Abstract
Tykktarmskreft (CRC) er en av de ledende ondartet kreft med en rask økning i forekomst og dødelighet. De tilbakefall av CRC etter kurativ reseksjon av og til uunngåelig og ofte skjer innen det første året etter operasjonen. MicroRNAs kan tjene som biomarkører for å forutsi tidlig tilbakefall av CRC, men å identifisere dem fra over 1400 kjente menneskelige microRNAs er utfordrende og kostbart. En alternativ tilnærming er å analysere eksisterende uttrykk data av messenger RNA (mRNA) fordi generelt sett uttrykket nivåer av microRNAs og sine mål mRNA er omvendt korrelert. I denne studien, hentet vi seks mRNA expression data fra CRC i fire studier (GSE12032, GSE17538, GSE4526 og GSE17181) fra genuttrykk omnibus (GEO). Vi utledes mikroRNA uttrykk profiler og utført beregnings analyse for å identifisere microRNAs forbundet med CRC tilbakefall ved bruk av Imre metode basert på mikrokosmos database som inneholder 568,071 mikroRNA-målet forbindelser mellom 711 microRNAs og 20,884 genet mål. To microRNAs, MIR-29a og MIR-29c, ble avslørt og ytterligere meta-analyse av seks mRNA uttrykk datasett viste at disse to microRNAs var meget signifikant basert på Fisher p-verdi kombinasjon (p = 9,14 × 10
– 9 for MIR-29a og p = 1,14 × 10
-6 for MIR-29C). Videre disse to microRNAs ble eksperimentelt testet i 78 menneskelige CRC prøver å validere deres effekt på tidlig tilbakefall. Våre empiriske resultater viste at de to microRNAs var signifikant nedregulert (p = 0,007 for MIR-29a og p = 0,007 for MIR-29c) i tidlig tilbakefall pasienter. Denne studien viser muligheten for å bruke mRNA profiler for å indikere microRNAs. Vi viser også MIR-29a /c kan være potensielle biomarkører for CRC tidlig tilbakefall
Citation. Kuo TY, Hsi E, Yang IP, Tsai PC, Wang JY, Juo S-HH (2012) Computational Analyse av mRNA Expression Profiler Identifiserer mikroRNA-29a /c som Predictor av tykktarmskreft tidlig gjentakelse. PLoS ONE 7 (2): e31587. doi: 10,1371 /journal.pone.0031587
Redaktør: Steve Horvath, University of California, Los Angeles, USA
mottatt: 16 juli 2011; Akseptert: 9. januar 2012; Publisert: 13. februar 2012
