Abstract
Neste generasjons sekvenseringsteknologi muliggjør samtidig analyse av flere mottakelighet gener for kliniske kreftgenetikk. I denne studien ble multipleks genetiske undersøkelser utført i et kinesisk familie med flere tilfeller av cancer for å bestemme variasjonene i kreft predisposisjon gener. Familien består av en mor og hennes fem døtre, hvorav moren og den eldste datteren har kreft og sekundær datter døde av kreft. Vi gjennomførte multiplex genetisk testing av 90 kreft mottakelighet gener ved hjelp av perifert blod DNA av mor og alle fem døtre.
WRN
rammeskifte mutasjon er ansett som en potensiell patogen variant i henhold til retningslinjene fra American College of Medical Genetics. En roman
WRN
rammeskifte mutasjon (p.N1370Tfs * 23) ble identifisert i de tre kreftpasienter og i den yngste upåvirket datter. Andre sjeldne ikke-synonyme germline mutasjoner ble også påvist i
dicer Hotell og
ELAC2
. Funksjonelle mutasjoner i
WRN
forårsake Werner syndrom, en menneskelig autosomal recessiv sykdom som kjennetegnes ved tidlig aldring og forbundet med genetisk ustabilitet og økt kreftrisiko. Våre resultater tyder på at
WRN
rammeskifte mutasjon er viktig i overvåkingen av andre medlemmer av denne familien, spesielt den yngste datteren, men patogenitet romanen
WRN
rammeskifte mutasjon trenger å bli undersøkt lengre. Gitt sin omfattende bruk i klinisk genetisk screening, er multiplex genetisk testing et lovende verktøy i kreft overvåking klinisk
Citation. Yang L, Wang G, Zhao X, Ye S, Shen P, Wang W, et al. (2015) A Novel
WRN
rammeskifte Mutation Identifisert etter Multiplex Genetisk testing i en familie med flere tilfeller av kreft. PLoS ONE 10 (8): e0133020. doi: 10,1371 /journal.pone.0133020
Redaktør: Peyman Björklund, Uppsala Universitet, SVERIGE
mottatt: 18 september 2014; Godkjent: 23 juni 2015; Publisert: 04.08.2015
Copyright: © 2015 Yang et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All sekvense data (fastq) ble avsatt i SRA database av National Center for Biotechnology Information (NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) med følgende deponeringsnummer: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039 og SRR1563041. Tabell 2 viser enkeltpasienter og deres tilsvarende SRA deponeringsnummer
Finansiering:. Støttes av National High Technology Research and Development Program of China (863 Program, nr 2012AA02A205), Natural Science Foundation National of China (No . J20121214), Financial Support of Science Technology Department of Zhejiang-provinsen (No. 2011C23088), den Medical Science Foundation Forskning Helse Bureau of Zhejiang-provinsen (No. 2012KYB070), National S T Major Project (No. 2012ZX10002017), prosjektet støttes av stiftelsen for innovativ forskning grupper av Natural Science Foundation National of China (No. 81121002) og Forsknings Special Fund for offentlig velferd Industry of Health (nr 201 202 007)
Konkurrerende interesser.: forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer.
Innledning
i løpet av de siste 30 årene, svært penetrant gener som gir kreft predisposisjon har blitt identifisert i kreftutsatte familier. Disse genene følge Mendels arvelover mønstre. Studier har koblet mutasjoner med ulike forhold, for eksempel
BRCA1 Hotell og
BRCA2
i arvelig brystkreft-eggstokkreft syndrom, DNA mismatch-reparasjonsgener i Lynch syndrom,
P53
Li-Fraumeni syndrom, og
APC
i familiær adenomatøs polypose [1-3]. Testing for germline mutasjoner av svært penetrant kreft predisposisjon gener gir verdifull genetisk informasjon om pasienter og deres familier og kan brukes i kreft overvåking og pasientovervåking.
Teknologien av neste generasjons sekvensering (NGS) gjør hel-genom sekvensering (WGS), hel-exome sekvensering (WES), samt målrettet sekvensering av spesifikke regioner av interesse som multiplex genetisk testing for å identifisere sjeldne genomisk varianter. Multiplex genetisk testing med NGS gir effektiv og kostnadseffektiv screening av et panel av kreft mottakelighet gener. I korthet, ble mål-DNA-fragmenter anriket med en kreft gen panel og sekvensert ved hjelp av NGS. NGS produserer en stor mengde av sekvensdata for kartlegging, innretting, og filtrering for å oppnå genetiske varianter. Å definere patogenitet varianter, vi vurdert alle identifiserte mutasjoner i henhold til retningslinjene fra American College of Medical Genetics (ACMG) [4].
I denne studien analyserte vi tre kreftpasienter fra en familie. Moren og andre datter hadde lunge adenokarsinom, og den eldste datteren har livmorkreft. Multiplex genetisk testing av 90 kreft predisposisjon gener avslørt
WRN
rammeskifte mutasjoner i de tre pasientene. Testen ble også gjennomført på de andre tre døtre, avsløre at den yngste datteren har også samme
WRN
rammeskifte mutasjon. De nevnte Resultatene tyder på at
WRN
rammeskifte mutasjon kan være av betydning i kreft overvåking for den yngste datteren.
Metoder
Etikk uttalelse
Etisk godkjenning for denne studien ble gitt av etiske komiteer i First Affiliated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University. Pasientene og deres familier fikk genetisk veiledning. Vi innhentet skriftlig informert samtykke fra pasientene som deltok i denne studien
Fag og prøver
Vi har analysert en familie, som inkluderte en mor med lungekreft og hennes fem døtre.; den eldste datteren har livmorkreft, og den andre datteren døde av lungekreft. Vi sammenlignet også sekvenseringsdata for 300 ubeslektede friske tilpassede kontroller for å utelukke vanlige single nucleotide variasjoner [5]. Fullblod ble oppsamlet fra alle seks familiemedlemmer. Genomisk DNA, ekstrahert med standard metoder ble brukt for multiplex genetisk testing og validering av Sanger-sekvensering.
Klinisk undersøkelse
Kirurgisk reseksjon livmorkreft vev og en vevsprøve prøve oppnådd ved perkutan lunge centesis ble utsatt til patologisk vurdering for å etablere histologisk diagnose. Følgende parametre ble studert: kliniske og diagnostiske data (alder, kjønn, og kliniske funksjoner), Doppler ultralyd resultater, og datastyrt tomografi (CT) skanner. Oppfølgings undersøkelser ble også gjennomført.
DNA bibliotek forberedelse
Hver DNA-prøve ble kvantifisert ved agarosegelelektroforese og Nanodrop spektrofotometri (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). Bibliotekene ble utarbeidet etter standard Illumina protokollen. I korte trekk, ble 3 pg av genomisk DNA fragmentert ved forstøvning. Fragmentert DNA med enkelts A overheng ble ligert i 3 «enden av Illumina adaptere, og 350-400bp produkter ble valgt. Størrelsesvalgte produkter ble PCR-amplifisert, og hver prøve ble merket med en unik indeks under prosedyren. Sluttproduktet ble validert ved hjelp av Agilent Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA).
Kreft gen panel berikelse og sekvense
amplifiserte DNA ble tatt med en germline sekvense panel inneholder 90 kreft mottakelighet gener (S1 Table) basert på MyGenostics GenCap berikelse Technologies (MyGenostics, Baltimore, MD, USA). Genet Listen inneholdt 75 gener som er lastet ned fra Kreft Gene Census (www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/Census/) og 15 ekstra gener, for eksempel
AXIN2 Hotell og
BARD1
, som har vist seg å være kreftrisiko gener [6-11]. Biotinylerte prober ble utformet for å flis langs ekson regioner og exon-intron grensene for målet gener. Fangst Forsøket ble utført i henhold til produsentens protokoll. I korte trekk, ble 1 pg av DNA-sekvensering bibliotek blandet med buffer BL og GenCap 90 tumor genet panel probe (MyGenostics) og oppvarmet ved 95 ° C i 7 minutter og deretter ved 65 ° C i 2 min på en termosykler. Buffer HY (23 ul; MyGenostics), pre-oppvarmet ved 65 ° C, ble tilsatt til blandingen, og deretter holdt ved 65 ° C med termosykler lokket varmes i 22 timer for hybridisering. MyOne perler (50 ul; Liv Technology, Carlsbad, CA, USA) ble vasket tre ganger i 500 ul av 1 x bindingsbuffer, og ble resuspendert i 80 ul av 1 x bindingsbuffer. Følgelig ble 64 ul av 2 x bindingsbuffer tilsatt til hybrid-blandingen, som deretter ble overført til et rør med 80 pl av MyOne perler. Blandingen ble rotert i en time på en rotasjonsrister. Perlene ble deretter vasket en gang med WB1 buffer ved romtemperatur i 15 min og tre ganger med WB3-buffer ved 65 ° C i 15 min. Det bundne DNA ble eluert med buffer Elute og amplifisert ved bruk av følgende program: 98 ° C i 30 s (1 syklus); 98 ° C i 25 s, 65 ° C i 30 s, og 72 ° C i 30 sekunder (15 sykluser); og 72 ° C i 5 minutter (1 syklus). PCR-produktet ble renset ved hjelp spri perler (Beckman Coulter Genomics, Danvers, MA, USA), i henhold til produsentens protokoll. De berikelse bibliotekene ble sekvensert på en Illumina HiSeq 2000 sequencer for parvise slutten sekvensering av 100-bp leser.
Analyse av data og variant tolkning
Etter HiSeq 2000 sekvensering av høy kvalitet leser ble hentet fra rå leser ved å filtrere ut lav kvalitet leser og adapter sekvenser med Solexa QA pakken og cutadapt program (https://code.google.com/p/cutadapt/), henholdsvis. SOAPaligner (https://soap.genomics.org.cn/soapsnp.html) ble brukt til å justere rene Les sekvensene til hg19 menneskelige referansen genom. Sekvenserings Resultatene er oppsummert i tabell 1.
Etter PCR-duplikater ble fjernet ved Picard programvare (https://picard.sourceforge.net/), ble SNP’er først identifisert ved hjelp av SOAPsnp program. Den leser deretter ble innrettet slik at referanse genomet ved hjelp av BWA (https://bio-bwa.sourceforge.net/), og de InDels ble identifisert ved hjelp av GATK program (https://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php /HOME_PAGE). De identifiserte SNPs og InDels ble kommentert ved hjelp av exome-hjelpeprogram (https://122.228.158.106/exomeassistant). MagicViewer ble brukt til å vise kort-leser innretting og validere kandidat SNPs og InDels. Varianter ble først filtrert hvis de dukket opp i 1000 genomer Prosjektarkiv, i ESP6500 database med en mindreårig allelfrekvens terskelen 0,05, i dbSNP database, og i 300 in-house asiatisk Genome database [5]. De resterende varianter ble videre undersøkt ved hjelp av Katalog av somatiske mutasjoner i Cancer (COSMIC) database.
For å definere patogenitet av variantene, evaluert vi alle identifiserte varianter og InDels henhold til ACMG retningslinjene [4]. Varianter ble definert som potensielt patogene om de produserte en avkorting kodon, et initieringskodon, eller et spleisedonor /akseptor virkning, eller hvis effekt på proteinfunksjon relatert til sykdom fenotype er rapportert i litteraturen. Ellers ble det missense, stille, og intronic varianter definert som varianter av usikker betydning (vus). Den vus ble ytterligere evaluert av tre algoritmer, nemlig PROVEAN, sile, og PolyPhen-2, for å forutsi effekter på protein funksjon [12-15].
Alle sekvense data (FASTQ) ble avsatt i SRA database av National Center for Biotechnology Information (NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) med følgende deponeringsnummer: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039, og SRR1563041. Tabell 2 viser enkeltpasienter og deres tilhørende SRA deponeringsnummer.
Primer design, PCR forsterkning, og Sanger-sekvense
dårlig dekket områder fra NGS ble forsterket og bekreftet av Sanger-sekvensering. Variantene identifisert ved multiplex genetisk sekvensering ble også validert med Sanger-sekvensering. I korte trekk, ble primere utformet ved hjelp Primer3 programvare [16]. Primer sekvenser for validering er oppført i S2 tabell. Identifiserte varianter, inkludert
WRN plakater (c.4108DelA),
DICER1 plakater (c.A3334G), og
ELAC2 plakater (c.A248G), ble forsterket i duplikat fra genomisk DNA av de seks familiemedlemmer ved hjelp av Hot FirePol DNA polymerase (Solis biodyne, Tartu, Estland). Sanger-sekvensering ble utført ved hjelp av Big Dye Terminator Cycle v1.1 Sequencing Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, CA, USA) og ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems).
Resultater
Clinical funksjoner
proband er en 55 år gammel kvinne (fig 1, II: 1), som er den eldste av fem søsken. Hun opplevde blødninger fra skjeden, og hennes menorrhea hadde stoppet i en alder av 48 år. Transvaginal ultralyd viste en 8 mm patologisk massen på den høyre side av livmorhulen. Magnetisk resonansavbildning (MRI) av bekkenhulen foreslått endometrial cancer, og en frosne delen av massen var konsistent med livmorkreft. Hysterektomi utført, og resultatet av postoperativ patologi bekreftet MRI-resultater. Pasienten gjennomgikk strålebehandling etter operasjonen. Hun viste ingen symptom på tumorresidiv eller metastase 6 måneder etter operasjonen og fortsetter med oppfølgingskontroller hver 6. måned.
stamtavle av personer med kreft er representert med svarte sirkler (lunge adenokarsinom) og en gitter sirkel (endometriekreft). En linje gjennom et symbol indikerer at personen er død. Mutasjonen status for
WRN
,
DICER1
, og
ELAC2
er presentert i den enkelte som gjennomgikk multiplex genetisk sekvensering. Et plusstegn representerer en mutant type, og et minustegn representerer en vill type
proband søster, en 50 år gammel bonde og ikke-røyker (figur 1, II: 2)., var i god helse før hun opplevde en wracking hoste, slimproduksjon, og brystet nød i 2012. hun gjennomgikk en CT scan i First Affiliated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University. Skanningen avslørte flere masser av forskjellige størrelser fordelt over hele lungen og forsterket diffundere lymfatiske gjennomtrengning. CT-veiledet perkutan biopsi av lungen og histopatologisk undersøkelse viste lunge adenokarsinom. Karakteren IV svulsten var ubrukelig; dermed akseptert hun systematisk terapi, som inkluderte kjemoterapi og tradisjonelle kinesiske medisiner. Pasienten døde i februar 2014 i en alder av 52 år
proband mor, en 80 år gammel bonde og ikke-røyker (figur 1, I: 1)., Var i god helse. I hennes fysisk undersøkelse, utført i 2013, brystet røntgen avslørte en 5-cm phyma i nedre høyre lunge. Ingen andre symptomer ble registrert. For videre diagnostisering og behandling, hun gjennomgikk en omfattende sjekk-up, som inkluderte en bryst og buk CT scan, leder MR og bein utslipp CT scan på First Affiliated Hospital. Resultatene viste beinmetastaser i fjerde og femte vertebra lumbalis. CT-veiledet perkutan biopsi av lungene ble utført, og histopatologisk undersøkelse viste lunge adenokarsinom. Pasienten var ikke en egnet kandidat for kirurgisk behandling. Hun ga opp behandlingen på grunn av høy alder og økonomiske begrensninger. I oppfølgingsundersøkelse gjennomført 6 måneder etter diagnose, forblir hun i live, men hennes hoste og skjelettsmerter har forverret seg. Den proband tre yngre søstre er fortsatt sunt. Deres far hadde dødd av en ulykke for 30 år siden.
WRN
rammeskifte mutasjon
Det identifiserte roman
WRN
rammeskifte mutasjon c.4108DelA (s. N1370Tfs * 23) ble delt mellom moder (i: 1), proband (II: 1), andre søster (II: 2), og yngste upåvirket søster (II: 5); Det er imidlertid fraværende i de andre to upåvirkede søstre (II: 3 og II: 4), som bestemt ved multipleks genetisk testing (tabell 2).
WRN
mutasjon resulterte i en rammeskifte som innførte et stopp-kodon 23 aminosyrer nedstrøms av mutasjonen i exon 34, som er forutsagt for å frembringe en avkortet
WRN
protein. Vi videre skjermet
WRN
mutasjon i en kohort av 300 in-house oppføringer i den asiatiske Genome database. Den c.4108DelA (N1370Tfs * 23) mutasjonen ble aldri funnet hos friske personer. Den rammeskifte mutasjon av
WRN
er definert som potensielt patogene, ifølge ACMG retningslinjer. Det ble ikke observert typiske presentasjon av Werner syndrom fordi de skadelige
WRN
mutasjoner er heterozygot i de identifiserte medlemmer av denne familien.
Identifisering av andre germline mutasjoner
missense mutasjon c .A3334G (p.N1112D) på
DICER1
ble identifisert i begge lungekreftpasienter, nemlig den berørte mor (i: 1) og den andre datter (II: 2); Det var imidlertid fraværende i de andre medlemmene av familien (tabell 2).
ELAC2
mutasjon c.A248G (p.Y83C) ble funnet i alle de seks familiemedlemmer (tabell 2).
DICER1 Hotell og
ELAC2
mutasjoner ble definert som vus ifølge ACMG retningslinjer. For ytterligere å undersøke effekten av de tidligere nevnte germline mutasjoner på protein funksjon, analyserte vi slike mutasjoner bruke prediksjon verktøy PROVEAN, sile, og PolyPhen-2.
ELAC2 plakater (p.Y83C) ble spådd å være skadelig ved PROVEAN, skade av SIFT, og sannsynligvis skadelig ved PolyPhen-2.
DICER1 plakater (N1112D) ble definert som nøytral, tolerert, og godartet av PROVEAN, sile, og PolyPhen-2, henholdsvis. Tabell 3 viser prediksjon score.
Validering av germline mutasjoner av
WRN
,
DICER1
, og
ELAC2
Vi utførte Sanger-sekvensering på de identifiserte germline mutasjoner i
WRN
,
DICER1
, og
ELAC2
. Resultatene av Sanger-sekvensering var i samsvar med de til multiplex genetisk testing (fig 2).
(A) Sanger-sekvense validering av
WRN
rammeskifte mutasjon i hver enkelt. De flukt NGS data for
WRN
mutasjon fra moder (I: 1).
WRN
rammeskifte mutasjon presentert en 1-bp sletting i chr8: 31024663. Basene Etter en vises i rødt, og A → C punktmutasjon i chr8: 31024666 vises i blått.
WRN
rammeskifte mutasjon c.4108DelA (p.N1370Tfs * 23) ble validert av Sanger-sekvensering hos moren (I: 1), den proband (II: 1), den andre datteren (II: 2) og den yngste datteren (II: 5); Det var imidlertid fraværende i de andre to døtre (II: 3 og II: 4). (B)
DICER1
missense mutasjon c.A3334G (p.N1112D) ble validert av Sanger-sekvensering hos moren (I: 1) og den andre datteren (II: 2), men det var fraværende i andre medlemmer av denne familien. (C)
ELAC2
mutasjon c.A248G (p.Y83C) ble validert av Sanger-sekvensering i alle medlemmene av denne familien.
Diskusjoner
Multiplex genetisk testing kombinerer selektiv gener fangst og massiv parallell sekvensering. Den letter effektivt samtidig genetisk analyse av et stort antall kandidat gener. Sammenlignet med tradisjonelle trinnvis gen-av-genet screening ved hjelp av Sanger-sekvensering, qPCR, eller nukleotid-massespektrometri, det betydelig reduksjon i kostnadene for DNA-sekvensering gjør multipleks genetisk testing av en effektiv og økonomisk fordelaktig måte. Multiplex genetisk testing har blitt brukt i kliniske kreftgenetikk siden 2012 [17, 18]. Siste publiserte studier har robust bevist klinisk anvendelse av multiplex genetisk testing i arvelig kreft risikovurdering [19-21]. I denne studien har vi identifisert en roman
WRN
rammeskifte mutasjon hos tre kreftpasienter og en upåvirket familiemedlem bruker multiplex testing.
WRN
, et medlem av recombinase Q familie av helikaser, spiller en viktig rolle i DNA-reparasjon funksjon, herunder beskyttelse genomet fra unormal rekombinasjon i løpet av kromosom segregering i mitose og opprettholde stabilitet genomisk [22]. Mangler i
WRN
forårsake Werner syndrom, som er en sjelden autosomal recessiv lidelse preget av tidlig aldring og kreft mottakelighet [23-26]. Alle identifiserte mutasjoner i
WRN
er spådd til å avkorte
WRN
protein, med et tap av kjernefysiske lokalisering signal (NLS) i den C-terminale regionen (aa 1370-1375); Videre, den muterte
WRN
proteinet ikke kan transporteres til kjernen [27]. Nedsatt kjernekraft import er trolig en viktig faktor som bidrar til molekylær patologi Werner syndrom. I denne studien har vi identifisert et heterozygot rammeskifte mutasjon (p.N1370Tfs * 23) i NLS av
WRN
C-terminal domene. In vitro analyser har bekreftet at cellelinjer fra
WRN
heterozygote individer inneholde reduserte
WRN
protein uttrykk og redusert helikaseaktivitet [28].
WRN
helikaseaktivitet er nødvendig for å reparere DNA inter-strand kryssbindinger (ICLs) i cellene, og
WRN
samarbeider med
BRCA1
452-1079 i cellulær respons til DNA ICLs [29]. Selv om
WRN
heterozygot effekt som følge av haploinsufficiency er ment å være assosiert med
WRN
patogenesen, må denne hypotesen som skal undersøkes nærmere.
DICER1
en viktig tumorsuppressorgen, er en endoribonuclease som er viktig i å generere microRNAs og korte, interfererende RNA [30]. Bærere av
DICER1
germline mutasjon er funnet å være i faresonen for pleiotropisk tumor predisposisjon syndrom [31-33]. Interessant, både mor og andre datter hadde lungekreft, som vanligvis presenterer med genetiske variasjoner i
DICER1
. Tendensen tyder på at
DICER1
kan spille en viktig rolle i lunge kreftutvikling. Videre funksjonelle studier kan avklare mekanismen av
DICER1
i lungekreft. Det identifiserte
ELAC2
variant c.248A G skjer innen tre nukleotider av en spleise (intron1 /exon2) og kan påvirke genet skjøting. Den kodende region av
ELAC2
består av 826 aminosyrer av et metall avhengighet hydrolase, og dette genet er den mottakelighet genet for familiær arvelig prostatakreft [34]. Andre studier har også funnet at genotypen av
ELAC2
er forbundet med høy risiko for sporadisk prostatakreft [35, 36].
Multiplex genetisk testing av 90 kreft predisposisjon gener ville produsere genetiske varianter av usikker klinisk betydning, som er referert til som et tilfeldig funn (IF). For
DICER1 Hotell og
ELAC2
, vi kan ikke direkte vurdere om de identifiserte missense mutasjoner forringe funksjon av den resulterende protein. Selv om vi brukte dataverktøy som PROVEAN, sile, og PolyPhen-2 for å forutsi om de identifiserte aminosyrer endringene kan være funksjonelt signifikant, ble ingen direkte funksjonell analyse brukes. Den ACMG nylig publisert anbefalinger for rapportering IF hentet fra WGS og WES i klinisk og forsknings testing [37]. Vi brukte ACMG retningslinjer for å definere mutasjoner av
DICER1 Hotell og
ELAC2
som i denne studien. ACMG anbefalinger bør følges for multiplex genetisk testing i klinisk onkologi. Informert samtykke er svært viktig i NGS-baserte genetisk testing brukes i klinisk onkologi. The American Society of Clinical Oncology (ASCO) har skissert de grunnleggende elementene i informert samtykke for genetisk testing brukes til å vurdere kreftrisiko. I tillegg bør informasjon om datavern, datasikkerhet, testlaboratorium lisens, tilgjengelighet av genetisk veiledning eller kreft genetisk risikovurdering, og enhver mulighet for fremtidig bruk av DNA-prøver skal innlemmes i informert samtykke [38, 39].
Multiplex genetisk testing hell identifisert sjeldne variasjoner i kreft mottakelighet gener i denne studien. Men penetrans estimater for slike varianter er fortsatt usikkert. Vår studie har visse begrensninger. De 90 kreftgener ble valgt ut fra publisert litteratur; imidlertid fortsatt en optimal multippel gen panel for klinisk bruk onkologi defineres. Uten en direkte funksjonell analyse, kan den kliniske effekten av identifiserte sjeldne varianter ikke forutsies, Derfor kan det ikke være hensiktsmessig å bruke resultatene til å veilede pasientbehandling. Videre utfallet av de yngste datter med
WRN
rammeskifte mutasjon krever oppfølging. Selv om mer inngående studier er garantert å lede klinisk praksis, viser vår studie en tidlig indikator for klinisk korrelasjon av multiplex genetisk testing og fremhever både fordeler og ulemper ved storskala genomisk analyse i kreft-risikovurdering.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Table. Kreft risikogener fra Kreft Gene Census
doi:. 10,1371 /journal.pone.0133020.s001 plakater (XLSX)
S2 Table. Primer sekvenser for validering av Sanger-sekvense
doi:. 10,1371 /journal.pone.0133020.s002 plakater (XLSX)
Takk
Vi vil gjerne takke pasientene og deres familier for deres samarbeid i studien. Vi takker også Dr. Jian Wu for hans bidrag i å utføre eksperimenter og dataanalyse.
