Abstract
polyploide gigant kreftceller (PGCCs) er en morfologisk distinkt undergruppe av humane tumorceller med økt atomstørrelse eller flere kjerner, men de er generelt ansett uvesentlig fordi de antas å være nondividing og således nonviable . Vi har nylig vist at disse store kreftceller er ikke bare levedyktig, men også kan dele asymmetrisk og gi avkom kreftceller med kreft stamceller-lignende egenskaper via spirende divisjon. For ytterligere å forstå de molekylære hendelser som er involvert i reguleringen av PGCCs og generering av deres avkom kreftceller, vi forhold analysert proteomikk profiler av PGCCs, PGCCs med spirende datterceller, og regelmessige kontroll kreftceller fra HEY og SKOV3 menneskelige kreftcelle eggstokkreft linjer med og uten CoCl
2. Vi brukte en high-throughput iTRAQ-baserte proteomikk metode kombinert med væskekromatografi-elektrospray ionisering tandem massespektroskopi for å bestemme de differensierte regulerte proteiner. Vi utførte Western blotting og immunhistokjemiske analyser for å validere forskjeller i uttrykk mønstre av en rekke proteiner mellom PGCCs eller spirende PGCCs og vanlige kreftceller identifisert av iTRAQ tilnærming og også en utvalgt gruppe av proteiner fra litteraturen. De forskjellig regulert proteiner inkludert proteiner involvert i respons på hypoksi, stamcelle generasjon, kromatin remodellering, cellesyklusregulering, og invasjon og metastasering. Spesielt fant vi at HIF-1alpha og dens kjente mål STC1 er oppregulert i PGCCs. I tillegg fant vi at et panel av stamcelleregulerende faktorer og epitel-til-mesenchymale overgang regulatorisk transkripsjonsfaktorer ble oppregulert i spirende PGCCs, mens uttrykk for histone en familie av nukleosomale linker proteiner var gjennomgående lavere i PGCCs enn i kontrollceller . Dermed proteomikk uttrykk mønstre gi verdifull innsikt i de underliggende mekanismene for PGCC dannelse og forholdet mellom PGCCs og kreft stamceller hos pasienter med eggstokkreft
Citation. Zhang S, Mercado-Uribe jeg, Hanash S, Liu J (2013) iTRAQ-basert proteomikk Analyse av polyploid Giant kreftceller og Budding avkom celler avslører flere forskjellige mekanismer for Ovarian Cancer Development. PLoS ONE 8 (11): e80120. doi: 10,1371 /journal.pone.0080120
Redaktør: Nanette H biskopsråd, University of Miami School of Medicine, USA
mottatt: 03.06.2013; Godkjent: 29 september 2013; Publisert: 14.11.2013
Dette er en åpen-tilgang artikkelen, fri for all opphavsrett, og kan bli fritt reproduseres, distribueres, overføres, endres, bygd på, eller brukes av alle for ethvert lovlig formål. Arbeidet er gjort tilgjengelig under Creative Commons CC0 public domain engasjement
Finansiering:. Dette arbeidet støttes av Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT) Multi Investigator Grant; National Institutes of Health R01CA131183-01A2; IP50CA83639 (MD Anderson spesialiserte programmer for Research Excellence [SPORE] i eggstokkreft). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
polyploid giganten kreftceller (PGCCs) er en undergruppe av store atypiske kreftceller funnet det meste i solide tumorer. PGCCs er hovedårsaken til epitelial tumor heterogenitet og omfatter 0,1% til 20% av tumorvolumer, med disse prosent øker med scene og malignitet [1,2]. De kjernefysiske egenskaper til disse store tumorceller, inkludert deres kjernefysisk størrelse og form, kromatin mønster, antall nucleoli, og antall kjerner, er blant de mest beskrevne histopatologiske trekk ved humane tumorer. Antallet PGCCs øker vanligvis med den patologiske karakter og scene [3-5]. Vårt nylige data viste at PGCCs bidra til fast tumor heterogenitet og spiller en viktig rolle i startfasen, metastase, og chemoresistance [6] og dannelse av erytroide celler fra normale fibroblaster og kreftceller [7]. Visse antimitosemekanisme kjemoterapi medikamenter kan også øke dannelsen av PGCCs i tumorer, og PGCCs blir ofte ansett for å være på scenen for mitotisk katastrofe og på randen av apoptose [8]. Polyploide kjempeceller kan også observeres i skjelettmusklene under normale vekst, osteoklaster, virusinfiserte celler, vevskulturer, aldring (senescent) celler [9], og understreket (f.eks oksidativt eller metabolsk stress) celler, og kan genereres via cellefusjon eller avbrutte cellesyklus [10]. PGCCs kan også gå tilbake til vanlig størrelse kreftceller (diploide kreftceller) i en divisjon prosess som kalles deploidization [11-14] eller neosis [15]. Alle disse funksjonene indikerer at PGCCs kan spille en viktig rolle i tumorutvikling. Imidlertid PGCCs ikke har tiltrukket seg stor oppmerksomhet i kreftforskning fellesskap på grunn av deres dårlig forstått biologi i tumorer.
Det er velkjent at svulster vokse i et hypoksisk miljø, og hypoksi kan lette dannelsen og opprettholdelsen av cancer stamceller og således stimulere tumorvekst [16-18]. Nylig brukte vi kobolt klorid (CoCl
2), en hypoksi mimetisk mye brukt til å behandle anemi [19,20], for å rense og oppnå stabil vekst av PGCCs som ellers ville ha differensiert i serveringskreftceller og vist at PGCCs har kreft stamcellelignende egenskaper [6]. For ytterligere å forstå de underliggende mekanismene som er involvert i differensial regulering av vanlige kreftceller, PGCCs og PGCCs med spirende dattercellene vi ansatt isobar tagging for relativ og absolutt kvantifisering (iTRAQ) for å identifisere differensielt uttrykte proteiner i PGCCs og spirende avkom celler bruker HEY og SKOV3 cellelinjer som modellsystemer.
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
Omsorg og bruk av mus ble godkjent av MD Anderson Institutional Animal Care og bruk komité.
Kreft cellelinjer og kultur
den menneskelige eggstokkreft cellelinjer HEY og SKOV3 ble kjøpt fra American Type Culture Collection. Kulturen i HEY og SKOV3 celler ble beskrevet tidligere av vår gruppe [21]. De to cancercellelinjene ble holdt i fullstendig Eagles minimale essensielle medium (EMEM), som er minimum essensielt medium supplert med føtalt bovint serum og antibiotika.
Produksjon og rensing av PGCCs
HEI og SKOV3 cellene ble dyrket i fullstendig EMEM i T75-kolber inntil de nådde 90% konfluens. For PGCC generasjon, CoCl
2 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) ble tilsatt til kolbene til en sluttkonsentrasjon på 300 uM og dyrket i 48-72 h, som tidligere beskrevet [6]. Etter å ha blitt skyllet med 1 x fosfatbufret saltvann (PBS) ble cellene dyrket i EMEM vanlig. De fleste vanlige store HEY cellene døde etter denne behandlingen, og bare spredte PGCCs levde etter behandling med CoCl
2. Ti til 14 dager senere, PGCCs utvinnes fra behandling med CoCl
2 og spirende datterceller avledet fra PGCCs ble observert og fotografert. Etter tre ganger av behandlinger med CoCl
2 (for å skaffe nok renset PGCCs), flasker av renset PGCCs (1 × 10
6) ble høstet for Western blotting og iTRAQ analyse før PGCCs generert dattercellene. Når PGCCs ble dyrket i fullstendig medium og fikset tre eller fire behandlinger med CoCl
2, PGCCs (4 × 10
4) med nylig spirende datterceller (1 × 10
5) (ca. 30% PGCCs og 70% spirende datterceller) ble brukt for protein utvinning og senere analyse.
Fremstilling av proteinekstrakter
Friske pellets av rensede PGCCs, 30% gjenvunnet PGCCs og 70% mindre datterceller, og kontrollceller ble resuspendert i 1 ml cellevaskebuffer (ProteaPrep Cell Lysis Kit ; Protea biovitenskap, Morgantown, WV, USA) og deretter sentrifugert ved 12 000 x
g
i 5 min ved 4 ° C. Etter to vaskinger ble cellepelletene resuspendert i 500 ul av ProteaPrep cellelyseringsbuffer og inkubert på is i 30 min. Intermitterende ultralydbehandling ble anvendt for å fullt ut lysere cellene; cellelysatet ble sentrifugert ved 12.000 x
g
i 10 minutter ved 4 ° C, og supernatanten ble overført til en ren 1,5 ml rør. Før lagring av supernatanten ved -70 ° C, anioniske syrelabile overflateaktivt middel II vaskemiddel (Protea Biosciences) oppbygging på supernatanten ble degradert ved bruk av maursyre.
iTRAQ merking av proteinprøver
iTRAQ-basert proteomikk analyse ble gjort av Protea biovitenskap (Vennligst referer til produsentens instruksjoner). I korthet, når konsentrasjonene av fem prøver av hvert protein analyseres ble målt, ble prøvene utfelt med aceton ved en 6: 1-forhold (aceton: prøve), og den totale proteinisolatene av fem prøver ble resuspendert i løpet av mindre enn 60 ul av oppløsningen buffer og 1 mL av denaturant fra iTRAQ kit. Deretter 2 ul av reduksjonsmiddel og 1 pl av cystein blokkerende reagens ble tilsatt til hver av prøvene. Etter spaltning ved tilsetning av 2 ug trypsin ble prøvene merket med iTRAQ reagenser (tabell S1) ved tilsetning av innholdet i hetteglasset iTRAQ til prøveløsningene (Protea Biosciences). De iTRAQ reagenser ble rekonstituert med 50 pl etanol. Etter at iTRAQ flasken ble det tilsatt, ble prøvene inkubert ved romtemperatur i 60 min. 100 ul avionisert vann ble tilsatt til hver prøve ampulle, og prøvene ble inkubert i 30 minutter ved romtemperatur. Prøvene som skal sammenlignes med hverandre, ble kombinert i en gruppe, og ble lyofilisert og rekonstituert i sterk kationbytter (SCX) rekonstituering buffer.
væskekromatografi fraksjone
prøver av proteinet ble fraksjonert ved hjelp SCX ProteaTip SpinTips (Protea biovitenskap). Tipsene ble først vasket to ganger ved å tilsette 50 mL av SCX rekonstitusjonsoppløsningen (Protea biovitenskap). Prøvene ble deretter lagt i ring spisser og sentrifugert ved 6000 rpm i 3 min og deretter vasket ved tilsetning av 50 ul av rekonstitusjonsoppløsningen til toppen av spinn tips. Prøvene i ring tips ble deretter vasket på ny med SCX rekonstitusjonsoppløsning og ble eluert sekvensvis med 150 ul av elueringsoppløsningen sammensatt av 20, 40, 60, 80, 100, 150, 250, eller 500 mM ammoniumformiat i 10% acetonitril. Åtte fraksjoner som svarer til hver saltkonsentrasjonen ble oppsamlet. Hver fraksjon ble renset ved gjentatt frysetørking og syrebehandling. Etter endelig frysetørking, ble fordøyer rekonstituert i 40 pl acetonitril /vann /maursyre (5% /95% /0,1%)
Væskekromatografi-elektrospray ionisering-massespektrometri
Massespektrometrisk ( MS) analyse av disse prøvene ble utført ved hjelp av en QTRAP 5500 system (Applied Biosystems, Toronto, Canada) for kjøpet av MS og tandem MS (MS /MS) data. Peptider ble lastet på en Kinetex 100,0 × 2,1 mm C18-kolonne (100 Å, 2,6 mikrometer, Phenomenex, Torrance, CA, USA) og deretter sendt til mobil-fase eluering i buffer A og buffer B (se tabell S2 for detaljert informasjon om eluering). Peptidene ble eluert ved en strømningshastighet på 200 mL /min. Den væskekromatografi elueringsmiddel ble sendt til en elektrospray ionisering kilde for kvantitativ time-of-flight MS-analyse. Elektro ionisering ble utført for informasjon avhengig oppkjøpet i positiv-ion-modus med en spray spenning på 5 kV og valgt masse rekke 100-1000
m Twitter /
z
. Den QTRAP 5500-systemet ble operert i data-avhengige oppkjøpet modus. De tre mest helt ladede peptider over et 5-tellegrensen er blitt valgt på MS /MS.
Peptidene ble identifisert og kvantifisert ved hjelp av ABI Protein ProteinPilot programvare 3.0 (Applied Biosystems, CA, USA). Paragon algoritmen i ProteinPilot programvare ble anvendt for peptidet identifikasjon. Hver MS /MS-spektrum ble søkt mot den internasjonale Protein indeks humant protein database, og de identifiserte proteiner med 95% sikkerhet ble akseptert på grunnlag av deres tillit skårer oppnådd ved hjelp av ProteinPilot programvare. Prosent dekning ble beregnet som prosentandelen av tilsvarende aminosyrer fra identifiserte peptider med tillit større enn 0 dividert med det totale antall aminosyrer i sekvensen.
Immunohistokjemisk farging av PGCC-avledede tumorer i mus
inokulering av nakne mus med regelmessige HEY cancerceller eller PGCCs og påfølgende tumorvekst ble tidligere beskrevet [6]. Ti PGCCs og 1 x 10
6 vanlige HEY kreftceller for hver naken mus ble subkutant injisert i flankene av mus. Musene ble drept og tumorene fjernet når den gjennomsnittlige svulstdiameter nådde 0,5-1,0 cm. Immunhistokjemisk farging av tumorvevet ble utført ved anvendelse av avidin-biotin-peroksidase-metoden som beskrevet tidligere [6]. Parafin-embedded svulstvev ble deparaffinized i xylen og rehydrert bruker graderte fortynninger av alkohol i vann. Etter å ha blitt vasket med PBS, ble deler av tumorvevet kastet antigen gjenfinning i 0,01 M natrium-citrat-buffer (pH 6,0) i en autoklav i 10 min. Etter endogen peroksidaseaktivitet og ikke-spesifikk proteinbinding på delene ble blokkert, ble seksjonene inkubert med primære antistoffer over natten ved 4 ° C i et fuktet kammer (se tabell S3 for detaljert informasjon antistoff). Vi behandlet senere prøvene med en biotinylert geit-anti-kanin-IgG, og signalet ble detektert ved anvendelse av et streptavidin-biotin-systemet i nærvær av den kromogen 3,3′-diaminobenzidin. Kjernene ble kontra med hematoksylin.
Western blot-analyse
Basert på resultatene proteomic, en gruppe av potensielt viktige proteiner valgt fra litteraturen ble bestemt ved Western blot. Celleekstrakter av rensede PGCCs, ble PGCCs med spirende datterceller, og kontrollcellene lysert i en iskald bufferoppløsning. Proteiner i cellene ble separert på en 10% natrium-dodecyl-sulfat-polyakrylamid-gel og overført til en polyvinylidenfluorid membran (GE Healthcare, Waukesha, WI, USA). Etter å ha blitt blokkert med 5% fettfri melk i Tris-bufret saltvann med 0,1% Tween-20 i 1 time ved romtemperatur, ble membranene inkubert med de passende primære antistoffer ved 4 ° C over natten og deretter med sekundære antistoffer ved romtemperatur i 1 h. Protein uttrykket ble målt ved bruk av ferdigblandet ECL Plus reagens (GE Healthcare og biovitenskap, Pittsburgh, PA, USA) og utviklet ved hjelp av en X-OMAT 2000 film prosessor (Eastman Kodak, Rochester, NY, USA). Alle Western blot eksperimenter ble duplisert, og β-aktin ble benyttet som en protein-lastekontroll.
Resultater
CoCl
2-indusert dannelse av PGCCs
Som vi har beskrevet tidligere, kan dannelsen av PGCCs induseres ved behandling med CoCl
2 [6 ]. Høye konsentrasjoner av CoCl
2 selektivt drepe diploide celler, mens lave konsentrasjoner kan indusere PGCC formasjon via cellefusjon. Som vist i figur 1, kontroll HEY celler var uregelmessig form med små apofyser. Behandling med CoCl
2 ved en høy konsentrasjon (300 uM i 72 og 48 timer for HEI og SKOV3-celler, henholdsvis) drept de fleste av de differensierte cellene, og PGCCs kunne klart visualisert etter at vi har fjernet noen flytende døde celler. Etter at kulturene utvinnes fra CoCl
2 behandling, de overlevende PGCCs genererte datterceller via spirende når de dyrkes i komplett medium med 10% serum [6].
(A) Kontroll HEY celler. (B) HEY PGCCs etter behandling med CoCl
2. (C) HEY PGCCs genererer dattercellene via spirende (svarte piler). (D) Kontroll SKOV3 celler. (E) SKOV3 PGCCs etter behandling med CoCl
2. (F) SKOV3 PGCCs genererdattercellene via spirende (svarte piler).
Protein identifikasjon og relativ protein kvantifisering i PGCCs og kontrollkreftceller
For å bestemme den globale protein signatur i forbindelse med dannelsen av PGCCs utførte vi proteomikk analyser av renset PGCCs og sammenlignet protein uttrykk i dem med de i kontrollceller og PGCCs gjennomgår spirende. Vi isolert totale proteinekstrakter fra HEY PGCCs alene, HEY PGCCs med spirende datterceller, kontrollerer HEY celler, SKOV3 PGCCs alene, og styrer SKOV3 celler. Proteiner ble fordøyd med trypsin, merket med iTRAQ reagenser (114-117), og analysert ved hjelp av tandem massespektrometri for å identifisere forskjeller i proteinnivåer mellom disse gruppene. For å øke dekningen av protein identifikasjon og /eller tillit til data generert, prøvene var iTRAQ-merket i to eksemplarer som følger: HEY PGCCs, 114; HEY PGCCs med spirende, 115; kontrollere HEY, 116; SKOV3 PGCCs, 116; og kontroll SKOV3, 117. Bruke iTRAQ, vi identifisert og sortert de ulike proteiner i henhold til Ubrukt ProtScore. Forholdet mellom forskjellige iTRAQ merkings reagenser er angitt den relative overflod av proteinene. Totalt 1,188 unike proteiner ble identifisert med 95% sikkerhet ved ProteinPilot søkealgoritme og matchet med proteiner i International Protein Index humant protein database. Relativ kvantifisering av peptidet ble utført med ProteinPilot 3,0 programvare med statistisk analyse (
P
0,05) for valg av potensielt differensielt uttrykte proteiner. I HEY PGCCs, ble 64 proteiner forskjellig uttrykt i forhold til PGCCs med spirende dattercellene og kontrollceller; 25 Proteinene ble oppregulert i PGCCs og 39 ble nedregulert (tabell 1). I SKOV3 PGCCs, ble 62-proteiner uttrykt på en annen måte sammenlignet med kontroll-celler, med 40 oppregulert og 22 nedregulert (tabell 2). De iTRAQ data fra de ulike celletyper HEY kan deles inn i ni funksjonelle kategorier med PANTHER klassifiseringssystem (www.pantherdb.org; Figur S1) inkludert bindende, katalytisk aktivitet, enzym regulator aktivitet, ionekanal aktivitet, motorisk aktivitet, strukturelle molekyl aktivitet, transkripsjon regulator aktivitet, oversettelse regulator aktivitet og transporter aktivitet
Tiltredelse
Protein Navn
Funksjon
peptider (95%)
% dekning
Ratio. (Eksempel 1: 3)
P-verdi (Eksempel 1: 3
Ratio (Eksempel 2: 3)
P-verdi (Eksempel 2: 3)
oppregulert (25) IPI00909303.2CTSB cDNA FLJ58073, moderat ligner Cathepsin B ( *) lysosomal cystein protease2404.701.75E-024.561.46E-02IPI00011229.1CTSD Cathepsin DTumor invasiveness132.774.165.22E-031.778.00E-02IPI00183695.9S100A10 Protein S100-A10cell syklusprogresjon og differentiation148.453.386.16E-024.294.91E-02IPI00845339. 1HSPA1B; HSPA1A cDNA FLJ54392, svært lik Heat shock 70 kDa protein 1 (*) proteinfolding, og bidrar til å beskytte cellene mot stress849.453.267.62E-061.443.54E-02IPI00737171.1LOC729317 lik spenningsavhengig anion kanal 2Mitochondria-mediert apoptosis421.842.718.39E-042.658.23E-02IPI00216308.5VDAC1 spenningsavhengig anion-selektiv kanal protein 1Mitochondria-mediert apoptosis129.332.538.72E-021.681.73E-02IPI00220827.5TMSB10 Thymosin beta-10Cytoskeleton479.552.154.82E-012.611.33E- 02IPI00010402.2SH3BGRL3 Antatte uncharacterized proteinpotentially involvert i motstands av celler til apoptose-indusert av TNF-α458.412.141.36E-052.191.52E-03IPI00186711.4PLEC isoform 2 av Plectin (*) En kobling mellom de tre hovedkomponentene i cytoskeleton433. 672.042.02E-031.781.81E-02IPI00020984.2CANX cDNA FLJ55574, svært lik CalnexinChaperone molekyler (som bistår proteinfolding og kvalitetskontroll) 231.901.981.38E-012.424.26E-02IPI00940656.1LOC723972; ANP32A 28 kDa proteinInhibitor en av PP2A443.721.902. 36E-031.851.55E-02IPI00872814.1MSN (moesin) 68 kDa proteinCross bindings mellom plasmamembraner og aktin-baserte cytoskeletons443.061.892.20E-041.794.65E-02IPI00025491.1EIF4A1 Eukaryote initiering faktor 4A-IProtein synthesis225.371.645.89E-030,969 .17E-01IPI00220362.5HSPE1 10 kDa heat shock protein, mitokondriell (*) Molecular chaperones1081.371.601.84E-020.979.53E-01IPI00019502.3MYH9 isoform en av Myosin-9 (*) Muskel sammentrekning og eukaryote motility233.521.574.19E-021,274 .70E-01IPI00795408.1RPL23 15 kDa proteinRibosomal protein355.711.521.68E-020.895.64E-01IPI00012442.1G3BP1 Ras GTPase aktiverende protein-bindende protein 1RNA-bindende proteins333.481.503.45E-021.058.64E-01IPI00018352.1UCHL1 Ubiquitin karboksyl-terminal hydrolase isozym L1Protein post-translasjonell modification260.091.434.29E-021.153.60E-02IPI00789551.1SNHG4; MATR3 Antatte uncharacterized protein MATR3Interaction med kjernefysiske matrix proteiner for å danne fibrogranular network431.841.267.42E-011.454.94E-02IPI00021405.3LMNA isoform En av Prelamin -A /CReassembly av den kjernefysiske konvolutten og celle division1570.481.247.53E-031.057.28E-01IPI00294578.1TGM2 isoform en av Protein-glutamin gamma-glutamyltransferase 2absorption og secretion321.401.249.07E-031.213.24E-01IPI00021812.2AHNAK neuroblast differentiation- assosiert protein AHNAK (*) Den pseudopod protrusion og celle migration9084.771.204.81E-021.431.18E-02IPI00099550.1UBQLN1 isoform en av Ubiquilin-1Protein post-translasjonell modification222.241.189.96E-020.664.57E-02IPI00916861.1MDH1 Antatte uncharacterized protein MDH1An enzym som katalyserer oksidasjon av malat 134.321.115.28E-010.668.16E-03IPI00927101.1RPSA, RPSAP15, SNORA62; SNORA6 Antatte uncharacterized protein RPSANon-inte familie, laminin reseptoren 1.231.821.073.88E-010.401.30E-02Downregulated (39) IPI00217030 .10RPS4X 40S ribosomalt protein S4, X isoformS4E familie av ribosomalt proteins.150.190.988.27E-010.434.20E-02IPI00003362.2HSPA5 HSPA5 proteinMolecular chaperones1454.200.955.95E-010.774.22E-02IPI00554788.5KRT18 keratin, type i cytoskeletal 18A keratin protein relatert med sekretorisk epithelia853.260.883.80E-020.791.58E-01IPI00003865.1HSPA8 isoform en av varmesjokk beslektet 71 kDa protein (*) Molecular anstand og som en ATPase i demontering av clathrin belagt vesicles1156.660.843.24E-010.448.60E- 04IPI00646304.4PPIB peptidyl Prolyl- cis-trans isomerase BApoptotic og nekrotisk celle death255.560.832.00E-010.491.41E-03IPI00396485.3EEF1A1 Forlengelse faktor 1-alfa 1 (*) Oversettelse og kjernekraft eksport av proteins1157.360.811.24E-010.405.84E -03IPI00010204.1SRSF3 Serine /arginin-rik spleising faktor 3RNA splicing262.200.813.40E-020.756.19E-01IPI00909232.1HNRNPC cDNA FLJ53542, svært lik rogen kjernefysisk ribonucleoprotein CTranscription566.320.798.86E-020.541.71E-02IPI00472119.2- 30 kDa proteinOther450.000.751.33E-020.582.80E-02IPI00025252.1PDIA3 Protein disulfid-isomerase A3Other330.100.753.20E-010.673.85E-02IPI00290460.3EIF3G Eukaryote oversettelse initiering faktor 3 subenheten GProtein synthesis118.440.751.95E-020.442.14E-01IPI00383296.5HNRNPM isoform 2 av heterogene kjernefysiske ribonucleoprotein MProtein synthesis661.220.741.81E-030.674.79E-02IPI00784154.1HSPD1 60 kDa heat shock protein, mitochondrialMolecular chaperones1356.200.723.32E-020.607.56E-02IPI00216691.5PFN1 profilin-1Cell motility1092.140.721.06E-010,414 .52E-02IPI00465248.5ENO1 isoform alpha-enolase av Alpha-enolaseOther2274.420.711.51E-040.418.15E-03IPI00910458.1HNRNPK cDNA FLJ54552, svært lik rogen kjernefysisk ribonucleoprotein KProtein synthesis665.830.699.61E-020.461.39E-02IPI00479191.2HNRNPH1 51 kDa proteinOther548.730.691.38E-010.234.10E-02IPI00554648.3KRT8 Keratin, type II cytoskeletal 8Cell skeletal655.690.647.05E-020.352.24E-03IPI00382470.3HSP90AA1 isoform 2 av Heat shock protein HSP 90-alphaMolecular chaperones941.220.621.20E-010,582 .89E-02IPI00215780.5RPS19 40S ribosomalt protein S19Protein synthesis562.070.602.58E-020.274.04E-02IPI00020599.1CALR CalreticulinPromoting makrofager til sluker farlig kreft cells331.650.584.41E-040.835.25E-01IPI00008524.1PABPC1 isoform en av polyadenylere-bindende protein 1Translation initiation533.650.547.06E-040.517.02E-02IPI00010740.1SFPQ isoform Long av skjøte faktor, proline- og glutamin-richProtein synthesis347.810.542.56E-030.481.33E-01IPI00005087.1TMOD3 Tropomodulin-3127.270.549.94E-031.106.73E-01IPI00012493 .1RPS20 40S ribosomalt protein S20Protein synthesis147.900.534.10E-020.422.01E-01IPI00465365.4HNRNPA1 isoform A1-A av heterogene kjernefysisk ribonucleoprotein A1Protein synthesis1281.560.516.02E-040.463.10E-01IPI00010779.4TPM4 isoform en av Tropomyosin alfa-4 chainCell motility887 .500.471.42E-021.591.75E-01IPI00027834.3HNRNPL rogen kjernefysisk ribonucleoprotein LProtein synthesis129.710.474.74E-020.572.79E-01IPI00396378.3HNRNPA2B1 isoform B1 av heterogene kjernefysiske ribonucleoproteins A2 /B1Protein synthesis1271.390.467.20E-030.392.49E-03IPI00419585. 9PPIA peptidyl Prolyl- cis-trans isomerase AApoptotic og nekrotisk celle death992.730.464.23E-030.372.04E-02IPI00796366.2MYL6 cDNA FLJ56329, svært lik myosin lett polypeptid 6Cell motility255.040.452.54E-021.171.84E-01IPI00749113.2DUT isoform 3 av deoxyuridine 5′-trifosfat nucleotidohydrolase, mitochondrialCycle av DNA repair142.060.451.67E-010.572.32E-02IPI00419258.4HMGB1 høy mobilitet gruppe protein B1In kjernen samhandler med nucleosomes, transkripsjonsfaktorer og histoner arrangerer DNA og regulerer transcription.550.230.446.41 E-021.744.03E-03IPI00410693.4SERBP1 SERPINE1 mRNA bindende protein 1, isoform CRA_dInteract med CHD3 som er en av komponentene i en histondeacetylase complex348.600.442.48E-040.642.95E-01IPI00966060.1SYNCRIP SyncRip protein (fragment) protein synthesis333. 330.441.52E-020.261.77E-04IPI00479997.4STMN1 StathminMicrotubule demontering og celle cycle346.310.276.36E-030.513.94E-02IPI00217468.3HIST1H1B Histone H1.5Nucleosome struktur av kromosom fiber980.090.263.88E-021.185.91E-01IPI00217465.5HIST1H1C Histone H1.2Nucleosome struktur av kromosom fiber1182.160.231.27E-021.145.41E-01IPI00217466.3HIST1H1D Histone H1.3Nucleosome struktur av kromosom fiber1077.830.232.02E-020.897.04E-01Table 1. Proteiner uttrykt forskjellig Blant HEY PGCCs, HEY PGCCs . med Budding og kontroll HEY
CSV ned CSV Tiltredelse
Protein Navn
Funksjon
peptider (95%)
% dekning
Ratio (Prøve PGCC: kontroll)
P verdi
oppregulert proteiner (40) IPI: IPI00923597.2NDRG1 cDNA FLJ39243 fis, klone OCBBF2008283, svært lik Protein NDRG1Increase fosforylering av NEU /erbB2 reseptor tyrosin kinase og indusere vekst og differensiering av cells528.296.493.94E-03IPI: IPI00845339 .1HSPA1B; HSPA1A cDNA FLJ54392, svært lik Heat shock 70 kDa protein 1Viktig for proteinfolding, og bidrar til å beskytte cellene mot stress1245.875.152.95E-04IPI: IPI00169383.3PGK1 fosfoglyceratkinase 1is et enzym som er involvert i glycolysis1172.662.491.36E- 03IPI: IPI00479186.7PKM2 Isoform M2 av pyruvatkinase isozymer M1 /M2M2-PK er et cytosolisk enzym som deltar i fosforyleringen av histon 1.1874.392.431.40E-07IPI: IPI00219018.7GAPDH glyceraldehyd-3-fosfat dehydrogenaseAn enzym relatert til glykolyse 1577,312. 331.51E-04IPI: IPI00015947.5DNAJB1 dnaJ homolog familien B medlem 1Interact med STUB1 og HSP (varmesjokkprotein) A4132.622.171.27E-02IPI: IPI00302592.2FLNA isoform 2 av Filamin-AParticipates i forankringen av membran proteiner for aktin cytoskeleton1945.622.163.50E-02IPI: IPI00018140.3SYNCRIP isoform en av heterogene atom ribonucleoprotein QInteract med ACF, APOBEC1, SYT7 og SYT9126.652.114.37E-02IPI: IPI00947127.1LDHA L-laktat dehydrogenase En kjede isoform 3AN enzym relatert til glycolysis859.002.071 .65E-05IPI: IPI00022774.3VCP Transitional endoplasmatiske retikulum ATPasePutative ATP-bindende proteiner vesikkeltransport og fusion642.062.072.67E-03IPI: IPI00414676.6HSP90AB1 Heat shock protein HSP 90-betaMolecular chaperones852.352.064.19E-03IPI: IPI00298994.6TLN1 Talin- 1Assembly av actin filamenter og spredning og migrasjon av celler 330.262.042.55E-03IPI: IPI00396485.3EEF1A1 Forlengelse faktor 1-alfa 1 (*) Oversettelse og kjernekraft eksport av proteins1157.362.021.77E-04IPI: IPI00218319.3TPM3 isoform 2 av Tropomyosin alfa -3 chainMuscle sammentrekning og cytoskjelettet av ikke-muskel cells765.732.006.43E-04IPI: IPI00900293.1FLNB filamin-B isoformen 1Intracellular kommunikasjon og signalisering av tverrbinding av proteinet actin1134.181.998.81E-06IPI: IPI00465248.5ENO1 isoform alfa- enolase av Alpha-enolaseA glycolytic enzyme2784.561.969.69E-07IPI: IPI00003865.1HSPA8 isoform en av varmesjokk beslektet 71 kDa protein (*) Molecular anstand og som en ATPase i demontering av clathrin belagt vesicles1455.571.862.00E-04IPI: IPI00019502.3MYH9 Isoform en av Myosin-9 (*) Muskel sammentrekning og eukaryot motility538.981.841.17E-02IPI: IPI00218918.5ANXA1 annexin A1Inhibits aktivering av NF-kB ved binding til p65 subunit669.361.775.58E-03IPI: IPI00909232. 1HNRNPC cDNA FLJ53542, svært lik Heterogene atom ribonucleoproteins CInfluence pre-mRNA behandling og andre aspekter av mRNA metabolisme og transport366.671.754.91E-03IPI: IPI00930688.1TUBA1B Tubulin alpha-1B chainForm microtubules1248.121.742.23E-02IPI: IPI00014898.3PLEC isoform 1 av PlectinA koblingen mellom de tre hovedkomponentene i cytoskeleton332.711.713.68E-02IPI: IPI00013808.1ACTN4 Alpha-actinin-4AN aktin-bindende protein og involvert i metastatisk processes321.621.713.42E-02IPI: IPI00549725.6PGAM1 fosfoglyseratmutase 1Catalyzes den intern overføring av en fosfat group235.041.704.29E-02IPI: IPI00007752.1TUBB2C Tubulin beta-2C chainForm microtubules1062.471.661.00E-02IPI: IPI00930226.1ACTG1 cDNA FLJ57283, svært lik Actin, cytoplasma 2Maintenance av cytoskeleton2070.511.638.74E- 03IPI: IPI00179330.6RPS27A ubiquitin-40S ribosomalt protein S27aTargeting cellulære proteiner for degradation557.051.586.80E-03IPI: IPI00382470.3HSP90AA1 isoform 2 av Heat shock protein HSP 90-alphaMolecular anstand 1051.051.561.10E-02IPI: IPI00000874.1PRDX1 Peroxiredoxin-1 ( *) Et medlem av antioksidant enzyme1070.851.552.46E-04IPI: IPI00335930.1DAZAP1 isoform 2 av DAZ-assosiert protein 1Involved i bakterie celle utvikling og gametogenesis217.721.541.22E-02IPI: IPI00010796.1P4HB protein disulfid-isomeraseprotein disulfid isomerase338.391.524. 68E-03IPI: IPI00909303.2CTSB cDNA FLJ58073, moderat ligner Cathepsin BLysosomal cystein protease339.271.503.55E-03IPI: IPI00027463.1S100A6 Protein S100-A6Cell syklusprogresjon og differentiation350.001.451.28E-02IPI: IPI00418471.6VIM VimentinThe stor cytoskeletal komponent mesenchymale cells3581.761.431.61E-02IPI: IPI00418169.3ANXA2 isoform 2 av Annexin A2Involved i cellemotilitet, lenke av membran-assosiert protein komplekser til aktin cytoskjelettet, endocytose, 1168.351.414.26E-02IPI: IPI00017963.1SNRPD2 Small atom ribonucleoprotein Sm D2Pre (B).
