Abstract
Mål
DNA metyltransferase 3b (DNMT3b) spiller en viktig rolle i unormal metylering under tumorigenesis. Polymorfisme av
DNMT3b
gen kan påvirke
DNMT3b
aktivitet og være forbundet med kreftrisiko. Denne studien hadde som mål å undersøke sammenhengen mellom enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) i
DNMT3b
genet og mottakelighet og prognose for magekreft.
Metoder
Fire hundre og førti syv histologisk-bekreftede mage krefttilfeller, 111 mage atrofi tilfeller og 961 kreftfrie kontroller ble inkludert i studien. Fem tag SNPs (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 og rs8118663) av
DNMT3b
genet ble genotypet av TaqMan analysen. DNMT3b uttrykk ble evaluert i 104 kreft vev ved immunhistokjemi metode.
Resultater
Median oppfølgingstid for 422 mage pasienter med prognose informasjonen var 55,1 (51,8 til 58,5) i måneden. Vi fant at personer med den rs1569686 variant genotype (TG /GG) var signifikant assosiert med dårlig prognose i magekreft sammenlignet med dem som bærer TT genotypen (HR = 1,43, 95% KI: 1,02 til 1,99). Denne trenden var mer tydelig i den langsiktige overlevelsen av magekreft. Lignende resultater ble observert for G allel bærere av rs4911107 og T allel bærere av rs4911259 som disse to nettstedene var i fullstendig koblingsulikevekt med rs1569686. De rs8118663 GG bærere tendens til å leve kortere enn AA /AG genotype (HR = 2,72, 95% KI: 1,45 til 5,12) hos pasienter som bor lenger enn 2,0 år. Ingen av de fem SNPs var forbundet med risikoen for magekreft eller gastrisk atrofi. Og ingen sammenheng ble funnet mellom hver av de fem SNPs og DNMT3b uttrykk.
Konklusjoner
Denne studien gir bevis for at
DNMT3b
polymorfismer kan forutsi langsiktig overlevelse av magekreft . Men videre studier er nødvendig for å avdekke de underliggende biologiske rollene til
DNMT3b
polymorfisme
Citation. Wang C, Jia Z, Cao D, du L, Jin M, Wu X, et al . (2015) Polymorphism av DNA metyltransferase 3b og assosiasjon med utvikling og prognose i magekreft. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10,1371 /journal.pone.0134059
Redaktør: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, ITALIA
mottatt: 16 april 2015; Godkjent: 03.07.2015; Publisert: 11 august 2015
Copyright: © 2015 Wang et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av Natural Science Foundation National of China (81072369, JJ), National Natural Science Foundation of China (81373084, JJ), National Natural Foundation of China (81273065, XYC) Science, Norman Bethune Program av Jilin universitet (2013025, JJ), Stiftelsen for det første sykehuset i Jilin University (JDYY42013014, ZFJ), Youth Foundation av det første sykehuset i Jilin-universitetet i Youth (JDYY42013018 , DHC) og Science and Technology Development Program i Jilin-provinsen (20150414014GH, JJ). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP (GC) er en av de vanligste ondartede svulster i Kina, og det er den nest største årsaken til kreft dødsfall [1, 2].
Helicobacter pylori product: (
H
.
pylori
) er klassifisert som en gruppe jeg kreftfremkallende av magekreft ved IARC i 1994 [3].
H
.
pylori
er også en av risikofaktorene for mage atrofi (GA), som er involvert i utviklingen av magekreft [4, 5]. Selv om halvparten av verdens befolkning har
H
.
pylori
infeksjon, bare en liten andel av dem utvikle seg til kronisk atrofisk gastritt og magekreft. Disse tyder på en mulig rolle for verts genetiske faktorer som svar på kronisk
H
.
pylori
infeksjon og magekreft utvikling, senere [6].
DNA metylering er en av de epigenetiske modulasjoner og er viktig i transkripsjon regulering og kromatinstruktur ombygging [7]. Avvikende DNA-metylering kan føre til genom-bred hypometylering og regional hypermethylation, som er identifisert som en mulig mekanisme for inaktivering av tumorsuppressorgener [8-10]. DNA-metyltransferase-3b (DNMT3b) er en
de novo
metyltransferase og er over uttrykkes i forskjellige tumorer, slik som lungekreft [11], bryst karsinom [12], hepatocellulært karsinom [13] og stor B- cellelymfomer [14]. Vår tidligere arbeid viste at DNMT3b uttrykt betydelig høyere i magekreft vev sammenlignet med de sammenkoblede kontrollprøver [15]. Og høyere nivåer av DNMT3b ble rapportert å være involvert i lymfeknutemetastase av eggstokkreft [16] og kortere total overlevelse for akutt myelogen leukemi [17]. Disse foreslo mulige rolle DNMT3b i utvikling og progresjon av svulster.
DNMT3b
lokaliserer i kromosom 20q11.2 med en total størrelse på 47kb. Det ble ansett som enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) innenfor promoter-regionen i
DNMT3b
genet kan endre genuttrykk nivåer [18]. Tidligere studier har vist at SNP’er av
DNMT3b
ble korrelert med den følsomhet av forskjellige kreftformer, slik som leverkreft [19], lungecancer [18], nasofaryngeale karsinomer [20], brystkreft [7] og gastrisk kreft [21], og Azad et al [22] har vist at
DNMT3b
rs2424913 polymorfisme ble korrelert med økt fare risiko for i hode og nakke kreft. Disse SNP’er ble funnet å påvirke aktiviteten til
DNMT3b
på DNA-metylering ved å endre nivået av DNMT3b, for derved å modulere mottakelighet for kreft [23, 24].
Imidlertid, så vidt vi vet, ingen papir var tilgjengelig på seg rollen som
DNMT3b
polymorfisme i prognosen for magekreft. I denne studien undersøkte vi sammenhengen mellom polymorfismer av
DNMT3b
genet og mottakelighet for magekreft samt gastrisk atrofi, og clinicopathological funksjoner og total overlevelse av magekreft i en kinesisk befolkning.
Materialer og metoder
Etikk uttalelse
Denne studien ble godkjent av etikkomiteen av det første sykehuset i Jilin University. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle fagene før du tar del i denne forskningen.
Studie populasjoner
Nylig diagnostisert magekrefttilfeller som gjennomgår tumorectomy ble invitert til studiet ved Institutt for Gastric og tykktarms kirurgi, første sykehuset i Jilin University (Changchun, Kina) i løpet av 2008 til 2010. i alt 447 tilfeller med histopathologically diagnostisert magekreft ble inkludert, og ingen av sakene ble mottatt kjemoterapi eller strålebehandling før operasjonen. De viktigste kliniske kjennetegn ble samlet inn fra de medisinske poster eller via telefon intervju. Vi definerte kjemoterapi som en effektiv behandling i minst 3 sykluser. Pasientene fikk flere postoperative kjemoterapiregimer, inkludert FOLFOX-4 regime (kombinasjon med 5-fluorouracil, folinsyre og oksaliplatin); XELOX regime (kapecitabin og oksaliplatin); andre kjemoterapi som kapecitabin eller 5-fluorouracil alene. I samme periode ble kandidatene deltar på helsekontroll sentrum uten svulst historie invitert til kontrollgruppen på samme sykehus og 1072 personer signert informert samtykke. Blant dem var 150 individer funnet å ha gastrisk atrofi av serum pepsinogen undersøkelse og 111 ble bekreftet ved biopsi og histopatologi og ble inkludert som gastrisk atrofi gruppen. De gjenværende fagene (961) ble inkludert i kontrollgruppen. Fem milliliter perifert blod ble samlet inn fra alle deltakerne og lagret ved -80 ° C til genomisk DNA-ekstraksjon.
Gastric krefttilfeller var fulgt opp av telefonsamtaler tre måneder, seks måneder, og ett år etter tumorectomy og hvert ett år senere til døden eller siste planlagte oppfølging. Tilfeller vil ikke bli inkludert i overlevelsesanalyse hvis (i) de ble ikke fulgt opp på den første tiden av telefonintervju, eller (ii) de var døde av komplikasjoner av kirurgisk operasjon i den perioperative perioden. Overlevelsestiden ble definert som varigheten fra datoen for kirurgisk operasjon til dødsdato dersom pasientene var døde eller til datoen for den siste vellykket intervju hvis pasientene ble ikke fulgt opp eller levende fram til slutten av studien . Overlevelse var rett sensurert bortsett fra at pasientene ble døde av magekreft.
Tester av
H
.
pylori
infeksjon og diagnose av mage atrofi
serum immunoglobulin G (IgG) antistoffer til
H
.
pylori
, pepsinogen I (PGI) og pepsinogen II (PGII) ble evaluert av enzymbundet immunosorbent analyse (ELISA) etter produsentens instruksjoner (Biohit, Finland). Personer med PGI 82,3 ng /ml og prosenter av PGI /PGII 6.05 var positive for gastrisk atrofi screening og deretter validert av biopsi og histopatologi gjennom gastroskopi [25]. Den interday koeffisient av variasjon (CVS) av kontrollprøver blant kits var 4,5%, 4,3% og 4,7% for
H
.
pylori
IgG, PG I og PG II, henholdsvis.
Tagging SNPs utvalg
SNPs dekker regionen av
DNMT3b
ble analysert ved hjelp SNPbrowser programvare v4.0 basert på Han-kinesiske befolkningen i HapMap Project (06-02-2009 HapMap). Fire tagging SNPs (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 og rs8118663) ble valgt som kunne dekke 22 SNPs av
DNMT3b
med et minimum mindre allel frekvens (MAF) på 0,05 og et par-messig
r
2 på 0,8 eller høyere [26]. I tillegg er tre andre SNPs, rs2424913, rs6087990 og rs1569686, ble også ment å bli valgt som kandidat SNPs. Men bare rs1569686 ble genotypet som rs2424913 hadde for lav MAF (0,012, data fra HapMap Project) og rs6087990 var i en absolutt LD (
D
«= 1 og
r
2 = 1) med rs4911107. Til slutt ble fem SNPs, rs6119954 (intron), rs1569686 (promoter), rs4911107 (intron), rs4911259 (intron) og rs8118663 (3 «flankerende område) valgt for genotyping.
Genotyping
genomisk DNA ble ekstrahert fra fullblodsprøve ved hjelp av blod genomisk DNA-ekstraksjon kits følgende produsentens instruksjoner (Axygen biovitenskap, USA). Genotyper av hver SNP ble bestemt ved hjelp av TaqMan genotyping analyser følge produsentens protokoll i 384-brønners plater (Applied Biosystems, USA). Sekvenser av primere og prober er tilgjengelig på forespørsel. Polymerase kjedereaksjoner (PCR) var som følger: 1 syklus med 95 ° C i 10 minutter, etterfulgt av 40 sykluser på 95 ° C i 15 s og 60 ° C i 1 min. Forsterker prosesser ble utført på BIO-RAD S1000 termiske cyclers (Bio-Rad, California) og sluttproduktene ble avlest på en ABI PRISM 7900 HT Sequence Detector hjelp av Sequence Detector programvare V2.3 (Applied Biosystems, USA). To blanke kontroller ble inkludert i hver 384-brønn assay lette programvare for å identifisere genotyper. Fem prosent av tilfeldig utvalgte duplikate prøver ble inkludert i hver 384-brønners plater for kvalitetskontroll, og den generelle konkordant rente var 99,91%.
Immunohistochemistry
DNMT3b uttrykk ble undersøkt i tumorvev 104 magekreftpasienter ved immunhistokjemi metode. De 4 um tykke seksjoner fra vevsblokker ble skåret ut, deparaffinized og farget ved hjelp av et streptavidin-biotin immunoperoxidase teknikk. Kort sagt ble vevssnittene inkubert over natten ved 4 ° C med anti-humant DNMT3b polyklonalt antistoff (1: 200 fortynnet, sc-20704, Santa Cruz, USA). Signaler ble visualisert med 3, 3-Diaminobenzidin (DAB) og objektglassene ble motfarget med hematoksylin. Som negative kontroller, ble platene behandlet med isotype IgG som erstatning av primære antistoffer. De fargede objektglass ble evaluert av to uavhengige patologer, som ble blindet fra kliniske data. Den allment akseptert HScore system ble anvendt for å bedømme fargeintensitet og prosenter av celler farget med en bestemt størrelse av intensitet. Den HScore ble beregnet ved den følgende ligning: HScore = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). Den i betyr intensiteten av fargingen, dvs. ingen farging = 0, svak farging = 1, middels = 2 flekker og sterk farging = 3. Pi representerer prosentandelen av fargede celler med intensiteter som varierer fra 0 til 100%. Den HScore går fra 0 til 300.
Statistisk analyse
Kontinuerlige data som alder og HScore score til DNMT3b uttrykk ble oppsummert som median (25. til 75-persentiler) og sammenlignet med Mann-Whitney U test eller Kruskal-Wallis test. Kategoriske data ble beskrevet som frekvens og prosent og sammenlignet ved hjelp av χ
2 test eller Fisher eksakt test når det passer. Frekvensen av genotyper av hver SNP ble bestemt via direkte telling og avvik fra Hardy-Weinberg likevekt i kontrollgruppen ble vurdert av en godhet-of-fit χ
2 test. Koblingsulikevekt (LD) mellom par av biallelic loci ble bestemt ved hjelp av to mål,
D
«og
r
2. Ubetinget logistisk regresjonsanalyse ble brukt til å beregne odds ratio (ORS) og 95% konfidensintervall (CIS), med justering for mulige confounders (alder som en skala variabel, sex som en nominell variabel og
H
.
pylori
antistoff som en nominell variabel). Overlevelses funksjoner av mage kreftpasienter innen hver SNP ble plottet av Kaplan-Meier metoden og sammenlignet med Log-Rank test. Hazard ratio (HR) med 95% CI’er ble brukt til å kvantifisere påvirkning av genotyper av hver SNP på total overlevelse og ble beregnet med Cox regresjonsmodell. For haplotyper med frekvenser 1%, risiko for følsomhet og dødsfare ble evaluert som sammenlignet med referanse haplotype (større haplotype i kontrollgruppen) ved hjelp av ubetinget logistisk regresjonsmodell og Cox regresjonsmodellen henholdsvis med den THESIAS versjon 3,1 software [27, 28]. Alle statistiske tester var to-tailed og
P
verdi 0,05 ble ansett for å være statistisk signifikant. Med mindre annet er angitt, analyser ovenfor ble utført i SAS 9.1.3 programvare (SAS Institute Inc, USA).
Resultater
emne egenskaper
Totalt 1519 fag, 447 mage krefttilfeller, ble 111 gastrisk atrofi tilfeller og 961 kreftfrie kontroller inkludert i denne studien. Karakteristikkene for alle fag er oppsummert i tabell 1. Den demografiske faktorer, alder og kjønn, ble ikke jevnt fordelt i de tre gruppene som GC-gruppen hadde mer mannlige og eldre personer. Og 69,1% av GC tilfellene var positive for
H
pylori
, betydelig høyere enn kontrollgruppen (49,7%,
P
0,001). Mens ikke- betydelig lavere enn gastrisk atrofi gruppen (75,7%,
P
= 0,176). Som disse faktorene kan forvirre effektene av SNPs, ble sammenligninger av genotype distribusjon under justert etter alder, kjønn og
H
.
pylori
infeksjon. De fleste magekrefttilfeller hadde intestinal type kreft (87,3%) og 140 pasienter fikk postoperativ kjemoterapi (31,3%).
Association of SNPs med risiko for magekreft eller gastrisk atrofi
fire SNP loci, rs1569686, rs4911107, rs4911259 og rs8118663, var i samsvar med Hardy-Weinberg likevekt i kontrollgruppen (
P
var 0,321, 0,341, 0,362 og 0,874, henholdsvis). Den rs6119954 locus, men ble funnet å være merkelig fra det (
P
= 0,0331). Ikke desto mindre er dette locus ble inkludert i den endelige analysen, siden den samstemmighet av de dupliserte prøver av rs6119954 var 100%. Parvise målinger av koblingsulikevekt ble oppført i S1 tabell. Tre loci, rs1569686, rs4911107 og rs4911259 viste fullstendig koblingsulikevekt (
D
« 0,98,
r
2 0,96). Derfor bare rs1569686 ble analysert representerer rs4911107 og rs4911259.
Sammenlignet med den vanligste genotypen av hver SNP, ble ingen forskjell observert på fordelingen av de tre loci mellom magekreft gruppen og kontrollgruppen etter justering for alder , sex og
H
.
pylori
infeksjon (tabell 2). Ingen allel eller haplotype var assosiert med risiko for magekreft. Lignende negative resultater ble oppnådd på risikoen for gastrisk atrofi (tabell 2). Dessuten ble det ikke observert noen assosiasjoner mellom SNPs eller haplotype og risiko for
H
.
pylori
infeksjon i kontrollgruppen (S3 tabell).
Association of SNPs med clinicopathologic parametre av magekreft
Genotypiske distribusjoner av SNPs ble analysert i henhold til clinicopathologic parametere som tumorstørrelse, scene, klasse og fjernmetastaser i magekrefttilfeller. Pasientene bærer AA genotype av rs6119954 hadde høyere frekvens av fjernmetastaser (25,6%
vs
. 9,1%,
P
= 0,003). Og pasientene bærer AA genotype av rs8118663 hadde mer andel av tumorstørrelse ≥ 5 cm (33,5%
vs
. 23,3%,
P
= 0,040) (S4 tabell).
Association of SNPs med overlevelse av magekreft
Oppfølging informasjon var tilgjengelig for 435 (97,3%) magekreftpasienter til februar 2015. Tretten pasienter døde av postoperative komplikasjoner i løpet av 30 dager i begynnelsen av studien og disse sakene ble ekskludert fra analysen av effektene av SNPs på overlevelse. Til slutt, 422 tilfeller ble inkludert i overlevelsesanalyse. Under oppfølging, 195 (46,2%) pasienter døde av magekreft, 14 (3,3%) tilfeller døde av andre årsaker, 203 pasienter (48,1%) levde og 10 (2,4%) pasienter ble ikke fulgt opp. Median oppfølgingstid var 55,1 måneder (alt fra 1,1 til 79,2 måneder) for alle tilfeller inkludert i overlevelsesanalyse.
Cox regresjonsanalyser ble utført for å evaluere foreningen av
DNMT3b
genotyper på overlevelse av magekreft med dominant eller recessiv modell. Vi fant at rs1569686 TG /GG variant genotype var assosiert med en statistisk signifikant 43% økt risiko for død sammenlignet med TT genotype i den dominerende modell. Videre tendens til effekter på langsiktig overlevelse kunne observeres fra overlevelse plott. Derfor subgruppeanalyser ble utført hos pasienter som bor lenger enn to år. Pasienter som bærer G allel (TG eller GG genotype) av 1.569.686 ble funnet å leve kortere enn de av TT genotype (HR = 2,46, 95% KI: 1,29 til 4,69,
P
= 0,006) etter justering for alder, sex, TNM stadium og kjemoterapi etter tumorectomy (fig 1A). Lignende resultater ble observert for de G allel bærere av rs4911107 og T allel bærere av rs4911259 i den totale overlevelse av magekreft (tabell 3). Og de som bærer GG genotype av rs8118663 tendens til å ha kortere overlevelsestid enn et allel bærere (AA eller AG) etter justering for alder, kjønn, TNM stadium og kjemoterapi etter tumorectomy (HR = 2,72, 95% KI: 1,45 til 5,12,
P
= 0,002) (figur 1B).
(A) plottet for rs1569686 bruker den dominerende modellen (TG /GG
vs
.TT). Pasienter som frakter rs1569686 TG /GG genotype tendens til å leve kortere enn de som bærer TT genotype. Denne trenden var mer tydelig hos pasienter som levde lenger enn 2,0 år med en hazard ratio (HR) 2,46 (95% KI 1,29 til 4,69) etter justering for alder, kjønn TNM stadium og kjemoterapi type. (B) plottet for rs8118663 bruker recessive modellen (GG vs AA /AG). I likhet med rs1569686, rs8118663 GG bærere tendens til å ha kortere overlevelse.
Association mellom SNPs og uttrykk for DNMT3b
DNMT3b uttrykk ble evaluert i kreftvev av 104 magekreft tilfeller ved hjelp av immunhistokjemisk metode. DNMT3b uttrykk ble observert hovedsakelig i cellekjernen og nivåer av uttrykk var høy (HScore 200) i 64 tilfeller (61,5%), moderat (100 HSCORE≤200) i 30 (28,8%), lav (HSCORE≤100) i to (1,9%) og negative (HScore = 0) 8 (7,7%). Resultater av uttrykket i henhold til genotyper av de tre SNP loci ble vist i Tabell 4. Imidlertid kan ingen forskjell på DNMT3b uttrykk observeres blant genotyper av hver SNP.
Diskusjoner
I denne studien har vi utforsket systematisk rollen varianter av
DNMT3b
genet i utvikling og prognose av magekreft i en stor befolkning. Vi fant ut at rs1569686 TG /GG genotyper var signifikant assosiert med dårlig overlevelse av magekreft. Videre observerte vi at
DNMT3b
polymorfismer påvirke langsiktig overlevelse av magekreft og effekten var enda sterkere hos pasienter som bor lenger enn to år.
De fleste verk utgitt bare fokusere på rollen
DNMT3b
i carcinogensis av ulike kreftformer. Så vidt vi vet, er dette den første rapporten som beskriver sammenhengen mellom
DNMT3b
polymorfisme og magekreft overlevelse i en kinesisk befolkning. Vår nåværende studie viste at
DNMT3b
varianter bidratt til langsiktig overlevelse av magekreft.
DNMT3b
rs1569686 variant TG eller GG genotype bærere viste økt HR med en
P
-verdi av 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02 til 1,99) sammenlignet med TT vill-type. Dessuten individuell peiling G allelet av rs1569686 (TG eller GG) har 2,46 ganger høyere dødelighet risiko enn ikke G allel operatører i pasienter som bor lengre enn 2 år (figur 1A), og enkeltpersoner som bærer rs8118663 GG genotype tendens til å ha høyere risiko i den langsiktige overlevelse (figur 1B).
Vi videre for første gang undersøkt sammenhengen mellom
DNMT3b
polymorfismer og kliniske kjennetegn mage kreftpasienter. Pasienter som bærer rs6119954 AA genotypen hadde mer frekvens av fjernmetastaser, noe som tyder på at rs6119954 polymorfisme kan være involvert i utviklingen av magekreft. Likeledes er pasienter med genotype rs8118663 AA tendens til å ha større tumorstørrelsen (≥5cm), hvilket antyder at rs8118663 SNP kan spille en rolle ved tumorprogresjon av GC pasienter. Tatt sammen, alle disse funnene viste prediktiv verdi av
DNMT3b
polymorfismer for progresjon og overlevelse prognose hos pasienter med magekreft.
DNMT3b
genet koder DNMT3b, en familiemedlem av DNA metyltransferase som deltar i en rekke biologiske prosesser, inkludert tumorutvikling og tumorgenesis [29]. Flere tidligere studier har vist at polymorfismer av
DNMT3b
er forbundet med kreftutvikling i en rekke av tumorer. Shen et al [18] først rapportert at bærere av T alleler, spesielt heterozygot (CT) av rs2424913, hadde nesten 2 ganger økt risiko for lungekreft sammenlignet med homozygot CC genotype i kaukasiske befolkningen. I tillegg ble det C-i-T felles genetisk variant i DNMT3b promoteren funnet å øke dypt mRNA-ekspresjon [30]. Imidlertid kan den rollen rs2424913 på kreft i kinesisk være ubetydelig som C-allelet i kinesiske befolkningen er fraværende eller sjelden [20], betydningen av stort mangfold i
DNMT3b
SNP fordelingen kan skyldes ulike etniske grupper , ukjente miljøfaktorer eller samspillet mellom miljøfaktorer og genetisk disposisjon. Den rs1569686 ble rapportert å være assosiert med den følsomhet av lungekreft [31] og magekreft, [21], men ikke i leverkreft [19], spiserør kreft [32] og nasofaryngeal karsinom [20]. I en tidligere meta-analyse basert på 24 case-control studier,
DNMT3b
rs1569686 G-allelet har blitt identifisert som en lav risikofaktor for å utvikle tykktarmskreft [33]. Den rs1569686 ligger i CpG dårlig promoter regionen. In vitro promoter analysen har avdekket at rs1569686 polymorfisme ikke påvirker transkripsjonen aktivitet av
DNMT
promoter [34], men de eksakte mekanismene er i stor grad ukjent. En studie av Lee et al [35] viste at rs6087990 i promoter-regionen i
DNMT3b
, som var i fullstendig LD med rs1569686 kunne endre arrangøren aktiviteten til
DNMT3b
, transkripsjons aktivitet av T-allel var signifikant lavere sammenlignet med C-allel, men den rs1569686 polymorfisme påvirket ikke promoteraktivitet. I vår studie, men vi observerte ikke noen tilknytning til rs1569686 med utvikling av magekreft eller gastrisk atrofi, en viktig risikofaktor for magekreft (tabell 2). Også vi ikke observere noen forskjeller i DNMT3b uttrykk innenfor genotyper av hver SNPs bruker immunhistokjemi metode. Den underliggende mekanismen for
DNMT3b
på magekreft må avklares i fremtidige studier. En annen nettsteder, rs2424908, som er i fullstendig koblingsulikevekt med rs8118663 (
r
2 = 0,956), har også blitt funnet å være involvert i svulsten, som spiserør kreft [32] og endetarmskreft [ ,,,0],34]. Men i vår studie, ingen positiv sammenheng med magekreft kunne observeres. I likhet med våre funn, Yang et al rapporterte at
DNMT3b
rs2424908 polymorfismer var ikke forbundet med mottakelighet for magekreft i den sørlige kinesiske befolkningen [36]. Derfor kan flere studier være nødvendig for å konkludere med rollen av genetisk polymorfisme av
DNMT3b
i utviklingen av magekreft.
To begrensninger bør bli anerkjent i vår studie. Den ene var at bare SNPs med et minimum mindre allel på 0,10 eller høyere ble inkludert på grunn av utvalgskriteriene. Lavfrekvente variasjoner kan også relatere til kreftutvikling som rs2424913 [22]. Videre studier dekker SNP’er med lav frekvens er nødvendig. Den andre er at oppfølgingstiden for mage krefttilfeller synes utilstrekkelig som de fleste av tilfellene på høyre side av overlevelse tomter er sensurert. Påvirkninger av SNPs på langsiktig overlevelse ble ikke fullt opp om en trend kunne observeres. Men når sakene blir stratifisert i gruppen lever lenger enn to år, en signifikant sammenheng på langtidsprognosen kunne observeres. Likevel rolle
DNMT3b
på magekreft vil bli revurdert og oppdatert i fremtiden som oppfølging pågår fortsatt.
Konklusjoner
Oppsummert finner vi polymorfismer av
DNMT3b
kan påvirke den totale overlevelsen av magekreft, noe som tyder på potensialet i
DNMT3b
SNPs som en nyttig markør for å forutsi total overlevelse av magekreft, spesielt hos pasienter som overlever lenger enn to år. Vi har imidlertid ikke observere noen signifikant sammenheng mellom
DNMT3b
varianter og risiko for magekreft eller gastrisk atrofi. Videre undersøkelser er nødvendig for å fullt avklare rollen til
DNMT3b
på magekreft i ulike etniske populasjoner.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Table. Koblingsulikevekt koeffisientene (
D
«) og
r
2 mellom
DNMT3b
htSNPs
doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s001
(docx)
S2 Table. Kliniske data av mage kreftpasienter
doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s002 plakater (docx)
S3 Table. Association of SNPs og
H
pylori
infeksjon i kontrollgruppen
doi:.. 10,1371 /journal.pone.0134059.s003 plakater (docx)
S4 Table . Utdeling av genotyper i henhold til kliniske parametre i mage krefttilfeller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s004 plakater (docx)
S1 Støtte data. De kliniske data og genotypefrekvensene av DNMT3b genet polymorfismer i saker og kontroller
Doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s005
(XLS)
bekreftelser
Forfatterne ønsker å takke alle som deltar i denne studien, spesielt til Ying Song for sitt arbeid med oppfølging av fag og Chang-Song Guo for sin teknisk support.
