Abstract
Bakgrunn
TMEFF2 er et protein som inneholder en enkelt EGF-lignende domene og to follistatin-lignende moduler. Den biologiske funksjonen til TMEFF2 fortsatt uklar med motstridende rapporter tyder både en positiv og en negativ sammenheng mellom TMEFF2 uttrykk og kreft hos mennesker.
Metodikk /hovedfunnene
Her er vi rapportere at det ekstracellulære domenet av TMEFF2 samhandler med PDGF-AA. Denne interaksjonen krever den aminoterminale region av det ekstracellulære domene som inneholder follistatin modulene og kan ikke medieres av den EGF-lignende domene alene. Videre er det ekstracellulære domene av TMEFF2 griper inn med PDGF-AA-stimulert fibroblast proliferasjon på en doseavhengig måte. TMEFF2 uttrykk er nedregulert i menneskelige hjerne kreft og er negativt korrelert med PDGF-AA uttrykk. Undertrykt uttrykk for TMEFF2 er assosiert med sin hypermethylation i flere humane tumortyper, inkludert glioblastom og kreft i eggstokkene, endetarms, tykktarm og lunge opprinnelse. Analyse av glioma subtyper indikerer at TMEFF2 hypermethylation og redusert uttrykk er knyttet til en undergruppe av ikke-Proneural gliomer som ikke viser CpG island methylator phentoype.
Konklusjon /Betydning
Disse dataene gir den første bevis på at TMEFF2 kan virke til å regulere PDGF signalering, og at det er hypermethylated og nedregulert i glioma og flere andre krefttyper, for derved å foreslå en viktig rolle for dette proteinet i etiologien av humane kreftformer
relasjon:. Lin K, Taylor JR Jr, Wu TD, Gutierrez J, Elliott JM, Vernes JM et al. (2011) TMEFF2 Er en PDGF-AA Binding Protein med Metylering-Associated genet Slå i flere krefttyper, inkludert Glioma. PLoS ONE 6 (4): e18608. doi: 10,1371 /journal.pone.0018608
Redaktør: Irina Agoulnik, Florida International University, USA
mottatt: 01.12.2010; Godkjent: 07.03.2011; Publisert: 29 april 2011
Copyright: © 2011 Lin et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble finansiert av Genentech. Den Funder hadde en rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, og utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:. Alle forfatterne var ansatte i Genentech når dette arbeidet ble utført. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
TMEFF2, også kjent som tomoregulin [1], TPEF [2], HPP1 [ ,,,0],3] og TENB2 [4], koder for et transmembranprotein som inneholder et enkelt epidermal vekstfaktor (EGF) -lignende domene og to follistatin liknende moduler [1], [4] – [6]. Den biologiske funksjon av TMEFF2 fortsatt ukjent med motstridende rapporter fra forskjellige grupper. Oppløselige former av TMEFF2 ekstracellulære domene har blitt rapportert til svakt stimulere erbB-4 /HER4 tyrosinfosforylering i MKN 28 magekreftceller [1], og fremme overlevelse av mesencefalisk dopaminerge nevroner i primærkultur [6]. Som bevis for sin positive rolle i celleproliferasjon, har forhøyet TMEFF2 ekspresjon er assosiert med høyere prostatakreft karakter og hormon uavhengighet av flere grupper [4], [7], [8]. I motsetning til dette har andre rapportert nedregulering av TMEFF2 i androgen-uavhengig prostata kreft xenotransplantater, så vel som veksthemming indusert ved ektopisk ekspresjon av TMEFF2 i androgen-uavhengig prostatacancer-cellelinjer [5]. Dessuten er den 5′-regionen av genet TMEFF2 ofte hypermethylated ved noen kreftformer [2], [3], [9] -. [16], som tyder på en mulig rolle av tumor suppressor TMEFF2 i disse kreftformene
blodplate-avledede vekstfaktorer (PDGFs) ikke bare spiller viktige roller i utviklingsmessige og fysiologiske prosesser, men også er direkte implisert i human cancer og andre proliferative forstyrrelser (oversikt i [17] og [18]). Det humane genom inneholder fire PDGF ligander, PDGF-A, B, C og D, og to reseptorer, PDGFRα og PDGFRp Alle PDGFs kan danne funksjonelle disulfidbundne homodimerer, mens bare PDGF-A og B har vist seg å danne funksjonelle heterodimerer. PDGFRs også fungere som homo- og hetero-dimerer som er forskjellige i deres affiniteter for forskjellige PDGF-dimerer (oversikt i [17] og [18]). Den α underenheten av PDGFR har vært vist å binde den PDGF-A-, B- og C-kjedene, mens β subenheten er antatt å binde bare B og D kjeder. De biologiske responser indusert ved de forskjellige PDGF ligander avhenger av det relative antall av reseptor-subenheter i en gitt celletype, og de spesifikke PDGF-dimerer som er tilstede.
follistatin modul-inneholdende proteiner er tidligere blitt vist å være i stand til å binde og modulerer funksjonen av en rekke vekstfaktorer, inkludert medlemmer av den transformerende vekstfaktor beta (TGF-β familie, PDGFs, og vaskulær endotelial vekstfaktor (VEGF) [19] – [24]. Hittil har imidlertid ingen bindingspartner har blitt rapportert for TMEFF2. i denne rapporten har vi identifisert PDGF-AA som en vekstfaktor som samhandler med TMEFF2. Videre viser vi at det ekstracellulære domenet til TMEFF2 forstyrrer PDGF-AA-stimulert fibroblast spredning på en doseavhengig måte . Våre data gir det første bevis på at TMEFF2 kan fungere for å regulere PDGF signalering, og gi nye mekanistiske innsikt i de tilsynelatende motstridende roller TMEFF2 i kreft hos mennesker. I tillegg, viser vi for første gang ekspresjonen av TMEFF2 er nedregulert i glioma og flere andre kreftformer, og at denne nedregulering korrelerer med DNA-metylering. Sammen disse data antyder en viktig rolle TMEFF2 i utvikling og progresjon av kreft hos mennesker.
Resultater
Den ekstracellulære domene av TMEFF2 samhandler med PDGF-AA
TMEFF2 er spådd å inneholde en transmembran (TM) domene med en amino-terminal (NT) signalpeptid-sekvens (SP) (fig. 1A). Rekombinante proteiner som inneholder den ekstracellulære domenet (ECD) av TMEFF2 kondensert til en FLAG tag (TECD-FLAG), eller Fc-delen av det humane immunoglobulin gamma (hFcγ (TECD-Fc) ved karboksy-terminus (CT) ble uttrykt i pattedyrceller og renset fra cellekultursupernatanter (fig. 1B). det rensede TECD-FLAG og TECD-Fc løp ved den forutsagte ~55 kDa og ~70 kDa på SDS-PAGE under reduserende betingelser, henholdsvis (fig. 1c). NT sekvensering av rensede proteiner avslørte at signal-peptidet ble spaltet mellom restene 40 og 41 i begge rekombinante proteiner (fig. 1D).
(A) Hydro plott av TMEFF2 protein basert på algoritmen av Kyte og Doolittle [53] og den forutsagte domene struktur basert på NT-sekvensering av det rekombinante TECD i denne studien og Horie et al., 2000 [6]. SP, signal peptid; FS I, follistatin-lignende domene I; FS II, follistatin-lignende domene II; EGF, epidermal vekstfaktor-lignende domene; TM, transmembrane domene; N-Gly, potensielle områder for N-bundet glykosylering; GAG, potensiell stedet glycosaminoglycan vedlegg. (B) Skjematisk fremstilling av rekombinante TECD-FLAG og TECD-Fc fusjonsproteiner linje med full lengde TMEFF2 (TMEFF2-FL). (C) Renset TECD-FLAG og TECD-Fc ble analysert ved SDS-PAGE under reduserende betingelser med Coomassie blå farging. (D) NT-sekvensering av det rensede TECD-FLAG og TECD-Fc avslørte spaltningssetet av signalpeptidet. Aminosyresekvensen identifisert ved sekvensering NT er understreket. Pilhode angir signalpeptid-spaltningssetet.
Siden follistatin (FS) modul-inneholdende proteiner er blitt vist å interagere med PDGF ligander [19], undersøkte vi muligheten for hver av de 3 dimere former av PDGF ligander, PDGF-AA, BB og AB, samhandle med ECD av TMEFF2 ved hjelp av enzym-kjedet immunosorbentbestemmelser (ELISA). Ved hjelp av et biotinylert anti-PDGF-A-antistoff, ble det observert en doseavhengig binding når 1 til 10 ng /ml PDGF-AA ble tilsatt til den immobiliserte TECD-FLAG. En svak binding ble påvist ved anvendelse av PDGF-BB og et biotinylert anti-PDGF-B-antistoff, mens ingen signifikant binding ble påvist for PDGF-AB ved bruk av biotinylerte anti-PDGF-A-antistoff (Fig. 2A). Mens det var bare en svak bakgrunnsbinding mellom PDGF-AA og de ubelagte plastbrønnene, bindingen av PDGF-AA til immobilisert TECD-FLAG ble sammenlignes med dets binding til en immobilisert anti-PDGF-antistoff under de samme betingelser (fig. 2A) . Ingen spesifikk binding ble påvist for en rekke andre proteiner undersøkt, herunder familiemedlemmene EGF-reseptor (EGFR, HER2, HER3 eller HER4) og tumomekrosefaktor-reseptor (TNFR) sammensmeltet med hFcγ. I tillegg er ingen signifikant binding ble detektert mellom TMEFF2 ECDs seg selv når TECD-Fc ble anvendt som en analytt. Som en positiv kontroll, en anti-FLAG monoklonale antistoff viste doseavhengig binding til TECD-FLAG-belagte brønner fig. 2B).
(A) Binding av dimer PDGF ligander til TECD-FLAG belagte brønner. PDGF-AA, ble AB eller BB påført TECD-FLAG belagte brønner (faste symboler) eller tomme brønner (åpne symboler) og oppdaget med biotinylert anti-PDGF-A (for PDGF-AA AB) eller PDGF-B (for PDGF-BB) antistoffer etterfulgt av streptavidin-HRP. Anti-PDGF Pab belagte brønner ble anvendt som en positiv kontroll for PDGF-AA-binding (x). (B) Binding av seks rekombinante Fc-merket ECDs og en anti-FLAG mAb til TECD-FLAG belagte brønner. HRP-konjugert anti-mus og anti-human Fcy ble brukt til å påvise anti-FLAG mAb og Fc-merkede proteiner, respektivt. (C) TECD-Fc ble tilført til brønner belagt med PDGF-AA, AB eller BB og detektert med HRP-konjugert anti-human Fcy. (D) TECD-Fc og andre Fc-merket ECD av ulike transmembrane proteiner ble påført på PDGF-AA-belagte brønner og påvist med HRP-konjugert anti-human Fcy. TNFR, tumornekrosefaktor-reseptor; PDGFRp, PDGF-reseptor β; mOX40, murine OX40. Feilfelt representerer standardavvik mellom duplikater. Representative grafer av minst tre uavhengige eksperimenter er vist.
For å bekrefte at bindingen observert er faktisk på grunn av samspillet mellom PDGF-AA og TMEFF2-ECD, så immobilisert vi PDGF ligander på platene og anvendt TMEFF2-ECD smeltet til en annen kode, TECD-Fc, som en analytt. I samsvar med resultatene oppnådd med immobilisert TECD-FLAG, TECD-Fc viste signifikant doseavhengig binding kun til immobilisert PDGF-AA, men ikke AB, BB, CC eller DD (figur 2C,.. Supplerende Fig S1 A). Lignende resultater ble oppnådd ved bruk av etiketten fri ForteBio plattform (Menlo Park, CA) for å måle PDGF binding til biotinylert TMEFF2-FLAG immobilisert på streptavidin-belagt sensor. PDGF-AA viste den sterkeste binding til TMEFF2 mens PDGF-BB, AB, CC og DD viste sterkt reduserte affiniteter (data ikke vist). Et rekombinant løselig PDGF-reseptor α ekstracellulære domene (SRa), på den annen side, viste doseavhengig binding til alle tre immobiliserte PDGF-dimerer AA, AB og BB (supplerende fig. S1B), mens den PDGF-reseptor-Fc βECD (PDGFRβ- Fc) fusjonsprotein var ikke i stand til å binde PDGF-AA (figur 2D), i samsvar med den rapportert spesifisitet av disse reseptorene [25] -. [27]
TMEFF2 interagerer med PDGF-AA gjennom sin FS modul. holdige region når det uttrykkes på overflaten av pattedyrceller
for å finne ut om ECD TMEFF2 kan samhandle med PDGF-AA når det uttrykkes på overflaten av pattedyrceller transfektert vi 293 celler med konstruksjoner som inneholder full-lengde TMEFF2 (TMEFF2-FL), eller en avkortet TMEFF2 uten det intracellulære domenet (TMEFF2-ΔICD) (fig. 3). PDGF-AA eller PDGF-AB ble deretter tilsatt til kulturmedium og tillatt å binde seg til celleoverflaten i 30 minutter. Ubundne PDGF ligander ble deretter vasket bort og cellelysatene ble utsatt for immunoutfelling med enten polyklonale antistoff (PAB) erkjenner begge PDGF-AA og AB dimerer, eller en pAb erkjenner ECD TMEFF2. Som vist på fig. 3 supplerende Fig. S8, et anti-PDGF-A-antistoff kunne oppdage den denaturerte PDGF-A monomer i anti-PDGF immunoutfellinger fra celler inkubert med enten PDGF-AA eller PDGF-AB, noe som tyder på at begge PDGF-dimerer bundet til celleoverflaten, enten gjennom interaksjoner med spesifikke reseptorer eller ekstracellulære matriks (ECM) proteiner. Imidlertid ble PDGF-A påvises i anti-TMEFF2 immunopresipitater bare fra celler inkubert med PDGF-AA, men ikke fra de som er inkubert med PDGF-AB. I tillegg, PDGF-AA var til stede i anti-TMEFF2 immunoutfellinger fra celler som uttrykker enten full-lengde TMEFF2 eller ICD-avkortet TMEFF2. Dette er i samsvar med ELISA-resultat viser at PDGF-AA, men ikke PDGF-AB utviste doseavhengig binding til ECD av TMEFF2.
Multiple bånd TMEFF2-FL og TMEFF2-ΔICD ble påvist ved anti- TMEFF2 mAb på grunn av forskjellige grader av glykosylering og proteoglykan vedlegg [4]. mAb, muse-monoklonalt antistoff; pAb, kanin polyklonale antistoff; Ig LC, lett kjede av Ab brukes til immunoprecipitation.
TMEFF2 inneholder 2 FS moduler og en EGF-lignende domene. Å dissekere hvilke domener av TMEFF2 er involvert i interaksjon med PDGF-AA, har vi gjort Herpes simplex type 1 glycoprotein D (gD) -epitope merket delesjonsmutanter av TMEFF2 og undersøkt deres evne til å binde PDGF-AA når den uttrykkes på overflaten av 293 celler (fig 4 .. supplerende fig S8). Som forventet, PDGF-AA co-immunopresipitert med GD-merket helaftens TMEFF2 av en anti-gD monoklonalt antistoff. Når imidlertid gD-merket TMEFF2 mutanter som mangler enten NT FS I (gD-TMEFF2-ΔFS I) eller begge av de FS modulene (gD-TMEFF2-ΔFS I /II) ble immunoutfelt med den samme anti-gD-antistoff, ikke PDGF -AA ble brakt ned, selv om begge mutante TMEFF2 proteiner ble brakt ned i immunpresipitatene. FACS-analyse bekreftet også membran uttrykk for alle 3 GD-merket proteiner (Supplemental fig. S2). Dette tyder på at NT-områder som inneholder FS I-domenet er nødvendig for PDGF-AA-interaksjon, mens EGF-domenet alene ikke er tilstrekkelig for denne interaksjonen. I samsvar med dette resultatet, et rekombinant His-tagget tandem-matrise av EGF-domenet av TMEFF2 også unnlatt å vise spesifikk binding til PDGF-AA-belagte plater ved hjelp av ELISA (data ikke vist).
Multiple bånd TMEFF2 -FL og TMEFF2-ΔFS jeg ble oppdaget av anti-TMEFF2 mAb på grunn av forskjellige grader av glykosylering og proteoglykan vedlegg [4].
TMEFF2 modulerer PDGF-stimulert spredning av NR6 fibroblaster
PDGF-ligander er potente mitogener av bindevevsceller, inkludert fibroblaster, glatte muskelceller, kondrocytter, og noen endotelceller [17], [28], [29]. Oppdagelsen av at TMEFF2 samhandler med PDGF-AA på ng /ml konsentrasjoner av både rekombinant TMEFF2 ECD og PDGF-AA bedt oss om å undersøke muligheten for at TMEFF2 kan regulere PDGF-AA signalering. Vi spurte først om PDGFRα, den eneste reseptoren som binder PDGF-AA, kan konkurrere med TECD for PDGF-AA bindende. Som vist i Supplemental fig. S1C, TECD-Fc-binding til PDGF-AA-belagte plate ble blokkert av den løselige ekstracellulære domenet av PDGFRα, SRa, på en doseavhengig måte, noe som indikerer at TMEFF2 ECD og SRa binder seg til PDGF-AA ved overlappende områder.
Vi neste undersøkt effekten av TMEFF2-ECD på PDGF stimulert spredning. Den murine fibroblastcellelinje NR6 uttrykker både PDGF-reseptorene α og β [30], og oppviser doseavhengig proliferasjon i respons til PDGF-AA eller PDGF-AB som målt ved BrdU-inkorporering (Fig. 5A, C). Når 10 ng /ml PDGF-AA ble tilsatt i nærvær av økende konsentrasjoner av Fc-merket TECD, ble BrdU-inkorporering inhibert på en doseavhengig måte i konsentrasjoner mellom 0,6 og 2,000 ng /ml TECD-Fc (Fig. 5B) . Denne effekten var lik den i SRa som også hemmet PDGF-AA-indusert BrdU-inkorporering i et lignende konsentrasjonsområde, men med en litt høyere virkningsgrad. PDGF-AB-indusert BrdU-inkorporering, på den annen side ikke var påvirket av TECD-Fc under de samme betingelser (fig. 5D). Interessant, SRa også hadde liten effekt på PDGF-AB-indusert spredning, selv om samsvar med tidligere rapporter [31], kan PDGF-AB binde sRαwith en tilhørighet som ligner på PDGF-AA (Supplemental Fig. S1B). Dette kan være på grunn av evnen av PDGF-AB til å bindes til alle tre PDGFR dimerer, αα, αβ eller ββ [26], mens PDGF-AA kan signalisere bare gjennom PDGFR αα dimers.It er mulig at PDGF-AB kan ha en høyere affinitet for de innfødte PDGF-reseptor αβ dimers enn for SRa, eller at det kan være mer rikelig PDGF-reseptor αβ dimerer og /eller PDGF-reseptor ββ dimers på disse cellene
(A) (C) Dose-avhengig stimulering av BrdU-inkorporering av PDGF-AA- og PDGF-AB i NR6-celler. (B) (D) Effekt av økende konsentrasjoner av TECD-Fc (fylte søyler) eller PDGF SRa (åpne søyler) på 10 ng /ml PDGF-AA (B) eller PDGF-AB (D) stimulert BrdU-inkorporering.
TMEFF2 uttrykk er nedregulert i hjernen kreft og er negativt korrelert med PDGF-A uttrykk
5′-regionen TMEFF2 genet er ofte hypermethylated i noen kreftformer [2], [3], [9] – [16], noe som tyder på en mulig svulst suppressor rolle for TMEFF2 i disse kreftformene. Å sammenligne uttrykket nivåer av TMEFF2 i menneskelig vev, analyserte vi Affymetrix microarray data innhentet fra GeneLogic, Inc. (Gaithersburg, MD) som inneholder flere menneskelige tumor og prøver normalt vev. Høyeste nivåene av TMEFF2 uttrykk ble funnet i prostata og hjernevev (Supplemental fig. S3, S4).
In situ
hybridiserings-eksperimenter bekreftet høye nivåer av TMEFF2 mRNA-ekspresjon i normale voksne og føtale sentralnervesystemet, så vel som både maligne og ikke-maligne prostata-vev (Supplemental fig. S5). Den midlere Ekspresjonsnivået av TMEFF2 er vesentlig høyere i prostata kreftvev i forhold til normal prostata vev (figur 6A;.. Opplysning Fig S3, S4), i samsvar med tidligere rapporter [7]. I kontrast, TMEFF2 utstillinger betydelig lavere gjennomsnitts nivåer av uttrykk i ondartede hjerneprøver, særlig i glioblastom (GBMS), sammenlignet med normale hjernen vev (fig 6B,.. Opplysning figur S3, S4). De fleste andre vev uttrykke TMEFF2 på langt lavere nivåer enn hjerne og prostata. Flere vev viser også en tendens til redusert ekspresjon i kreftformer, slik som kolorektal, spiserør og mage, med statistisk signifikant forskjell i kolorektal kreft prøvene sammenlignet med normale vev kolon (Supplemental fig. S3, S4). Disse dataene er konsistent med en mulig svulst suppressor rolle TMEFF2 i disse vev.
(A) Affymetrix signal intensitet TMEFF2 uttrykk i prostatakreft vs ikke-kreft vev basert på GeneLogic data. (B) Affymetrix signalintensiteten av TMEFF2 ekspresjon i normal hjerne vs hjerne cancervev basert på GeneLogic data. Hver åpen sirkel i (A) og amp; (B) representerer en pasientprøve. Box-and Whisker tomter er også inkludert i rådata for å indikere gjennomsnittet og den 25. og 75. persentil områder. Værhårene er trukket til 1,5 ganger det interkvartile området fra boksen. (C) og amp; (D) Normaliserte signaler fra TMEFF2 (C) og PDGF-A (D) mRNA-ekspresjon i Proneural (PN), proliferativ (formeringen), eller Mesenchymale (MES) undertyper av 36 glioma prøver. Mean signaler for hver undertype er vist som innfellinger. *
p
≤0.05; **,
p
≤0.005. (E) TMEFF2 uttrykk er negativt korrelert med PDGF-A-ekspresjon i 133 (76 MD Anderson og 57 UCSF) HGG prøver (Pearson korrelasjonskoeffisient r = -0,37). Hver akse representerer normaliserte signalene i hvert gen. Alle uttrykk data ble oppnådd ved hjelp av Affymetrix HG-U133A og HG-U133B GeneChips fra sonden 223557_s_at for TMEFF2 og 205463_s_at for PDGF-A, henholdsvis.
Høy klasse hjernesvulst (HGGs) har blitt klassifisert i tre molekylær subtyper basert på likhet for definerte uttrykk signaturer: Proneural (PN), proliferativ (formeringen) og Mesenchymale (MES) [32]. Den Proneural subtype uttrykker gener assosiert med normal hjerne og prosessen med nevrogenesen. Denne subtype har vært forbundet med en bedre prognose [32], og er nylig blitt knyttet til en undergruppe av tumorer som oppviser en glioma-CpG øy methylator fenotype (G-CIMP) og isocitrat dehydrogenase 1 (IDH1) mutasjoner (se nedenfor) [33 ]. I motsetning til de to andre undertyper er av dårligere prognose [32], og er karakterisert ved en likhet med enten høyt proliferative cellelinjer eller vev av mesenchymal opprinnelse, med genekspresjon programmer som angir celleproliferasjon eller angiogenese, respektivt. Microarray analyse av TMEFF2 i et sett av 36 HGG prøver som inkluderte 12 prototypiske tilfeller av hver underklasse [32], [34] avslørte betydelig høyere nivåer av ekspresjon TMEFF2 i PN-subklassen enn formeringen og MES subklasser (Fig. 6C). Interessant, PDGF-A viste en nesten speilbilde, motsatt trend med den høyeste ekspresjon i MES subklassen (fig. 6D). En slik tendens ble ikke observert for PDGF-B i disse prøver (data ikke vist). Videre analyse av microarray data i 76 HGG prøver fra MD Anderson Cancer Center (MDA) og 57 HGG prøver fra University of California San Francisco (UCSF) antyder en negativ korrelasjon mellom TMEFF2 og PDGF-A uttrykk i begge sett av prøver (Fig. 6E ). Disse data er i overensstemmelse med hypotesen om at PDGF-AA, kan være en viktig vekstfaktor som kreves for utvikling av ikke-PN HGGs, og at TMEFF2 ekspresjon kan velges mot i disse HGGs som er avhengig av PDGF-AA-signalering.
TMEFF2 er hypermethylated i flere krefttyper med sitt uttrykk negativt korrelert med metylering nivåer
Hypermethylation av TMEFF2 genet i humane kreftformer har blitt rapportert i flere vev, inkludert tykktarms, mage og esophageal kreft [2], [ ,,,0],3], [9] – [12], [16]. Men disse vev uttrykker meget lave nivåer av TMEFF2 selv i normale prøver, noe som gjør betydningen av gensuppresjon mindre tydelig i disse tumorene. Siden metylering status for TMEFF2 ikke har blitt rapportert i glioma og de fleste andre vev, analyserte vi alle offentlig tilgjengelige data fra Kreft Genome Atlas (TCGA) med resultater på både Agilent uttrykk og infinium metylering arrays [35]. Av de syv krefttyper hvor disse data er tilgjengelig for øyeblikket, bare glioblastom, og av og til eggstokkreft og endetarmskreft prøvene viser betydelige nivåer av TMEFF2 uttrykk (Fig. 7). Alle prøver med høye nivåer av TMEFF2 uttrykk tilsvarer lave CpG island metylering stater, mens prøver med en metylering betaverdi på mer enn 0,1 har en undertrykt uttrykk for TMEFF2, noe som er spesielt tydelig i GBM prøver (t-test p-verdi 4 × 10
-14). TMEFF2 uttrykk er knapt synlig i nesten alle kolon adenokarsinom, rektal adenokarsinom, lunge adenokarsinom og lunge plateepitelkarsinom prøver. Mens de fleste av disse tumorprøver viser metylering beta verdier større enn 0,1, er det ikke tilstrekkelige data for å finne ut om ulike terskler for metylering betaverdier finnes i forskjellige krefttyper for undertrykte TMEFF2 uttrykk, eller andre mekanismer eksisterer for å undertrykke sitt uttrykk. Ikke desto mindre, tatt sammen med andre publiserte rapporter om TMEFF2 metylering i andre tumortyper Disse data er i overensstemmelse med hypotesen om at TMEFF2 blir dempet gjennom DNA-metylering i en signifikant andel av humane kreftformer, inkludert gliomer og kreft i eggstokkene, rektal, tykktarm og lunge opprinnelse.
metylering nivåer er plottet på x-aksen ved gjennomsnitt beta verdiene av de to infinium sonder, cg06856528 og cg18221862, og mRNA uttrykk nivåer innhentet på Agilent chip er plottet på y-aksen.
Nylig ble en undergruppe av gliomer med karakteristiske promotor-DNA-metylering endringer, referert til som G-CIMP, er blitt identifisert i forbindelse med TCGA GBM prøver [33]. Interessant, G-CIMP-positive tumorer tilhører en undergruppe av Proneural svulster og er nært knyttet til IDH1 mutasjon. Disse svulstene har en gunstig prognose innenfor GBMS som helhet og også innenfor Proneural undergruppe. For å forstå forholdet mellom TMEFF2 metylering og G-CIMP signatur, vi sammenlignet TMEFF2 metylering status mot settet med TCGA GBM prøver med tilgjengelige G-CIMP og IDH1 mutasjon informasjon. Av de TCGA analyserte prøvene av Noushmehr et al. [33], 88 overlappet med prøvene som vi analysert ved å bruke den offentlige tilgjengelige datasettet. 76 av disse var G-CIMP-negative og 12 var G-CIMP-positive. Alle 76 G-CIMP-negative prøvene var negative for IDH1 mutasjon, mens alle 12 G-CIMP-positive prøvene var positive for IDH1 mutasjon.
