Abstract
Bakgrunn
microRNAs (mirnas) er korte ikke-kodende RNA som regulerer differensiering og utvikling i mange organismer og spiller en viktig rolle i kreft.
metodikk /hovedfunnene
Ved hjelp av en offentlig database over kartlagt retrovirale innstikk fra ulike musemodeller av kreft vi vise at MLV-avledet retrovirale inserts er beriket i umiddelbar nærhet til mus miRNA loci. Gruppert innsatser fra kreft-assosiert regioner (felles integrasjons steder, CIS) har en høyere tilknytning mirnas enn ikke-gruppert innsatser. Ti CIS-forbundet miRNA loci inneholder 22 mirnas befinner seg innen 10 kb kjente CIS innsettinger. Bare en cis-forbindelse miRNA locus overlapper en RefSeq protein-kodende gen og seks loci er plassert mer enn 10 kb fra en hvilken som helst RefSeq genet. CIS-forbundet mirnas i snitt er mer konservert i virveldyr enn mirnas assosiert med ikke-CIS innsatser og deres menneskelige homologer er også plassert i regioner trengt på kreft. I tillegg viser vi at miRNA gener er beriket rundt promoter og /eller terminator regioner i RefSeq gener i både mus og menneske.
Konklusjon /Betydning
Vi tilbyr en liste over ti miRNA loci potensielt involvert i utvikling av kreft eller blod hjernesvulster. Det er uavhengig eksperimentell støtte fra andre studier for involvering av miRNAs fra minst tre CIS-forbundet miRNA loci i kreftutvikling
Citation. Makunin IV, Pheasant M, Simons C, Mattick JS (2007) ortologe mikroRNA gener er plassert i Cancer-assosiert Genomisk Regioner i human and Mouse. PLoS ONE 2 (11): E1133. doi: 10,1371 /journal.pone.0001133
Academic Redaktør: Christopher Arendt, Sanofi-Aventis, USA
mottatt: 26. juli, 2007; Godkjent: 15 oktober 2007; Publisert: 07.11.2007
Copyright: © 2007 Makunin et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av den australske Forskningsrådet. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
microRNAs (mirnas) er korte RNA-molekyler, ~22 nukleotider lange, i stand til å utføre myndighetsfunksjoner. Spesielt kan mirnas undertrykke oversettelse av ikke-perfekt sammenkobling til 3′-UTR og /eller føre til nedbrytning av mRNA i tilfelle av en perfekt match mellom miRNA og mål-mRNA [1]. Det virker som mirnas ikke har noen katalytisk aktivitet, men heller fungere som sekvensspesifikke guider for forbundet protein komplekser som er ansvarlig for oversettelse undertrykkelse eller degradering av mRNA [2]. Antallet kjente mirnas vokser raskt, og hundrevis av verifiserte mirnas er kommentert i human, mus og andre organismer (miRBase, https://microrna.sanger.ac.uk).
En rekke observasjoner punkt til en kobling mellom mirnas og kreft, som ikke er overraskende gitt deres sentrale rolle i mange cellulære og utviklingsmessige prosesser (for oversikter se [3] – [5]). Et stort antall humane og mus mirnas har også blitt vist å være plassert i områder assosiert med kreft [6], [7]. Ekspresjonen av forskjellige mirnas forandres i kreft og miRNA profilering kan brukes til nøyaktige kreft klassifiseringen [8]. Ektopisk ekspresjon av
mir-17-19b
klynge akselererer tumordannelse hos mus, og er derfor klassifisert som en potensiell oncogen [9].
Retroviruses, slik som den murine leukemivirus (MLV ), kan føre til tumordannelse hos pattedyr. Provirale insersjoner kan aktivere proto-onkogener eller føre til inaktivering av tumorsuppressorgener i nærheten av de innstikk. Retrovirale integrasjonssider kan bestemmes på dyr med kreft ved hjelp av invers PCR eller lignende teknikker, og kartlagt til genomsekvens. Regioner huser flere innstikk i umiddelbar nærhet til hverandre er de mest åpenbare kandidater til årsaken til kreftutvikling og blir ofte kalt felles integrasjons nettsteder (Ciss). Generelt er kandidater for tumor-suppressor gener eller proto-onkogener valgt fra proteinkodende gener basert på nærhet til Ciss.
Mange genom-wide skjermer har blitt gjennomført i musa til å identifisere gener som er involvert i kreftutvikling, spesielt hematopoetiske tumorer [10] – [18]. Data fra ulike skjermer på ulike kreft modeller (inkludert studier med genmodifiserte mus) har blitt kompilert inn i Retroviral Tagged Cancer Gene Database (RTCGD, https://rtcgd.ncifcrf.gov) [19] som også gir merknader til UCSC genom browser [20]. I RTCGD, er Ciss definert som områder som inneholder to innsatser som ligger innenfor 20 kb, 3 innsatser innen 50 kb, og fire eller flere innsatser innen 100 kb i samme kreftmodell (se Vanlige spørsmål i RTCGD på http: //rtcgd. ncifcrf.gov) (for mer informasjon se [17]).
Men noen Ciss ikke kart i nærheten av noen kjente eller kommentert proteinkodende sekvens. Det ble vist at innsetting av retrovirus i nærheten av
mir-17-92
miRNA polycistron årsaken tumordannelse og øke miRNA uttrykk, noe som indikerer at retroviral mutagenese kan være et mektig verktøy for oppdagelse av onkogene mirnas [21] [22]. Tatt i betraktning den nye regulatoriske rolle microRNAs i celledifferensiering og kreft vi analysert sammenhengen mellom offentlig tilgjengelige retroviral integrering nettsteder og kjente miRNA loci i musegenomet. Vi fant ut at miRNA loci er betydelig anriket i nærheten av Ciss som tyder på at noen av disse miRNA loci kan også vurderes som kandidat proto-onkogener eller tumor-suppressor gener.
Resultater
Murine miRNA loci forbinder med retrovirale felles integrasjonssider
Vi analyserte samlokalisering mellom mus mirnas og retrovirale integrasjonssider bestemt fra mus som utviklet kreft. For denne analysen brukte vi 363 mirnas fra miRNA registeret (https://microrna.sanger.ac.uk) som er kartlagt til 381 steder i godt sammen brøkdel av musen genomet (fire mirnas kartlagt til mer enn én lokasjon). Stedene svarer til de genomiske posisjonene til miRNA forløper-sekvenser. Vi brukte RTCGD database med 2373 retrovirale integrasjons områder innen felles integrasjons steder (CIS inserts) og 3119 retroviral integrering områder kartlagt utenfor Ciss (ikke-CIS inserts). Vi ekskludert fra våre analyser integrasjons områder av Sleeping Beauty transposoner fordi ikke-CIS innsetting av Sleeping Beauty er ikke-tilfeldig fordelt blant kromosomene: kromosomene 1, 4, 6 og 15 havne mer enn halvparten av alle Sleeping Beauty ikke-CIS integrering nettsteder.
Ved hjelp av en lokal speil av UCSC genom nettleser fant vi at SUS innsatser er plassert innen 5 kb av 17 murine mirnas og innen 10 kb av 22 miRNAs. Eksempler på ko-lokalisering mellom mirnas og cis innsatser er vist i fig. En og en fullstendig liste over CIS-assosiert mirnas er gitt i tabell 1. Videre øke avstanden (siste 10 kb) ikke resultere i en betydelig økning av miRNA tall assosiert med CIS innsatser (fig. 2) indikerer at sammenhengen mellom mirnas og CIS inserts er maksimal på korte avstander.
Hvert panel representerer 20 kb av genomisk DNA. Blå trekanter indikerer retrovirale integrasjons nettsteder, røde flått representerer mirnas, svarte bokser og linjer viser posisjonen skjøtes transkripsjoner. (A) chr11: 87,562,001-87,582,000. (B) chrX: 48,977,001-48,997,000. (C) chr14: 113,914,001-113,934,000. Genome montering MM8.
Blå diamanter representerer antall mirnas ligger på den angitte avstand eller mindre fra SUS-innstikk, og røde diamanter tilsvarer mirnas plassert på den angitte avstand eller mindre fra ikke-CIS innsatser. Trendlinjen for mirnas assosiert med ikke-SUS innsatser er vist som rød stiplet linje.
Vi brukte en bootstrap simulering for å beregne statistisk signifikans av samlokalisering mellom retrovirale integrasjons nettsteder og mirnas (se Materialer og metoder). Fordi noen mirnas er gruppert i genomet, og følgelig fordeles ujevnt, gruppert vi mirnas til loci ved tilsetning av 5, 10, 20 eller 30 kb til hver side av miRNA plassering og å kombinere de overlappende regionene. Denne grupperingen er nødvendig for å opprettholde grupperte og tandem gjentatte mirnas som enkle enheter (loci) i løpet av bootstrap prosedyren. Regioner av samme størrelser ble tilfeldig plassert på musen genomet og tilfeller av overlapping med retrovirale integrasjonssider ble talt opp. Antallet miRNA loci som ligger 10 kb eller mindre fra SUS inserts er omtrent 5,5 ganger høyere enn det som ble observert for tilfeldig plassert loci, og sannsynligheten for å få et slikt nummer ved en tilfeldighet er beregnet til 1,7 × 10
-5. Anrikningen avtar med lengden av miRNA loci, og sannsynligheten for å få en lignende overlapping mellom miRNA loci og SUS-innsatser ved en tilfeldighet er høyere for lengre avstander (tabell 2). Bootstrap Dataene indikerer at den sterkeste forbindelsen mellom miRNA loci og SUS innsatser er på kort avstand, opp til 10 kb. Etter avtale med dette, er antallet CIS retrovirale innsatser i nærheten til enkelt mirnas også høyanriket på korte avstander, og berikelse avtar med avstanden.
Ikke-CIS innsatser anrikes i nærheten av miRNA loci
Vi har analysert samlokalisering mellom mirnas og retrovirale inserts kartlagt utenfor Ciss. Disse ikke-CIS innsatser er ikke-grupperte retroviral integrering nettsider oppnådd i kreft skjermer. Deres rolle (hvis noen) i tumorgenese er uklar, og slik at disse innsatser er generelt utelatt fra analysen. Lav metning i enkelte kreftskjerm antyder at noen ikke-SUS innsatser kan befinne seg i regioner som er involvert i tumordannelse, men på den annen side er det mulig å spekulere i at noen er bare biprodukter av kreft skjermen.
antallet miRNA plassert i en gitt avstand fra ikke-CIS innsatser øker proporsjonalt med avstanden mellom de miRNA og ikke-CIS innsatsen (R «sup> 2 = 0,9396), mens antall mirnas forbundet med SUS-inserts viser ikke slike en sterk lineær avhengighet (fig. 2) (R «sup> 2 = 0,7831). Foreningen av miRNA med CIS inserts er bedre beskrevet av en logaritmisk trendlinje med R
2 = 0,945 (se Materialer og metoder). Bootstrap simuleringen viste en betydelig berikelse for miRNA loci forbundet med ikke-CIS-innsatser, spesielt for avstander mindre enn 5 kb (tabell 3). Antallet ikke-SUS-retrovirale integrering områder i nærheten av miRNAs har en litt høyere berikelse enn berikelse for miRNA loci. Nær undersøkelse av miRNA loci forbundet med ikke-CIS-innsatser avslørte flere loci med to uavhengige, ikke-CIS-innsatser som ligger meget nær hverandre. For eksempel, blant 13 miRNA loci (16 mirnas) med ikke-SUS innsatser innen 10 kb, ti loci har en enkelt sette inn, og tre loci har to innsatser. Disse tett plassert innsatser ble isolert fra ulike kreft modeller, noe som er grunnen til at disse innsatsene ble klassifisert som ikke-CIS. Vi analyserte fordelingen av avstandene mellom ikke-CIS innsatser i genomet. Det er signifikant økning i antallet av ikke-CIS-innsatsene befinner seg i løpet av 3 kb fra hverandre, mens antallet ikke-CIS-innsettinger ved lengre avstander er mer eller mindre ensartet når den måles i 1 kb binger. Totalt 332 av 3119 inserts utenom Ciss ligger innenfor 3 kb av hverandre.
Vi har fjernet alle ikke-SUS innsatser plassert innen 3 kb av hverandre og gjentok bootstrap analyse. Ikke desto mindre, selv viser dette datasettet tilnærmet to gangers anrikning for miRNA loci forbundet med ikke-CIS-innsatser atskilt av 3 kb eller mer (tabell 4). Den berikelse er lik for alle distanser analysert men foreningen på lengre avstander er statistisk mer betydelig.
Basert på denne bootstrap analysen vi konkludere med at miRNA loci viser sterkest sammenheng med SUS-innsatser på korte avstander (mindre enn 10 kb ). På avstander mindre enn 10 kb anriking av miRNA loci overlappende med CIS inserts er to ganger høyere enn berikelse av miRNA loci overlappende med ikke-CIS innsatser. På lengre avstander, for eksempel 30 kb, miRNA loci viser en lignende sammenheng både med CIS og ikke-CIS innsatser.
mikroRNA loci er beriket rundt starter og slutter med proteinkodende gener
Det er kjent at integreringen av murine leukemivirus og MLV-avledede vektorer fortrinnsvis oppstår rundt promotorområdene [23]. Faktisk, ut av 3119 ikke-SUS-retrovirale nettsteder fra RTCGD database, 1190 (38%) ligger innenfor 5 kb kommenterte transkripsjonsstartsider av RefSeq gener (opptar ~6.8% av genomet). Dette representerer mer enn 5 gangers anrikning, høyere enn den anrikning av ikke-CIS-innsettinger rundt miRNA loci (tabell 3 og 4). Ut av 2373 SUS inserts, 989 (42%) ligger innen 5 kb fra kommenterte transkripsjon start steder av RefSeq gener.
Vi har analysert fordelingen av miRNA loci i musen genomet med hensyn til RefSeq gener. Ut fra 381 miRNA steder, 155 (41%) overlapper RefSeq gener som opptar 32% av musegenomet. Blant disse, 22 (6%) mirnas overlappe eksoner (2% av genomet), og 133 (35%) er plassert i intronene (30% av genomet). Noe overraskende fant vi at mirnas er beriket nær begynnelsen eller slutten av gener: 69 (18%) og 72 (19%) mirnas ligger innen 5 kb RefSeq gentranskripsjon start- eller slutt områder, henholdsvis (~2.6 og ~2.8 fold berikelse). Totalt er 105 (51%) miRNA steder som ligger innen 5 kb enten fra start, slutt, eller begge deler ( 3-fold berikelse). Videre mirnas vise litt høyere berikelse i regioner hvor genet startsider er atskilt fra genet slutt områder med mindre enn 10 kb (data ikke vist).
microRNAs assosiert med ikke-CIS innsatser tendens til å være nær arrangører av RefSeq gener mens CIS-forbundet mirnas tendens til å være fjernt fra arrangører. For eksempel, 13 miRNA loci (16 mirnas) har ikke-SUS innsatser kartlagt innen 10 kb. Av disse er ni loci (69%) ligger innen 10 kb fra RefSeq gen starter, mens av 10 CIS-forbundet miRNA loci bare 4 er mindre enn 10 kb fra RefSeq gen starter. Seks CIS-assosiert miRNA loci inneholdende 17 mirnas ligger mer enn 10 kb bort fra promotorer av RefSeq gener, noe som indikerer at den observerte sammenheng mellom mirnas og ciss ikke forklares ved ko-lokalisering av mirnas nær gener. En lignende tendens ble observert i miRNA 5k loci (mirnas innenfor 5 kb fra hverandre): fra 10 miRNA 5k loci med ikke-CIS RIS innenfor 5 kb (tabell 3), 7 overlappings RefSeq gen starter. Ut av 7 miRNA 5k loci med CIS RIS innen 5k (tabell 2), 3 overlappings RefSeq gen starter.
Interessant, menneske mirnas også beriket rundt transkripsjon start- eller slutt områder av RefSeq gener. Det er 543 kommenterte mirnas i det menneskelige genom kartlagt til 474 unike miRNA forløper steder. Ut av disse 474 miRNA steder 108 (23%) ligger innenfor 5 kb RefSeq gentranskripsjon start og /eller slutt nettsteder (2,2-fold berikelse). Vi har slått sammen disse stedene 474 til 311 miRNA 5k loci ved tilsetning av 5 kb på hver side av forløperen og deretter opprettet basepar-messig union (OR) på steder. Ut av 311 miRNA 5k loci 92 (30%) overlapper enten transkripsjon start eller slutt områder av RefSeq gener, eller begge deler. Disse 92 loci inneholde 110 (23%) miRNA forløpere. Det virker som miRNA loci i nærheten av transkripsjon start- eller slutt nettsider inneholder mindre miRNA forløpere enn miRNA loci ligger lenger fra gener (1,2 og 1,7 miRNA forløpere per loci, henholdsvis).
CIS-forbundet mirnas er bevart og deres menneskelige ortologer ligger i kreft-assosiert regioner
CIS-forbundet mirnas har noen fellestrekk. De fleste (21 av 22) CIS-assosiert mirnas befinner seg utenfor RefSeq protein-kodende gener. Unntaket,
mir-135a-en
, ligger i 3 «UTR av genet 6230410P16Rik. I kontrast er fem av 16 miRNAs har ikke-SUS innsatser innenfor 10 kb ligger innenfor RefSeq gener. I gjennomsnitt, CIS-forbundet miRNA loci inneholde flere mirnas enn ikke-CIS forbundet miRNA loci (2,2 og 1,2 miRNA per locus, henholdsvis).
CIS-forbundet mirnas tendens til å være mer bevart enn mirnas forbundet med ikke- CIS innsatser, både i innretning av flere virveldyrarter og i humane og mus parvise sammenligninger. Først brukte vi forhåndsberegnede phastCons [24] bevarings score basert på 17 virveldyr for hele miRNA forløper sekvenser. Den gjennomsnittlige bevaring score for 22 CIS-forbundet miRNA er 0,941 versus 0,739 for 16 ikke-CIS-forbundet miRNA (se Materialer og metoder for detaljer). Sekund, sammenlignet vi sekvens identitet mellom muse miRNA forløpere og deres ortologe menneskelige sekvenser. CIS-forbundet muse miRNA forløpere har 96% identitet med menneskelige sekvenser, mens ikke-CIS-forbundet mirnas skjerm 91% identitet, noe lavere enn gjennomsnittet identitet nivå for alle mus miRNA forløpere (92%). I tillegg CIS-forbundet miRNA forløpere har betydelig mindre indels mellom mus og menneske sekvenser.
Med tanke på høy bevaring av CIS-forbundet mirnas vi så for involvering av menneskelige homologer i kreftutvikling. Humane homologer av åtte CIS-assosierte miRNA loci er plassert i sårbare områder og områder som er involvert i kreft [7] (tabell 1). Det har vist seg at mirnas er generelt nedregulert i kreft [8]. Vi sammenlignet derfor de tilgjengelige data for vev-spesifikk ekspresjon av humane mirnas [25] og den type kreft forbundet med ciss (blod eller hjernekreft) som ligger i nærheten av homologe murine miRNAs. Åtte CIS-assosierte miRNA loci er samlokalisert med innføringer bestemmes fra ulike typer blod kreft (Tabell 1). Menneskelige uttrykk data i 24 ulike organer og celletyper var tilgjengelig for ortologer medlemmer av 7 disse loci [25]. Det er en høy korrespondanse mellom miRNA uttrykket mønster og type kreft indusert av retrovirale innsetting i nærheten av disse miRNAs. Fem loci har menneskelige miRNA ortologer hvis uttrykk er høyest i vev forbundet med blod utvikling som benmarg eller thymus. En annen miRNA,
MIR-22
, er beriket i thymus selv om det er mest av i musklene [25].
Diskusjoner
Her viser vi at murine miRNAs er tilknyttet med Ciss. Berikelse av miRNAs loci i nærhet til SUS inserts er høyere enn berikelse av miRNAs rundt ikke-gruppert retrovirale innsett ligger utenfor Ciss. Alle bortsett fra en cis-forbindelse miRNA er plassert utenfor RefSeq gener og noen av dem kan bli klassifisert som proto-onkogener eller tumor-suppressor-gener. Faktisk er godt karakterisert onkogene miRNA klynge
mir-17-92 product: [9], [26] er assosiert med CIS inserts (tabell 1). Ektopisk ekspresjon av mir-17-92 klynge akselererer tumorutvikling i en mus B-celle lymfom modell [9]. Et annet eksempel er
mir-106a
miRNA cistron som viser mange retrovirale integrasjoner i en lymfocytt tumor skjermen: svulster som inneholder innsatser nær
mir-106a
miRNA klynge utstillings opp til 20 ganger høyere ekspresjon av disse mirnas [27]. Det er også noen bevis for involvering av
mir-142
i kreftutvikling [28].
Formelt vi kan ikke utelukke at innsett påvirke (fjernt) regulatoriske elementer som ligger i
cis
til protein-kodende gener, spesielt når det ciss forekommer forholdsvis nær gener, for eksempel i
HOX
klynger (fig. 1c). Imidlertid er en like om ikke mer plausibel forklaring på at retrovirus insersjoner forårsaker endringer i ekspresjonen av miRNA gener, særlig i de tilfeller hvor innsettinger forekommer i umiddelbar nærhet til mirnas, i stedet for å påvirke mer fjernt protein-kodende gener. For eksempel, alle fem CIS innsettinger i regionen XqA5 er mindre enn 5 kb fra de tre mirnas oppført, men mer enn 120 kb fra den tildelte RIS genet
Gpc3
, og fire av syv CIS innsettinger i regionen 11qC er nærmere til
mir-142
enn til nærmeste tildelt genet
Supt4h2
. Det er også mulig at som (noen) miRNA gener har kromatinstruktur åpen for retroviral integrering tilsvarende promoter-regioner av protein-kodende gener. CIS-forbundet mirnas representerer potensielle kandidater for videre eksperimentelle studier i sammenheng med kreftforeningen.
Det ser ut til at mirnas er beriket rundt transkripsjon start og /eller slutt områder av proteinkodende gener både i mennesker og mus . Tatt i betraktning den sterke forspenning av MLV-integreringer rundt promotorområdene [23] Det er mulig å spekulere at den observerte anrikning av ikke-CIS-retrovirale innsetting i nærheten av mirnas kan være i det minste delvis på grunn av den foretrukne plassering av mirnas rundt promotorregioner. Interessant, mirnas ligger nær transkripsjon start- eller slutt nettsteder tendens til å være ikke-gruppert som indikerer en annen type organisering av disse miRNA gener.
Materialer og metoder
Vi brukte miRBase frigi 9,0 (oktober 2006) som inneholder 373 muse mirnas, 363 av disse ble kartlagt til 381 steder i Mouse februar 2006 (MM8) genom montering (Bygg 36 «vesentlige fullstendig» forsamlingen av NCBI).
den versjonen av juli 2006 retro~~POS=TRUNC Tagged Cancer Gene Database (RTCGD, https://rtcgd.ncifcrf.gov) [19] inneholder 2373 retroviral integrering områder klassifisert som tilhørende felles integrasjons nettsteder (Ciss), og 3119 retroviral integrering områder klassifisert som ligger utenfor Ciss.
Alle analyser ble gjort på et lokalt speil av UCSC Genome Browser [20].
Bootstrap analyse ble gjort på samme måte [29]. Kort fortalt mirnas ble fusjonert inn miRNA loci ved å tilsette 5, 10, 20 eller 30 kb på hver side med påfølgende basepar-messig union (OR) på UCSC Genome Browser. De resulterende loci ble tilfeldig plassert på musen genomet med kartlagte CIS innsatser eller innsatser utenfor CISS og eventuelle tilfeller av overlapping ble talt opp. Genommonteringshull ble fjernet fra analysen. Overlappinger mellom tilfeldig plasserte loci ble forbudt. For hver bootstrap test vi gjennomført 10
7 iterasjoner.
Bevaring av mus miRNAs ble estimert ved hjelp phastCons bevaring score [24] for hele miRNA forløpere. De phastCons bevaring score var basert på mus-sentriske justeringer av 17 arter og ble hentet fra genomet leseren UCSC [20]. De gjennomsnittlige phastCons skåring til baser innenfor hvert kjent miRNA ble beregnet ved hjelp av UCSC hgWiggle verktøyet og -doStats flagg. Mus-menneskelige grunn pair identitets score ble beregnet ved bruk av parvise genom justeringer hentet fra UCSC genom nettleser og UCSC verktøy axtAndBed og axtCalcMatrix
berikelse av miRNAs rundt transkripsjons start- eller slutt områder ble beregnet som følger:. All RefSeq gentranskripsjon start- og slutt områder ble hentet fra genomet leseren. Merknader ble skapt ved å legge til 5 eller 10 kb til hver transkripsjon begynnelsen eller slutten nettstedet. Den berikelse ble beregnet som forholdet mellom brøkdel av miRNAs overlapp disse merknader og brøkdel av genomet okkupert av de tilsvarende merknader.
De lineære og logaritmiske trendlinjer og R2 verdier ble beregnet ved hjelp av Microsoft Excel 2003. Den lineære trendlinje for mirnas assosiert med ikke-SUS inserts ble beskrevet av y = 1.2286x + 6,3333 med R
2 = 0,9396. Den lineære trendlinje for mirnas forbundet med CIS inserts ble beskrevet av y = 0.3371x + 17,6 og R
2 = 0,7831. Den logaritmisk trendlinje for mirnas forbundet med CIS inserts ble beskrevet av y = 5.2282Ln (x) 9,3527 med R
2 = 0,945.
Takk
Vi vil gjerne takke Retroviral merket Cancer Gene Database (RTCGD) for deres hjelp i å gi tilgang til de kartlagte retrovirale innsetting stillinger. Vi vil gjerne takke anonyme anmeldere for konstruktive kommentarer og forslag.
