Abstract
Bakgrunn
Genome-wide assosiasjonsstudier (GWAS) krever store utvalgsstørrelser å oppnå tilstrekkelig statistisk styrke, men det kan være mulig å øke effekten ved å inkludere utfyllende data. I denne studien undersøkte vi muligheten for automatisk hente informasjon fra medisinsk litteratur og utnytte denne informasjonen i GWAS.
Metoder
Vi utviklet en metode som søker gjennom PubMed abstracts for pre-tildelt søkeord og sentrale begreper, og bruker denne informasjonen til å tildele tidligere sannsynlighetene for foreningen for hver enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) med fenotype av interesse – det Justere Association Priors med tekst (tilpasse) -metoden. Association resultater fra en GWAS kan senere bli rangert i sammenheng med disse priors ved hjelp av Bayes False funnsannsynlighet (BFDP) rammeverk. Vi først testet tilpasse seg ved å sammenligne rangeringen av kjente resistens alleler i en tidligere lungekreft GWAS, og deretter brukt det i en to-fase GWAS av kreft i munnhulen.
Resultater
kjent lungekreft følsomhets SNPs var konsekvent rangert høyere av tilpasse BFDPs enn ved p-verdier. I oral cancer GWAS, forsøkte vi å gjenskape de fem beste SNPs som rangert etter tilpasse BFDPs, hvorav rs991316, som ligger i
ADH
genet regionen 4q23, viste en statistisk signifikant sammenheng med munnhulekreft risiko i replikering fase (
per sjeldne-allelet log additiv p-verdi [p
trend]
= 2,5 × 10
-3). Den kombinerte eller for å ha en ytterligere sjelden allel var 0,83 (95% CI: 0,76 til 0,90), og denne forbindelsen var uavhengig av tidligere identifiserte resistens SNP’er som er assosiert med generell UADT kreft i dette genet regionen. Vi har også undersøkt om rs991316 ble assosiert med andre kreft i øvre aerodigestive kanalen (UADT), men uten ekstra foreningen signal ble funnet.
Konklusjon
Denne studien fremhever potensialet nytten av systematisk innlemme før kunnskap fra medisinsk litteratur i genom-wide analyser ved hjelp av ADAPT metodikk. Adapt er tilgjengelig på nettet. (Url: https://services.gate.ac.uk/lld/gwas/service/config)
Citation: Johansson M, Roberts A, Chen D, Li Y, Delahaye- Sourdeix M, Aswani N et al. (2012) Bruk Veiledende fra medisinsk litteratur i GWAS av Oral Cancer Identifiserer Novel Følsomhet Variant på kromosom 4 – Adapt Method. PLoS ONE 7 (5): e36888. doi: 10,1371 /journal.pone.0036888
Redaktør: Olga Y. Gorlova, The University of Texas M. D. Anderson Cancer Center, USA
mottatt: 20 desember 2011; Godkjent: 09.04.2012; Publisert: May 25, 2012
