ved anvendelse av GraphPad Prism for å interpolere disse verdiene fra de UDPGA /UDP standardkurver mengde av UDP. Michaelis-Menten kurver ble generert ved hjelp GraphPad Prism. Data plottes er fra to uavhengige eksperimenter, og resultatene er presentert som gjennomsnitt ± S.D. av triplicates.
Statistiske analyser
Case-control forskjeller i baseline ble evaluert ved hjelp av t-tester (for kontinuerlige variabler) og khikvadrattester (for kategoriske variabler). Odds ratio (OR) ble avledet fra Chi-kvadrat test, og 95% konfidensintervall (KI) av OR ble gitt. Sammenhengen mellom SNPs med alder, kjønn, røykestatus og TNM etapper ble testet i lungekreft fag ved hjelp av chi-kvadrat test. All statistisk analyse inkludert univariat og multivariat logistisk regresjonsanalyse ble utført ved hjelp av SPSS versjon 11.5 (SPSS Inc., Chicago, Ill., USA). Hardy-Weineberg likevekt test, koblingsulikevekt analyse (angitt som D «) og case-control haplotype analyse (permutasjon test) ble beregnet ved hjelp av SNPAlyze ver.7.
Resultater
Kjennetegn på pasienter og kontroller
baseline karakteristikker av lungekreftpasienter og kontroller av både kohorter er oppsummert i tabell 1. Det var en statistisk signifikant forskjell i alder, kjønn og røykestatus mellom lungekreftpasienter og friske kontroller, med flere menn (p = 0,003) og røykere (p 0,001) i lungekreft gruppen. Sammenlignet med friske kontroller, pasienter med lungekreft, var generelt eldre (p = 0,04). Adenokarsinom var den vanligste histologiske subtype, sto for 60% i lungekreftpasienter. Det var ingen signifikant forskjell i baseline karakteristika for lungekreftpasienter og friske kontroller mellom testing og validering kohorter (data ikke vist).
genotype og allelfrekvenser av UGT1A6 polymorfismer (tabell 2)
av de åtte genotypede SNPs, ble fem signifikant assosiert med lungekreft, når testet i det første kullet består av 72 lungekreftpasienter og 62 kontroller. UGT1A6 19T G, 541A G og 552a C var assosiert med økt risiko for lungekreft, mens UGT1A6 105C T og IVS1 + 130G T ble omvendt assosiert med risikoen for lungekreft. UGT1A6 19T G, 541A G og 552a C var vanlig hos lungekreftpasienter med mindre allelfrekvensene av 38%, 45% og 48% henholdsvis
Disse 5 SNPs ble videre vurdert i andre kohort bestående. av 95 kinesiske lungekreftpasienter og 100 kinesiske uovertruffen kontroller. UGT1A6 19T G, 541A G og 552a C forble forbundet med økt risiko for lungekreft, og UGT1A6 105C T og IVS1 + 130G T forble signifikant assosiert med redusert risiko for lungekreft
Fastsettelse av faktorer forbundet. selvstendig med lungekreft: univariat og multivariat analyse
For å bestemme faktorer assosiert med lungekreft, vi først brukt univariate analyser og identifisert følgende faktorer: alder, kjønn, røykestatus, og fem SNPs (Tabell 3). Justert for covariables identifisert ved univariat analyse ved hjelp av multivariat analyse fant vi bare røykestatus (OR: 3,385, 95% KI: 1,86 til 6,15, p 0,001), UGT1A6 541A G (OR: 3,582, 95% KI: 01.27 til 10.04 , p = 0,015), 552a C (OR: 5,364, 95% KI: 1,92 til 14,96, p = 0,001) og IVS1 + 130G T (OR: 0,191, 95% KI: 0,09 til 0,36, p 0,001) var uavhengig prediktiv faktor for risikoen for lungekreft.
Hardy-Weinberg likevekt, koblingsulikevekt (LD) og haplotype analyse
Videre analyser av settet av DNA polymorfismer som er arvet sammen, også kjent som haplotyper ble utført med følgende results.UGT1A6 19T G og IVS1 + 130G T viste signifikant avvik fra Hardy-Weinberg likevekt mellom kontrollene. UGT1A6 552a C var i umiddelbar LD med UGT1A6 541A G (D «= 0,9706, r
2 = 0,7795) i lungekreftpasienter. UGT1A6 105C allel ble sterkt knyttet til UGT1A6 541G og 552a allel kontroll (tabell 4). Tabell 5 oppsummerer haplotype frekvenser av case-control sammenligninger fra permutasjon tester. UGT1A6 541A G ble ekskludert fra denne analysen fordi det var i nærheten av LD med 552a C. Ti unike haplotyper kan utledes ved hjelp av fire risiko endre alleler, med data sensurert på frekvens på 1%.
Blant disse fem haplotyper viste signifikant p-verdi i permutasjon test, hvorav tre var assosiert med økt risiko for lungekreft. Haplotype # 2 inneholder to risiko alleler av UGT1A6 19G og 552C hadde en høyere OR av 13.57 (95% KI: 6,15 til 29,93) sammenlignet med haplotype # 4 (OR: 2,65, 95% KI: 1,26 til 5,59) som inneholder en risiko allel av UGT1A6 552a og haplotype # 6 (OR: 2,35, 95% KI: 1,23 til 4,48) som inneholder to risiko alleler av UGT1A6 19G og 552C, og en «beskyttende» allel av UGT1A6 intron 1 + 130T. To haplotyper ble assosiert med redusert risiko for lungekreft, inkludert haplotype # 3 (OR: 0,23, 95% KI: 0,12 til 0,43) og haplotype # 7 (OR: 0,13, 95% KI: 0,04 til 0,44).
In vitro funksjonell karakterisering av variant UGT1A6 105TT
In vitro
, ble mRNA stabilitet testet etter blokkering transkripsjon ved å behandle cellene med actinomycin D (ActD). Variant UGT1A6 105TT mRNA var mer stabil enn villtype med vesentlig høyere mRNA nivået observert ved 4 timer (p = 0,039) og 8 timer (p = 0,004) etter behandling med ActD (figur 1A). Økt stabilitet av variant UGT1A6 105TT mRNA gitt høyere protein ekspresjon og enzymaktivitet sammenlignet med vill-type ved 48 timer etter behandling med ActD (figur 1 B, C og D).
UGT1A6 * 1 og UGT1A6 105TT konstruksjoner var stabilt transfektert inn HEK293 celler. (A) Cellene ble høstet ved behandling med ActD ved forskjellige tidspunkt opp til 24 timer. Dataene plottet er tidskursendringer i det resterende beløpet av UGT1A6 mRNA etter ActD behandling. Det var signifikant høyere mRNA nivå i UGT1A6 105TT enn UGT1A6 * 1 transfekterte celler på 4 timer (p = 0,039) og 8 timer (p = 0,004) etter behandling med ActD. (B) Western blot-analyse. Cellelysat brukt var fra 5 × 10
5 celler ved de angitte tider (0, 8, 24 og 48 timer) etter behandling med ActD. Det var en nedregulering på protein ekspresjon i UGT1A6 * 1 i forhold til UGT1A6 variant ved 48 timer etter behandling med ActD. UGT1A6 aktivitet ble målt ved evaluering av produksjonen av serotonin glucuronid ved bruk av lysat fra variant UGT1A6 (VT) og UGT1A6 * 1 (WT) ved 0 timer (C) og 48 timer (D) etter ActD behandling, med substratkonsentrasjoner varierte 0,5-30 mM serotonin. Virksomheten er uttrykt som reaksjonshastigheten (nanomol serotonin glukuronid dannet per minutt per milligram protein).
Diskusjoner
Dette er den første studien som beskriver sammenhengen mellom UGT1A6 polymorfismer og lunge kreft. Den UGT1A6 genet er ansvarlig for avgiftning av kreftfremkallende som BaP fra sigarettrøyk [13] – [15]. Kvantitative eller kvalitative endringer i UGT1A6 uttrykk kan påvirke hastigheten av glukuronidering, og dermed endre risikoen for å utvikle lungekreft.
Flere polymorfismer har blitt rapportert i 5′-regulatorisk region, ekson 1 og introner av UGT1A6 [24 ], [25]. Blant disse tre ikke-synonyme polymorfismer i kodon 7, 181 og 184 (UGT1A6 19T G, 541A G og 552a C, henholdsvis), kollektivt referert til som UGT1A6 * 2, ble den mest studerte. Det er klassifisert som en «lav aktivitet» variant for flere fenoliske forbindelser, inkludert aspirin [26] og er assosiert med redusert kolorektal adenom i fag å ta langsiktig aspirin [27].
I denne studien, hadde vi viste at personer med UGT1A6 * 2 (haplotype # 2 og 6) hadde økt risiko for lungekreft. Våre funn var forenlig med en rapport om redusert glukuronidering aktivitet hos personer med UGT1A6 * 2 allelet sammenlignet med villtype [26]. Krishnaswamy
m.fl.
også demonstrert 50% lavere UGT1A6 mRNA nivåer (p = 0,026) i bærere av UGT1A6 19T . G polymorfisme sammenlignet med noncarriers men uten signifikant effekt på UGT1A6 proteininnhold eller glukuronideringsprosessen aktiviteter [24]. Det skal bemerkes at det var motstridende rapporter fra minst 2 studiene tyder på øket enzymaktivitet i UGT1A6 * 2 allozymes [28], [29]. Men den økte aktiviteten i varianten UGT1A6 allozyme ikke oversette til økt underlaget clearance hos variant humanlevermikrosomer [29]. Det er sannsynlig at bortsett fra enzymaktivitet, kan mRNA degradering være ansvarlig for variasjonen av i UGT1A6 aktivitet
To polymorfismer UGT1A6 105C . T og IVS1 + 130g T ble funnet å være assosiert med redusert risiko for lungekreft . Den UGT1A6 105C T er et synonymt SNP som er lokalisert i exon 1 i UGT1A6 genet. Selv om polymorfisme ikke resulterer i kvalitativ endring av UGT1A6, vår
in vitro
resultater har vist at T-allelet er assosiert med øket mRNA-stabilitet og høy UGT1A6 aktivitet i variant protein sammenlignet med vill-type. Dette kan forklare den beskyttende effekten av UGT1A6 105 T-allelet i å redusere risikoen for lungekreft. I tillegg den beskyttende effekten av UGT1A6 105C T kan skyldes dens inverse sammenhengen med UGT1A6 * 2 (UGT1A6 541A G og 552a C).
UGT1A6 IVS1 + 130G T ble funnet å være bare SNP forbundet med redusert risiko for lungekreft i multivariat analyse. Det er uklart hvordan UGT1A6 IVS1 + 130G T modulerer kreftrisiko lunge som det ligger i den første intronic regionen av UGT1A6 genet. In-silico analyse ved hjelp Human skjøting Finder program (https://www.umd.be/HSF/) antydet at dette SNP ikke påvirke noen bevarte nukleotider av grenen området i intronic regionen (data ikke vist), og vil være ikke å påvirke skjøting aktivitet
Selv om vi fant UGT1A6 IVS1 + 130G . T for å være i moderat koblingsulikevekt med UGT1A6 541A G (betegnet som UGT1A6 * 5), kan det ikke forklare den beskyttende effekten observert. Mens UGT1A6 er den dominerende UGT1A isoform uttrykt i lunge, andre UGT1A isoformer (UGT1A1 og 1A9) uttrykt i leveren kan likevel påvirke systemisk clearance av kreftfremkallende forbundet med sigarettrøyking [30], [31].
Det er mulig at IVS1 + 130G T kan være i koblingsulikevekt med polymorfismer i andre UGT1A isoformer som spiller en «beskyttende» rolle i risikoen for lungekreft. . For eksempel, Saeki
et al product: [32] har vist at UGT1A6 IVS1 + 130G T er i tett LD med UGT1A9 * 22, en høy enzymatisk aktivitet allel som er kjent for å øke transkripsjon. I tillegg har UGT1A6 vist seg å være i koblingsulikevekt med UGT1A1 og UGT1A7 [33] – [36]. Selv om det ikke uttrykkes i lunge, har disse UGT isoformer vist seg å være viktig i clearance av BaP [30], [31].
Den største styrken til denne studien er at våre funn ble validert i en uavhengig kohort. Analysen ble begrenset til en etnisk gruppe for å minimere sannsynligheten for falske positive resultater på grunn av befolknings heterogenitet. Det er imidlertid flere begrensninger i vår studie at vi erkjenner. For det første er lungekreft pasienter og friske kontroller ble ikke matchet for alder, kjønn og røyking historie. For det andre, to SNPs, UGT1A6 19T G og IVS1 + 130g T avvek fra Hardy Weinberg ligningen. Avvik fra Hardy Weinberg ligningen kan være forårsaket av feil i genotype [37], [38]. Vi hadde tatt tiltak for å utelukke genotyping feil ved å bruke både pyrosekvensering og direkte sekvense metode for å identifisere variant SNPs i våre forsøkspersonene.
I konklusjonen, antyder denne studien at UGT1A6 polymorfismer kan modulere risikoen for lungekreft. UGT1A6 105C T vist seg å øke mRNA stabilitet, noe som gir en plausibel forklaring på sin tilknytning til redusert risiko for lungekreft. Vår studie tyder på at UGT1A6 genotyping kan integreres i lungekreft screening strategi for å bidra til å identifisere mottakelige populasjoner.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Liste over PCR og sekvenseringsprimere. Liste over alle primere anvendt for å amplifisere og rekkefølge hver av de åtte UGT1A6 SNP er vist, med informasjon om SNP rsid og deres lokalisering tilgjengelig. Størrelsen av PCR-produktene og glødetemperaturen for hver PCR-reaksjon er også vist. Biotinylerte primere for pyrosekvensering analysen er angitt med §
doi:. 10,1371 /journal.pone.0042873.s001 plakater (DOC)
Takk
Vi takker Dr.Michael H. Court (Tufts University School of Medicine, Boston, Massachusetts) for å gi oss plasmid vektor koding helaftens UGT1A6 * 1 sekvens.
