Abstract
Molekylære hendelser som førte til ovarialcancer er dårlig forstått, men eggløsnings hormoner og et høyt antall livstids eggløsninger med samtidig spredning, apoptose, og betennelse, øker risikoen. Vi identifiserte gener som er regulert i løpet av brunst i muse-ovarie flate epitel og analyserte disse profilene for å identifisere gener feilregulert i human eggstokk-kreft, ved å bruke offentlig tilgjengelige datasett. Vi identifiserte 338 gener som er regulert i murine eggstokkene overflaten epitel under brunst og feilregulert i eggstokkreft. Seks av sju kandidater som er valgt for immunhistokjemisk validering ble uttrykt i serøs eggstokkreft, inkludering cyster, eggstokk overflaten epitel og i egglederen epitel. De fleste ble overexpressed i eggstokkreft sammenlignet med eggstokkreft overflaten epitel og /eller inklusjons cyster (EpCAM, EZH2, BIRC5) selv BIRC5 og EZH2 ble uttrykt som høyt i egglederen epitel som i eggstokkreft. Vi prioriterer de 338 genene for de som sannsynligvis vil være viktig for eggstokkreft utvikling av
i silico
analyser av kopiantall aberrasjon og mutasjon ved hjelp av offentlig tilgjengelige datasett og identifiserte gener med etablerte roller i eggstokkreft, samt nye gener for som vi har bevis for engasjement i eggstokkreft. Kromosom segregering dukket opp som en viktig prosess i hvilke gener fra vår liste over 338 ble overrepresentert blant annet to (
BUB1
,
NCAPD2
) som det er bevis for forsterkning og mutasjon. NUAK2, oppregulert i eggstokkene overflaten epitel i proestrus og spådd å ha en driver mutasjon i eggstokkreft, ble undersøkt i en større kohort av serøs eggstokkreft hvor pasienter med lavere NUAK2 uttrykk hadde kortere total overlevelse. I konklusjonen, har definere gener som aktiveres ved normal epitel i løpet av eggløsningen som også dysregulerte i kreft identifisert en rekke veier og nye kandidatgener som kan bidra til utvikling av eggstokkreft
Citation.: Emmanuel C, Gava N, Kennedy C, Balleine RL, Sharma R, Wain G, et al. (2011) Sammenligning av Expression Profiler i eggstokkepitelet
in vivo
og eggstokkreft Identifiserer Novel kandidat gener involvert i sykdom patogenesen. PLoS ONE 6 (3): e17617. doi: 10,1371 /journal.pone.0017617
Redaktør: Thomas Preiss, Victor Chang Cardiac Research Institute (VCCRI), Australia
mottatt: 8 november 2010; Godkjent: 02.02.2011; Publisert: 15 mars 2011
Copyright: © 2011 Emmanuel et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble finansiert av en National Health and Medical Research Council (NHMRC) prosjektstøtte 389867 (nhmrc.gov.au) og av en Marsha Rivkin Senter for Ovarian Cancer Pilot Award (marsharivkin.org). RLB er en Cancer Institute NSW Fellow. Den australske Ovarian Cancer Study er støttet av US Army Medical Research and Material Command henhold DAMD17-01-1-0729, The Cancer Council Victoria, Queensland Cancer Fund, The Cancer Council of New South Wales, The Cancer Council South Australia, The Cancer Foundation of Western Australia, The Cancer Council Tasmania og NHMRC. Den australske Biospecimens Network – onkologi er finansiert av NHMRC. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
ovarialcancer er den femte vanligste årsaken til kreftdød blant kvinner i den vestlige verden og den ledende dødsårsaken fra gynekologiske kreftformer. Til tross for omfanget av denne klinisk problem, er lite kjent om mekanismen av neoplastisk transformasjon. Foreløpig innsikt i patogenesen av eggstokkreft kommer fra kjente faktorer som øker risikoen. Disse inkluderer arvet mutasjoner i
BRCA1 /2
gener i et mindretall av tilfellene, og en rekke hormon og /eller reproduksjon relaterte faktorer mer generelt [1], [2]. I sistnevnte tilfelle, har hormonbehandling og en høy kumulativ rekke livstids eggløsninger med noen episoder av anovulasjon på grunn av graviditet, oral contraceptive bruk eller ammer vært forbundet med økt risiko. Motsatt er kreftrisiko eggstokkreft redusert med flere live-fødsler, langsiktig amming og oral contraceptive bruk [3].
Den biologiske grunnlaget for endret risiko forbundet med hormonelle og reproduktive faktorer er egentlig ukjent, selv om flere hypoteser har blitt foreslått. Den første, «uopphørlig eggløsning hypotesen», tar for gitt at eggløsning og dens følgetilstander øker sannsynligheten for malignitet [1], og at svangerskap og p-piller er beskyttende fordi de undertrykker eggløsningen [4]. Den andre hypotesen er at sirkulerende nivåer av gonadotropiner øker risikoen for kreft og at graviditet og oral contraceptive bruk beskytte ved å undertrykke sekresjon av disse hormonene [5]. Høye nivåer av gonadotropiner, LH og FSH, knyttet til den bølge som oppstår under eggløsningen, er foreslått å bidra til eggstokkreft utvikling. Tapet av gonadal negative tilbakemeldinger i overgangsalderen, noe som resulterer i maksimal plasmakonsentrasjon av FSH og LH i en alder da forekomsten av eggstokkreft klatrer dramatisk, gir støtte for gonadotropin hypotese [6] og LH nivåer har blitt rapportert å være forhøyet i BRCA1-mutasjon operatører i den follikulære fase, sammenlignet med ikke-bærere, noe som tyder på at høye nivåer av LH kan bidra til BRCA-assosiert økt risiko for ovariekreft [7]. Vern av flere svangerskap og langsiktig oral contraceptive bruk gir noen støtte for gonadotropiner teori som begge faktorer er assosiert med lave nivåer av gonadotropiner samt hemming av uopphørlig eggløsning. Men graden av beskyttelse gitt av graviditet og oral contraceptive bruk, har blitt foreslått å være større enn det fra hemming av eggløsning alene [2] og en tredje mulig forklaring basert på epidemiologiske data, er at eggstokk overflaten epitel er beskyttet mot malign transformasjon ved eksponering for progesteron eller progesteron analoger under graviditet eller i p-piller [2], [8].
Selv om det er allment antatt at serøs eggstokkreft oppstå fra eggstokkene overflaten epitel og inkluderings cyster dannes når eggstokkene overflaten epitel bli fanget inne i eggstokken [9], en nyere hypotese for igangsetting av eggstokkreft antyder at forstadier eksisterer i frynsete enden av egglederen epitel [10]. Det er mulig at egglederen epitel blir fanget inne i eggstokk stroma under leging av sår eggløsnings hvor høy hormonelle miljøet kan føre til malign transformasjon på en måte som er beslektet med den hypotese for inklusjons cyster [9]. Støtte for oppstart av eggstokkreft i egglederen epitel kan finnes fra studier som viser at det er likheter i genuttrykk profiler av serøs eggstokkreft og egglederen epitel, men disse varierer til profilene observert for eggstokkreft overflaten epitel [11]. Det er imidlertid uklart om dette er bevis for innvielse i egglederen epitel eller differensiering av eggstokkreft mot en eggleder-lignende fenotype som er en definerende morfologiske kjennetegn ved serøs eggstokkreft.
Tone m.fl. . [11] fant at genuttrykk profiler av egglederen epitel fra
BRCA
mutasjonsbærere i lutealfasen var mer lik uttrykk profiler av serøs eggstokkreft enn egglederen epitel fra operatører i follikkelfasen. På samme måte har studier vist at xenograft xenotransplantater av eggstokkreft er mer sannsynlig å bli etablert når de er implantert under proestrus fase av murine brunst, når hormonnivået peak [12]. Disse dataene antyder at mottakelighet for eggstokkreft overflaten epitel og /eller egglederen epitel til malign transformasjon kan endres i løpet av brunst antagelig som følge av varierende hormoner, og er ytterligere bevis på en rolle for menstruasjonssyklus på eggstokkreft utvikling.
Vi har nylig identifiserte genet signaturer assosiert med ovarial flate epitel under forskjellige stadier av den murine brunst [13]. Vi antok at disse genene som er differensielt uttrykt i ovarie flate epitel via brunst er sannsynlig å være hormon regulert og potensielt er involvert i prosesser relatert til eggløsning, inkludert celle proliferasjon, apoptose og inflammasjon. Dysregulering av trasé underbygger hver av disse fremgangsmåter har vært implisert i neoplastisk transformasjon av forskjellige vevstyper. Vi hypotese at en undergruppe av gener involvert i normal eggstokkene epiteliale cellefunksjoner er også konsekvent avvikende uttrykk i eggstokkreft og identifisering av denne undergruppen vil bistå i å prioritere menneske kandidat gener og stier involvert i progresjon til eggstokkreft.
Hensikten med denne studien var å bestemme hvorvidt gener regulert under brunst og er involvert i normal ovarial funksjon spiller en rolle i progresjonen av normale epitelceller til kreft i eggstokkene. For å gjøre dette, er listen over gener som ble uttrykt forskjellig i eggstokkene overflaten epitel over brunst, var cross-matchet mot gener med rapportert avvikende uttrykk i eggstokkreft. For vanlige gener, ble uttrykk for et antall kandidater bestemmes av immunhistokjemi i normale eggstokkene overflaten epitelceller, inkludering cyster, eggleder og eggstokkreft prøver. I tillegg ble et forhold mellom genekspresjon og kopiantall, og nærværet av mutasjoner i kreft i eggstokkene undersøkt ved hjelp av eksisterende datasett. Denne tilnærmingen identifisert en rekke enkelt kandidat gener og stier som kan være involvert i patogenesen av eggstokkreft.
Materialer og metoder
Etikk uttalelse
Denne studien ble godkjent av Human forskningsetiske komiteer i Sydney West Area Health service og Universitetet i Sydney; protokoll referansenummer: HREC2006 /2 /4,21 (2293). Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle deltakerne i denne studien.
Expression microarray analyse av murine eggstokkepitelet
har tidligere blitt beskrevet Uttrykket rekke analyse av murine eggstokkreft overflaten epitel i detalj [13]. Kort, total RNA (Stratagene Absolutt RNA® Nanoprep eller Microprep Kit, Stratagene, La Jolla, CA), ble hentet fra laser microdissected eggstokkene overflaten epitel (PALM Robot-Microbeam system, micro Technologies) fra BALB /c mus ved 27 dagers alder (umoden; n = 4) og 10-13 ukers alder under brunst, ved proestrus (n = 4) og estrus (n = 4) [13]. Microarray lysbilder bestående ~15,000 uttrykt sekvens koder fra National Institute of Ageing 15 K mus klone bibliotek (Australian Genome Research Facility, Melbourne, Australia) ble hybridisert med Cy3- og Cy5-merket cDNA som genereres fra dobbelt forsterket RNA. Brunst scene spesifikke genuttrykk profiler ble oppnådd ved direkte sammenligning av eggstokkene overflaten epitel fra umodne mus og mus hentet på proestrus kveld (2200 h) og estrus morgen (1000 timer) [13].
Eggstokkreft genekspresjon array-profiler
for å identifisere gener som reguleres under brunst som er uttrykt i menneskelig ovarialcancer, sammenlignet vi vår eggløsning relatert gen signatur [13] med våre egne publiserte genuttrykk profiler av eggstokkreft [14] – [ ,,,0],16], så vel som de fra andre utvalgte publiserte studier [17], [18]. Vi undersøkte publiserte studier på storskala genuttrykk profilering av eggstokkreft prøver publisert fram til august 2009 med PubMed (https://www.pubmed.com), og valgte en undergruppe av studier basert på antall og histologisk subtype av eggstokkreft tilfeller (serøs kreft var foretrukket), likheten av microarray plattform brukt og likheten i normal referanse (eggstokk overflaten epitel ble foretrukket over hele eggstokk eller cellelinjer). Studier som ikke utgir unike genet identifikatorer eller som analyserte cellelinjer ble ekskludert.
Alle de utvalgte datasett rapportert genene forskjellig uttrykt i forhold til en normal henvisning bortsett Tothill et al. [16]. Vi bestemte genene forskjellig uttrykt i eggstokkreft sakene i Tothill et al. [16] ved å sammenligne ekspresjonsprofiler data fra eggstokkene overflate epitel brushings sammenslåtte fra ti pasienter som genereres på samme array plattform [14]. Array data fra begge kohorter ble RMA normalisert sammen med R-pakken «AFFY». Gener som ble forskjellig uttrykt mellom eggstokkreft og normal ble bestemt ved hjelp av betydning analyse av mikromatriser [19] hvor alle sonder med q-verdi mindre enn 5% og fold endring 2 ble valgt som differensielt uttrykte gener. Gener ble klassifisert som «feilregulert» i eggstokkreft hvis de oppfylte kriteriene ovenfor.
Sammenligning av murine eggstokkreft overflaten epitel og menneskelig eggstokkreft genuttrykk profiler
Menneskelige ortologer av 905 murine gener funnet å være forskjellig uttrykt i eggstokk overflaten epitel under brunst [13] ble identifisert ved hjelp av listen over mus-human ortologe gener tilgjengelige fra Mouse Genome informatikk database (https://www.informatics.jax.org; nås september 2009) . Gener regulert under brunst som også ble feilregulert i eggstokkreft ble deretter identifisert ved å matche Entrez Gene ID og alle gen symboler konvertert til Hugo genet nomenklatur symboler. Våre endelige listen består gener som ble regulert under brunst og vist seg å være dysregulerte i eggstokkreft sammenlignet med normal i minst én eggstokkreft datasett.
Pathway og genet ontologi analyse
MetaCore programvare (St. Joseph, MI, USA) ble brukt til å identifisere de cellulære trasé impliserte av gener reguleres i brunst og feilregulert i eggstokkreft og å undersøke om genet ontologier var statistisk overrepresentert i disse genene bestemmer.
pasient~~POS=TRUNC vevsprøver
Detaljer om pasienten kohorten kan finnes i tabell 1. Cohort 1 besto av formalinfiksert parafin innebygd vevsprøver av i) serøs eggstokkreft fra tidligere ubehandlede pasienter (n = 20), ii) normal eggstokk (n = 10) og matchende egglederne (n = 9) fra pasienter som hadde gjennomgått en profylaktisk salpingo-ooforektomi basert på en sterk familie historie (n = 6) eller som gjennomgikk kirurgi for andre ikke-maligne gynekologiske sykdommer (n = 4), inkludert kontralaterale godartede ovarietumorer i to tilfeller. Cohort 2 omfattet 96 tilfeller av serøs eggstokkreft med serøs eggstokkreft svulstvev representert i en vev microarray som inkluderte fem saker fra Cohort 1. histopatologi av representative seksjoner fra alle tilfellene ble anmeldt av erfarne patologer (RS og RB) for å bekrefte diagnosen, histologisk subtype og å gradere de kreft tilfeller ved hjelp av standardiserte kriterier [20] samt å identifisere kreft områder for bygging av vev array. Kjerne biopsier (1 mm) av parafin innebygd kreftområder ble innlemmet i en vev microarray med 1,5 mm mellom kjernesentrene ved hjelp av en manuell arrayer (MTA-II, Beecher Instruments, WI, USA). Hvert tilfelle var representert en gang på vevet microarray. En del fra vevet microarray ble farget med hematoksylin og eosin å bekrefte inkludering av svulstvev i hver kjerne og kjerner uten tumor ble ekskludert fra analysen.
Kliniske Definisjoner.
Operasjon iscenesettelse ble vurdert i samsvar med International Federation of gynekologiske Onkologi klassifisering. Progresjonsfri overlevelse ble definert som tidsintervallet mellom datoen for histologisk diagnose og den første bekreftede tegn på sykdom tilbakefall eller progresjon basert på definisjoner utviklet av Gynaecological Cancer Intergroup som tidligere beskrevet [21]. I de fleste tilfeller tidspunktet for progresjon ble beregnet ved hjelp av CA125 kriterier. I tilfeller der CA125 var ikke en markør, eller progresjon innledes en økning i CA125, ble tilbakefall basert på imaging (utseendet på ny lesjon), eller i et mindretall av tilfellene, global forverring i helsetilstanden tilskrives sykdommen. Total overlevelse ble beregnet fra datoen for histologisk diagnose til dødsdato og sensurert ved siste kontakt dato hvis pasienten var i live.
Immunohistochemistry
formalinfiksert parafin innebygd seksjoner (3 mikrometer) ble montert på Superfrost Plus-objektglass (Lomb Scientific, NSW, Australia) og tørket ved 37 ° C i 1 time. Snittene ble avvokset i histolene og rehydrert gjennom graderte ethanols, før de skylles i vann. Slides ble deretter farget med riktig antistoff hjelp Envision + HRP dual link kit (DAKO, Glostrup, Danmark), i henhold til produsentens instruksjoner. I korthet snitt ble utsatt for antigen gjenfinning ved hjelp av Target Retrieval Solution (DAKO, Glostrup, Danmark) før behandling med 3% H
2o
2 i 10 min. Etter påfølgende skyllinger med vann og PBS ble snittene inkubert med primært antistoff fortynnet i PBS /0,1% Tween-20 ved å bruke fortynninger og inkubasjonsbetingelser betingelser som er angitt i tabell 2. Etter skylling i PBS /0,1% Tween-20 og PBS, Snitt ble inkubert i 30 min ved værelsestemperatur med den merkede polymer-HRP-løsning og deretter vasket som tidligere. Bundet antistoff ble visualisert ved hjelp diamino-benzidin (DAKO, Glostrup, Danmark) utarbeidet i henhold til produsentens instruksjoner. Snittene ble utsatt for diamino-benzidin i 1-2 min og reaksjonen ble stanset i vann. Seksjoner ble kontra med Harris «haematoxylin (Amber Scientific, WA, Australia) før dehydrering gjennom gradert ethanols. Snittene ble lufttørket før rydding med histolene og montering med normount (Fronine, NSW, Australia). For å kontrollere for ikke-spesifikk farging, ble tilstøtende seksjoner farget som ovenfor, uten primære antistoff.
Bildeanalyse
Farget Seksjonene ble analysert ved hjelp TissueMap (Definiens, München, Tyskland) . Kort sagt ble ovarie overflate epitel og inklusjons cyster i hver del av normal eggstokk identifisert for analyse. En brukerdefinert algoritme TissueMap ble brukt til å identifisere regioner i egglederen epitel og tumorvev basert på celletetthet. Identifiserte områder av ovarial flate epitel, inklusjons cyster, eggleder epitel og tumorvev ble deretter analysert med hensyn til intensiteten og graden av farging og en histoscore beregnes som følger: (% sterkt fargede celler x 3) + (% moderat fargede celler x 2) + (% svakt fargede celler x 1) /100, slik at score mellom 0 og 1 angitte svak farging; 1 og 2 er indikert moderat farving; og to og tre indikerte sterk farging.
Analyser av kopi antall avvik og mutasjon
Vi har sammenlignet genene regulert i brunst og feilregulert i kreft til gener som befinner seg i områder av kopiantallet aberrasjon (CNA ) ved hjelp av data fra kreft~~POS=TRUNC Genome Atlas (TCGA) (https://cancergenome.nih.gov) og en meta-analyse av SNP-baserte CNA analyse i 398 primær ovarialcancer prøver [22]. Gener innenfor områder av gevinst (log
2 kopiantall ratio 0,3) eller tap (log
2 kopiantall ratio -0,3) i mer enn 30% av prøvene i Broad datasettet ble lastet ned fra TCGA data nettleser (https://tcga-portal.nci.nih.gov/tcga-portal/AnomalySearch.html). Gorringe et al. [22] rapporterte gener innen «peak» regioner av kopi nummer endring som bestemmes av «Genomisk Identifisering av vesentlige mål i Cancer «[23] i en undergruppe av 240 prøver. «Peaks» representerer statistisk signifikante regioner av minimal gevinst eller tap, med tanke på både frekvens og amplitude av kopiantall endring, sammenlignet med en beregnet bakgrunn avvik rate. Gener innenfor områder av forsterkningen (log
2 kopitall-forholdet 0,3) eller tap (log
2 kopitall-forholdet -0,3). I større enn 30% av prøvene ble også rapportert
Vi har også, sammenlignet gener regulert i brunst og dysregulerte i kreft til gener som vanligvis mutert i kreft ved anvendelse av to tidligere publiserte datasett [24], [25], så vel som den kosmiske database (https://www.sanger.ac.uk /genetikk /CGP /kosmisk). Futreal et al. [24] utarbeidet en konsensus liste av gener der mutasjoner bidrar til tumorigenesis, mens Greenman et al. [25] vist 518 protein kinase gener og identifisert anslagsvis 119 gener med «driver» mutasjoner.
Statistisk analyse
Alle data ble analysert ved hjelp av SPSS (versjon 16, SPSS, Inc) og en 5% signifikansnivå ble brukt gjennom. En Chi-kvadrat test ble benyttet for å bestemme i) hvis det var en betydelig overlapping i genene forskjellig uttrykt i murine eggstokkene overflaten epitel under brunst og gener forskjellig uttrykt i epitelial eggstokkreft sammenlignet med normal, og ii) om det var en sammenheng mellom genkopitallet aberrasjon og retning av differensial uttrykk. Sammenkoblet tosidige t-tester ble brukt for å sammenligne histoscores på ovarial overflaten epitel, inkludering cyster og egglederen epitel mens en enveis variansanalyse med minste kvadraters forskjell post hoc-analyse ble brukt for sammenligninger med eggstokkreft histoscores. Assosiasjoner mellom histoscores og progresjonsfri eller total overlevelse ble bestemt med Kaplan-Meier-kurver med log-rank test.
Resultater
Eggstokkreft genuttrykk profiler
Vi brukte fem offentlig tilgjengelige eggstokkreft genuttrykk datasett i vår analyse. De valgte studiene var av enten overveiende eller utelukkende serøs subtype, med relativt stort antall saker, alle analysert på Affymetrix plattform og de fleste benytter eggstokkene overflaten epitel tannpuss for uttrykk sammenligning. Detaljer om de publiserte studiene er gitt i tabell 3. tilfeller analysert var for det meste høy klasse, sent stadium svulster og der det er mulig vi ekskludert data fra borderline og ikke-serøs karsinom (Tabell 3). Vi inkluderte resultatene som genereres fra Heinzelmann-Schwarz et al. [17] i vår analyse, til tross for det faktum at de sammenlignet eggstokkreft vev til normal hele ovarier, siden de integrerte sine resultater med 13 andre publiserte kreft uttrykk ovarial studier og disse resultatene er sannsynlig å representere gener konsekvent høyt uttrykte i eggstokkreft. Viktigere, Lu et al. [18] og Heinzelmann-Schwarz et al. [17] bare rapportert gener som var oppregulert i eggstokkreft som innførte en skjevhet i våre analyser.
Det totale antall gener forskjellig uttrykt i eggstokkreft i minst ett av de fem datasett var 7285. til tross for lignende kohorter og rekke plattformer var det svært lite overlapping mellom datasettene – bare to gener ble overexpressed sammenlignet med normal i alle fem studier (
CD24
,
MAL2
) og bare 14 var oppregulert i fire av de fem studier (tabell 4). Det var 133 gener som konsekvent ble nedregulert i de tre studiene som rapporterte downregulation. De 15 gener med uttrykk som var lavest i eggstokkreft sammenlignet med normal er vist i Tabell 4.
brunst regulerte gener med avvikende uttrykk i eggstokkene adenokarsinom
Tidligere har vi rapportert global genet uttrykk endringer i rene bestander av vanlig mus eggstokkreft overflaten epitel fra umodne mus (lav hormon nivåer), sykling mus ved proestrus kveld (høy hormonnivået like før eggløsning), og på estrus morgen (lav hormonnivåer like etter eggløsning) [13] . Vi fant 905 gener reguleres, de fleste (n = 502; 55%) blir regulert på proestrus kveld, like før eggløsning, co-hendelsen med økningen i eggløsnings hormoner [13]. Vi sammenlignet denne listen over 905 gener til 7285 mennesker kandidat eggstokkreft kreftgener valgt fra de fem publiserte datasett. Totalt, 338 gener som er regulert i løpet av brunst ble dysregulerte i humane eggstokkreft prøver som er en betydelig større overlapping enn det som forventes ved en tilfeldighet alene (p 0,0001, Chi-square test). To østrogen regulerte gener,
EpCAM Hotell og
KIAA0101
, ble identifisert i fire av de fem som er publisert eggstokkreft datasett og 25 gener ble identifisert i tre av fem studier på mennesker (tabell 5), den flertallet blir oppregulert i kreft. Nesten halvparten av de overlappende gener (11/27, 41%) har et betydelig antall ( 5 publikasjoner) av tidligere rapporter i litteraturen implicating en rolle i eggstokkreft, inkludert
NME1
, mens 13/27 48% representerer nye kandidater (tabell 5).
Immunhistokjemisk validering av uttrykk i eggstokkreft og normalt vev
Åtte kandidat gener ble valgt fra listen over 338 gener reguleres under [22]. [25].
